SAXSdb — 9f0x

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9f0x
沉积日期 deposition_date	2024-04-17
结构标题 title	CryoEM structure of the F plasmid relaxosome in its pre-initiation state, derived from the ds-27_+143-R Locally-refined Map 3.76 A
关键词 keywords	Relaxosome, Bacterial Conjugation, DNA processing, Relaxase, DNA binding proteins, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	45.35 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	45.21 Å
零角强度 I(0) i0	443149000.00
分子量 molecular_weight	136970.0 kDa
排除体积 excluded_volume	156570 Å³
包络体积 envelope_volume	237760 Å³
水化壳体积 shell_volume	49205 Å³
包络直径 envelope_diameter	173.0 Å
壳层 Rg shell_rg	43.22 Å
包络 Rg envelope_rg	45.38 Å
形状 Rg shape_rg	45.16 Å
总 Rg total_rg	45.26 Å
总原子数 total_atoms	9423
残基数 n_residues	956
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	165.1 Å
Rg (实空间) rg_real	46.04 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.86 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.4310e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.8380e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	45.36 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	442800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7786
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	42.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.683
峰度 Kurtosis kurtosis	0.078
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	19040000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.670; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.585; Smooth: 0.522

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	T-strand DNA (83-MER)
分子量 formula_weight	52621.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	9423

CCTACAAAACGGTGTCGGCGCGTTGTTGTAGCCGCGCCGACACCGCTTTTTTAAATATCATAAAGAGAGTAAGAGAAACTAATTTTTCATAACACTCTATTTATAAAGAAAAATCAGCAAAAACTTGTTTTTGCGTGGGGTGTGGTGCTTTTGGTGGTGAGAACCACCAA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	R-strand DNA (83-MER)
分子量 formula_weight	52314.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B

TTGGTGGTTCTCACCACCAAAAGCACCACACCCCACGCAAAAACAAGTTTTTGCTGATTTTTCTTTATAAATAGAGTGTTATGAAAAATTAGTTTCTCTTACTCTCTTTATGATATTTAAAAAAGCGGTGTCGGCGCGGCTACAACAACGCGCCGACACCGTTTTGTAGG

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Integration host factor subunit alpha
分子量 formula_weight	11374.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MALTKAEMSEYLFDKLGLSKRDAKELVELFFEEIRRALENGEQVKLSGFGNFDLRDKNQRPGRNPKTGEDIPITARRVVTFRPGQKLKSRVENASPKDE

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 4 polymer

描述 description	Integration host factor subunit beta
分子量 formula_weight	10671.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MTKSELIERLATQQSHIPAKTVEDAVKEMLEHMASTLAQGERIEIRGFGSFSLHYRAPRTGRNPKTGDKVELEGKYVPHFKPGKELRDRANIYG

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 5 polymer

描述 description	Relaxosome protein TraY
分子量 formula_weight	15210.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G

MKRFGTRSATGKMVKLKLPVDVESLLIEASNRSGRSRSFEAVIRLKDHLHRYPKFNRAGNIYGKSLVKYLTMRLDDETNQLLIAAKNRSGWCKTDEAADRVIDHLIKFPDFYNSEIFREADKEEDITFNTL

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 6 polymer

描述 description	Multifunctional conjugation protein TraI
分子量 formula_weight	193050.9 kDa
EC 编号 ec_number	5.6.2.1,3.6.4.12
突变 mutation	Y16F single-point mutation, MEFELGT introduced during cloning
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MEFELGTMMSIAQVRSAGSAGNFYTDKDNYYVLGSMGERWAGRGAEQLGLQGSVDKDVFTRLLEGRLPDGADLSRMQDGSNRHRPGYDLTFSAPKSVSMMAMLGGDKRLIDAHNQAVDFAVRQVEALASTRVMTDGQSETVLTGNLVMALFNHDTSRDQEPQLHTHAVVANVTQHNGEWKTLSSDKVGKTGFIENVYANQIAFGRLYREKLKEQVEALGYETEVVGKHGMWEMPGVPVEAFSGRSQTIREAVGEDASLKSRDVAALDTRKSKQHVDPEIKMAEWMQTLKETGFDIRAYRDAADQRADLRTLTPGPASQDGPDVQQAVTQAIAGLSERKVQFTYTDVLARTVGILPPENGVIERARAGIDEAISREQLIPLDREKGLFTSGIHVLDELSVRALSRDIMKQNRVTVHPEKSVPRTAGYSDAVSVLAQDRPSLAIVSGQGGAAGQRERVAELVMMAREQGREVQIIAADRRSQMNMKQDERLSGELITGRRQLLEGMAFTPGSTVIVDQGEKLSLKETLTLLDGAARHNVQVLITDSGQRTGTGSALMAMKDAGVNTYRWQGGEQRPATIISEPDRNVRYARLAGDFAASVKAGEESVAQVSGVREQAILTQAIRSELKTQGVLGLPEVTMTALSPVWLDSRSRYLRDMYRPGMVMEQWNPETRSHDRYVIDRVTAQSHSLTLRDAQGETQVVRISSLDSSWSLFRPEKMPVADGERLRVTGKIPGLRVSGGDRLQVASVSEDAMTVVVPGRAEPATLPVSDSPFTALKLENGWVETPGHSVSDSATVFASVTQMAMDNATLNGLARSGRDVRLYSSLDETRTAEKLARHPSFTVVSEQIKTRAGETSLETAISHQKSALHTPAQQAIHLALPVVESKKLAFSMVDLLTEAKSFAAEGTGFTELGGEINAQIKRGDLLYVDVAKGYGTGLLVSRASYEAEKSILRHILEGKEAVMPLMERVPGELMEKLTSGQRAATRMILETSDRFTVVQGYAGVGKTTQFRAVMSAVNMLPESERPRVVGLGPTHRAVGEMRSAGVDAQTLASFLHDTQLQQRSGETPDFSNTLFLLDESSMVGNTDMARAYALIAAGGGRAVASGDTDQLQAIAPGQPFRLQQTRSAADVAIMKEIVRQTPELREAVYSLINRDVERALSGLESVKPSQVPRQEGAWAPEHSVTEFSHSQEAKLAEAQQKAMLKGEAFPDVPMTLYEAIVRDYTGRTPEAREQTLIVTHLNEDRRVLNSMIHDVREKAGELGKEQVMVPVLNTANIRDGELRRLSTWETHRDALVLVDNVYHRIAGISKDDGLITLQDAEGNTRLISPREAVAEGVTLYTPDTIRVGTGDRMRFTKSDRERGYVANSVWTVTAVSGDSVTLSDGQQTREIRPGQEQAEQHIDLAYAITAHGAQGASETFAIALEGTEGNRKLMAGFESAYVALSRMKQHVQVYTDNRQGWTDAINNAVQKGTAHDVFEPKPDREVMNAERLFSTARELRDVAAGRAVLRQAGLAGGDSPARFIAPGRKYPQPYVALPAFDRNGKSAGIWLNPLTTDDGNGLRGFSGEGRVKGSGDAQFVALQGSRNGESLLADNMQDGVRIARDNPDSGVVVRIAGEGRPWNPGAITGGRVWGDIPDNSVQPGAGNGEPVTAEVLAQRQAEEAIRRETERRADEIVRKMAENKPDLPDGKTEQAVREIAGQERDRAAITEREAALPEGVLREPQRVREAVREIARENLLQERLQQMERDMVRDLQKEKTLGGD

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.78 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	337238

fit	/app/data/saxs_computation/f0/9f0x/9f0x.fit
pddf	/app/data/pr_computation/f0/9f0x/9f0x.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/f0/9f0x/9f0x.dat

CryoEM structure of the F plasmid relaxosome in its pre-initiation state, derived from the ds-27_+143-R Locally-refined Map 3.76 A

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)