9fan

CryoEM structure of gamma2 subunit of GABA(A)R in complex with GARLH4, the TMD of Neuroligin2 from desensitised state obtained by focused refinement

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 75.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isoform 2 of Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-2

Homo sapiens

UniProt P18507

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 408–467 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Neuroligin-2 × 1 (Q8NFZ4) LHFPL tetraspan subfamily member 4 protein × 1 (Q7Z7J7) PLM PALMITIC ACID × 1 CLR CHOLESTEROL × 1 D10 DECANE × 1 PGW (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 1 CL CHLORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4;15 mM Hepes pH 7.4, 150 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 70 个其他 PDB 条目、70 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 GBRG2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–60; UniProt 408–467

Neuroligin-2

Homo sapiens

UniProt Q8NFZ4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 668–700 未记录 Isoform 2 of Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-2 × 1 (P18507) LHFPL tetraspan subfamily member 4 protein × 1 (Q7Z7J7) PLM PALMITIC ACID × 1 CLR CHOLESTEROL × 1 D10 DECANE × 1 PGW (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 1 CL CHLORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4;15 mM Hepes pH 7.4, 150 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 13 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 NLGN2_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 H; PDB构建体 1–33; UniProt 668–700

LHFPL tetraspan subfamily member 4 protein

Homo sapiens

UniProt Q7Z7J7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 L; UniProt 11–203 未记录 Isoform 2 of Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-2 × 1 (P18507) Neuroligin-2 × 1 (Q8NFZ4) PLM PALMITIC ACID × 1 CLR CHOLESTEROL × 1 D10 DECANE × 1 PGW (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 1 CL CHLORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4;15 mM Hepes pH 7.4, 150 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 11 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 LHPL4_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 L; PDB构建体 1–193; UniProt 11–203

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9fan

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9fan
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9fan
沉积日期 deposition_date2024-05-10
结构标题 titleCryoEM structure of gamma2 subunit of GABA(A)R in complex with GARLH4, the TMD of Neuroligin2 from desensitised state obtained by focused refinement
关键词 keywordsGABA, Neurotransmission, Ternary complex, Inhibitory postsynapse, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier23.26
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.42
零角强度 I(0) i014726500.00
分子量 molecular_weight33203.0 kDa
排除体积 excluded_volume43349 ų
包络体积 envelope_volume49713 ų
水化壳体积 shell_volume20062 ų
包络直径 envelope_diameter78.3
壳层 Rg shell_rg27.43
包络 Rg envelope_rg21.92
形状 Rg shape_rg21.42
总 Rg total_rg22.33
总原子数 total_atoms2333
残基数 n_residues274
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax75.0
Rg (实空间) rg_real23.36
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.55
I(0) (实空间) i0_real1.4730e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.8740e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal23.34
I(0) (倒空间) i0_reciprocal14730000.0000
解质量估计 total_estimate0.8875
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary73.9
偏度 Skewness skewness0.376
峰度 Kurtosis kurtosis-0.593
角度范围 angular_range— – 0.3400 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1904000.0000
实空间数据点数 n_real_points66
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.887; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.892; Smooth: 0.982

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)