SAXSdb — 2ht0

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2ht0
沉积日期 deposition_date	2006-07-24
结构标题 title	IHF bound to doubly nicked DNA
关键词 keywords	DNA bending, kink, nick, protein-DNA complex, TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.80 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.34 Å
零角强度 I(0) i0	54287200.00
分子量 molecular_weight	43038.0 kDa
排除体积 excluded_volume	47723 Å³
包络体积 envelope_volume	63190 Å³
水化壳体积 shell_volume	24134 Å³
包络直径 envelope_diameter	74.6 Å
壳层 Rg shell_rg	28.73 Å
包络 Rg envelope_rg	22.26 Å
形状 Rg shape_rg	22.25 Å
总 Rg total_rg	23.13 Å
总原子数 total_atoms	2937
残基数 n_residues	259
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	72.7 Å
Rg (实空间) rg_real	23.71 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.36 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.4290e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.1940e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.73 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	54290000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9146
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.189
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.503
角度范围 angular_range	— – 0.3350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3075000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.966; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.988

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	5'-D(CPGPGPTPGPCPAPAPCPAPAPAP*T)-3'
分子量 formula_weight	3984.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	3224

CGGTGCAACAAAT

Entity 2 polymer

描述 description	5'-D(TPGPAPTPAPAPGPCPAPAPTPGPCPTPTPTPTPTPTPGPGPC)-3'
分子量 formula_weight	6772.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

TGATAAGCAATGCTTTTTTGGC

Entity 3 polymer

描述 description	5'-D(GPGPCPCPAPAPAPAPAPAPGPCPAPTP*T)-3'
分子量 formula_weight	4611.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

GGCCAAAAAAGCATT

Entity 4 polymer

描述 description	5'-D(GPCPTPTPAPTPCPAPAPTPTPTPGPTPTPGPCPAPCPC)-3'
分子量 formula_weight	6074.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F

GCTTATCAATTTGTTGCACC

Entity 5 polymer

描述 description	Integration host factor alpha-subunit
分子量 formula_weight	11374.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MALTKAEMSEYLFDKLGLSKRDAKELVELFFEEIRRALENGEQVKLSGFGNFDLRDKNQRPGRNPKTGEDIPITARRVVTFRPGQKLKSRVENASPKDE

Entity 6 polymer

描述 description	Integration host factor beta-subunit
分子量 formula_weight	10671.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MTKSELIERLATQQSHIPAKTVEDAVKEMLEHMASTLAQGERIEIRGFGSFSLHYRAPRTGRNPKTGDKVELEGKYVPHFKPGKELRDRANIYG

Entity 7 non-polymer

描述 description	CADMIUM ION
分子量 formula_weight	112.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	260

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2ht0a_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.55 — IHF-like DNA-binding proteins
超家族 Superfamily superfamily	a.55.1 — IHF-like DNA-binding proteins
家族 Family family	a.55.1.1 — Prokaryotic DNA-bending protein

结构域编号 domain_id	d2ht0b_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.55 — IHF-like DNA-binding proteins
超家族 Superfamily superfamily	a.55.1 — IHF-like DNA-binding proteins
家族 Family family	a.55.1.1 — Prokaryotic DNA-bending protein

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2ht0A00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	520 — HU Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — IHF-like DNA-binding proteins

结构域编号 domain_id	2ht0B00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	520 — HU Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — IHF-like DNA-binding proteins

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	46.942 Å
晶胞边长 b length_b	58.944 Å
晶胞边长 c length_c	181.676 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	14.810 Å
R 因子 r_factor	0.2350
R_work r_work	0.2350
R_free r_free	0.2780

fit	/app/data/saxs_computation/ht/2ht0/2ht0.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ht/2ht0/2ht0.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ht/2ht0/2ht0.dat

IHF bound to doubly nicked DNA

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)