9fkw

compound 3a bound KMT9 crystal structure

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 67.8 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Methyltransferase N6AMT1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 13–214	未记录	Multifunctional methyltransferase subunit TRM112-like protein × 1 （Q9UI30） A1IDY (2~{S})-4-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl-[3-(methylamino)propyl]amino]-2-azanyl-butanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.2 M Na3Citrate, 0.1M Tris 7.5	分辨率 1.39 Å R-free 0.173

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9FKW	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6H1D Crystal structure of C21orf127-TRMT112 in complex with SAH 提交 2018-07-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 8–214（207 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 1.1-1.3 M sodium citrate	分辨率 1.94 Å R-free 0.237
6H1E Crystal structure of C21orf127-TRMT112 in complex with SAH and H4 peptide 提交 2018-07-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 8–214（207 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 1.1-1.3 M Sodium Citrate	分辨率 1.90 Å R-free 0.244
6K0X Structure of N6AMT1-TRMT112 Complex with SAM 提交 2019-05-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–214（213 aa）	未记录	SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；291 K；0.2M ammonium acetate 0.1M sodium citrate tribasic dihydrate PH 5.6 30% Polyethylene glycol 4000	分辨率 2.20 Å R-free 0.213
6KHS Crystal structure of HEMK2/TRMT112 in complex with SAH and MEQ 提交 2019-07-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–214（214 aa）	未记录	MEQ N5-METHYLGLUTAMINE × 1 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；1.26 Msodium phosphate monobasic monohydrate 0.14 Mpotassium phosphate dibasic pH 5.6	分辨率 1.90 Å R-free 0.220
6KMR Crystal structure of human N6amt1-Trm112 in complex with SAM (space group P6122) 提交 2019-08-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–214（214 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；0.1M succinic acid, pH 7.0, 15% PEG 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.192
6KMS Crystal structure of human N6amt1-Trm112 in complex with SAM (space group I422) 提交 2019-08-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–214（214 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；1.6M (NH4)2SO4, 0.1M MES, pH 6.5, 10% 1,4-Dioxane	分辨率 3.20 Å R-free 0.269
6KMS Crystal structure of human N6amt1-Trm112 in complex with SAM (space group I422) 提交 2019-08-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–214（214 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；1.6M (NH4)2SO4, 0.1M MES, pH 6.5, 10% 1,4-Dioxane	分辨率 3.20 Å R-free 0.269
6PED Crystal structure of HEMK2-TRMT112 complex 提交 2019-06-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–214（214 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；2 M sodium/potassium phosphate	分辨率 2.30 Å R-free 0.242
8CNC Structure of compound 1 bound KMT9 提交 2023-02-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 13–214（202 aa）	未记录	6D6 5'-{[(3S)-3-amino-3-carboxypropyl](3-aminopropyl)amino}-5'-deoxyadenosine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；1.3 M Na3Citrate, 0.1M Tris ph 8.0	分辨率 1.46 Å R-free 0.183
8QDG compound 1a bound KMT9 crystal structure 提交 2023-08-29	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 13–214（202 aa）	未记录	SDU (2~{S})-4-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl-[(3~{S})-pyrrolidin-3-yl]amino]-2-azanyl-butanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；1.2 M Na3Citrate, 0.1M Tris 7.5	分辨率 1.39 Å R-free 0.179
8QDI compound 1b bound KMT9 crystal structure 提交 2023-08-29	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 13–214（202 aa）	未记录	QII (2~{S})-4-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl-[2-[(2~{R})-pyrrolidin-2-yl]ethyl]amino]-2-azanyl-butanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.1 M Na3Citrate, 0.1M HEPES 7.25	分辨率 1.47 Å R-free 0.191
9FIM compound 1 bound KMT9 crystal structure 提交 2024-05-29	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 13–214（202 aa）	未记录	A1IC3 (2~{S})-4-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl-[(3~{S})-3-azanyl-4-oxidanyl-4-oxidanylidene-butyl]amino]-2-azanyl-butanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.1 M Na3Citrate, 0.1M Tris 8.5	分辨率 1.60 Å R-free 0.187
9FKE SAH bound KMT9 crystal structure 提交 2024-06-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 13–214（202 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2 M (NH4)2SO4, 0.1M Bis-Tris 6.0	分辨率 1.60 Å R-free 0.203
9FKG compound 2a bound KMT9 structure 提交 2024-06-03	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 13–214（202 aa）	未记录	A1IC7 (2~{S})-4-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl-[(3~{S})-3-azanyl-3-phenyl-propyl]amino]-2-azanyl-butanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.2 M Na3Citrate, 0.1M Tris 7.5	分辨率 1.59 Å R-free 0.192
9FKM compound 2b bound KMT9 crystal structure 提交 2024-06-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 13–214（202 aa）	未记录	A1IC5 (2~{S})-4-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl-[(3~{S})-3-azanylhexyl]amino]-2-azanyl-butanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.8 M (NH4)2SO4, 0.1M Bis-Tris 6.75	分辨率 1.50 Å R-free 0.201
9FKV compound 2c bound KMT9 crystal structure 提交 2024-06-04	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 13–214（202 aa）	未记录	A1IC8 (2~{S})-4-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl-[(3~{R})-3-azanylbutyl]amino]-2-azanyl-butanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；52% Tacsimate, PH 7.7	分辨率 1.47 Å R-free 0.190
9FL4 compound 5b bound KMT9 crystal structure 提交 2024-06-04	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 13–214（202 aa）	未记录	A1IC6 (2~{S})-4-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl-[3-(2-phenylethylamino)propyl]amino]-2-azanyl-butanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.3 M Na3Citrate, 0.1M HEPES 7.75	分辨率 1.70 Å R-free 0.182
9FL5 compound 3b bound KMT9 crystal structure 提交 2024-06-04	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 13–214（202 aa）	未记录	62X 5'-{[(3S)-3-amino-3-carboxypropyl][3-(dimethylamino)propyl]amino}-5'-deoxyadenosine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.2 M Na3Citrate, 0.1M Tris 7.5	分辨率 1.39 Å R-free 0.179

共 17 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	N6MT1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–203； UniProt 13–214

Multifunctional methyltransferase subunit TRM112-like protein

Homo sapiens

UniProt Q9UI30

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 2–125	未记录	Methyltransferase N6AMT1 × 1 （Q9Y5N5） A1IDY (2~{S})-4-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl-[3-(methylamino)propyl]amino]-2-azanyl-butanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.2 M Na3Citrate, 0.1M Tris 7.5	分辨率 1.39 Å R-free 0.173

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9FKW	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6G4W Cryo-EM structure of a late human pre-40S ribosomal subunit - State A 提交 2018-03-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：31-meric	链 r 1–125（125 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.50 Å
6H1D Crystal structure of C21orf127-TRMT112 in complex with SAH 提交 2018-07-11	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–125（124 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 1.1-1.3 M sodium citrate	分辨率 1.94 Å R-free 0.237
6H1E Crystal structure of C21orf127-TRMT112 in complex with SAH and H4 peptide 提交 2018-07-11	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 2–125（124 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 1.1-1.3 M Sodium Citrate	分辨率 1.90 Å R-free 0.244
6H2U Crystal structure of human METTL5-TRMT112 complex, the 18S rRNA m6A1832 methyltransferase at 1.6A resolution 提交 2018-07-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–118（118 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；25% PEG 4,000; 0.2 M ammonium sulfate; 100 mM Na citrate pH 5.6	分辨率 1.60 Å R-free 0.215
6H2V Crystal structure of human METTL5-TRMT112 complex, the 18S rRNA m6A1832 methyltransferase at 2.5A resolution 提交 2018-07-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–125（125 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 SO4 SULFATE ION × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；25% PEG 4,000; 0.2 M ammonium sulfate; 100 mM Na citrate pH 5.6	分辨率 2.49 Å R-free 0.249
6H2V Crystal structure of human METTL5-TRMT112 complex, the 18S rRNA m6A1832 methyltransferase at 2.5A resolution 提交 2018-07-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–125（125 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 SO4 SULFATE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PG0 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；25% PEG 4,000; 0.2 M ammonium sulfate; 100 mM Na citrate pH 5.6	分辨率 2.49 Å R-free 0.249
6K0X Structure of N6AMT1-TRMT112 Complex with SAM 提交 2019-05-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–125（125 aa）	未记录	SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；291 K；0.2M ammonium acetate 0.1M sodium citrate tribasic dihydrate PH 5.6 30% Polyethylene glycol 4000	分辨率 2.20 Å R-free 0.213
6KHS Crystal structure of HEMK2/TRMT112 in complex with SAH and MEQ 提交 2019-07-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–125（125 aa）	未记录	MEQ N5-METHYLGLUTAMINE × 1 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；1.26 Msodium phosphate monobasic monohydrate 0.14 Mpotassium phosphate dibasic pH 5.6	分辨率 1.90 Å R-free 0.220
6KMR Crystal structure of human N6amt1-Trm112 in complex with SAM (space group P6122) 提交 2019-08-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–125（125 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；0.1M succinic acid, pH 7.0, 15% PEG 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.192
6KMS Crystal structure of human N6amt1-Trm112 in complex with SAM (space group I422) 提交 2019-08-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–125（125 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；1.6M (NH4)2SO4, 0.1M MES, pH 6.5, 10% 1,4-Dioxane	分辨率 3.20 Å R-free 0.269
6KMS Crystal structure of human N6amt1-Trm112 in complex with SAM (space group I422) 提交 2019-08-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–125（125 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；1.6M (NH4)2SO4, 0.1M MES, pH 6.5, 10% 1,4-Dioxane	分辨率 3.20 Å R-free 0.269
6PED Crystal structure of HEMK2-TRMT112 complex 提交 2019-06-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–125（125 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；2 M sodium/potassium phosphate	分辨率 2.30 Å R-free 0.242
7WTS Cryo-EM structure of a human pre-40S ribosomal subunit - State UTP14 提交 2022-02-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：23-meric	链 r 1–125（125 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
7WTT Cryo-EM structure of a human pre-40S ribosomal subunit - State RRP12-A1 (with CK1) 提交 2022-02-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：34-meric	链 r 1–125（125 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
7WTU Cryo-EM structure of a human pre-40S ribosomal subunit - State RRP12-A1 (without CK1) 提交 2022-02-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：33-meric	链 r 1–125（125 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
7WTV Cryo-EM structure of a human pre-40S ribosomal subunit - State RRP12-A2 提交 2022-02-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 34 PDB 声明：35-meric	链 r 1–125（125 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
7WTW Cryo-EM structure of a human pre-40S ribosomal subunit - State RRP12-A3 提交 2022-02-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：37-meric	链 r 1–125（125 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
8CNC Structure of compound 1 bound KMT9 提交 2023-02-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–125（124 aa）	未记录	6D6 5'-{[(3S)-3-amino-3-carboxypropyl](3-aminopropyl)amino}-5'-deoxyadenosine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；1.3 M Na3Citrate, 0.1M Tris ph 8.0	分辨率 1.46 Å R-free 0.183
8QDG compound 1a bound KMT9 crystal structure 提交 2023-08-29	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–125（124 aa）	未记录	SDU (2~{S})-4-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl-[(3~{S})-pyrrolidin-3-yl]amino]-2-azanyl-butanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；1.2 M Na3Citrate, 0.1M Tris 7.5	分辨率 1.39 Å R-free 0.179
8QDI compound 1b bound KMT9 crystal structure 提交 2023-08-29	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–125（124 aa）	未记录	QII (2~{S})-4-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl-[2-[(2~{R})-pyrrolidin-2-yl]ethyl]amino]-2-azanyl-butanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.1 M Na3Citrate, 0.1M HEPES 7.25	分辨率 1.47 Å R-free 0.191
9FIM compound 1 bound KMT9 crystal structure 提交 2024-05-29	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–125（124 aa）	未记录	A1IC3 (2~{S})-4-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl-[(3~{S})-3-azanyl-4-oxidanyl-4-oxidanylidene-butyl]amino]-2-azanyl-butanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.1 M Na3Citrate, 0.1M Tris 8.5	分辨率 1.60 Å R-free 0.187
9FKE SAH bound KMT9 crystal structure 提交 2024-06-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–125（124 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2 M (NH4)2SO4, 0.1M Bis-Tris 6.0	分辨率 1.60 Å R-free 0.203
9FKG compound 2a bound KMT9 structure 提交 2024-06-03	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–125（124 aa）	未记录	A1IC7 (2~{S})-4-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl-[(3~{S})-3-azanyl-3-phenyl-propyl]amino]-2-azanyl-butanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.2 M Na3Citrate, 0.1M Tris 7.5	分辨率 1.59 Å R-free 0.192
9FKM compound 2b bound KMT9 crystal structure 提交 2024-06-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–125（124 aa）	未记录	A1IC5 (2~{S})-4-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl-[(3~{S})-3-azanylhexyl]amino]-2-azanyl-butanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.8 M (NH4)2SO4, 0.1M Bis-Tris 6.75	分辨率 1.50 Å R-free 0.201
9FKV compound 2c bound KMT9 crystal structure 提交 2024-06-04	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–125（124 aa）	未记录	A1IC8 (2~{S})-4-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl-[(3~{R})-3-azanylbutyl]amino]-2-azanyl-butanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；52% Tacsimate, PH 7.7	分辨率 1.47 Å R-free 0.190
9FL4 compound 5b bound KMT9 crystal structure 提交 2024-06-04	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–125（124 aa）	未记录	A1IC6 (2~{S})-4-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl-[3-(2-phenylethylamino)propyl]amino]-2-azanyl-butanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.3 M Na3Citrate, 0.1M HEPES 7.75	分辨率 1.70 Å R-free 0.182
9FL5 compound 3b bound KMT9 crystal structure 提交 2024-06-04	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–125（124 aa）	未记录	62X 5'-{[(3S)-3-amino-3-carboxypropyl][3-(dimethylamino)propyl]amino}-5'-deoxyadenosine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.2 M Na3Citrate, 0.1M Tris 7.5	分辨率 1.39 Å R-free 0.179
9OHL TRMT112-METTL5 bound to SAM and FWG-33B 提交 2025-05-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–125（125 aa）	未记录	SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 A1CBE N-(4-{[(3aS,4R,6S,6aR)-6-(3-chlorophenyl)-2-propanoyloctahydrocyclopenta[c]pyrrol-4-yl]oxy}phenyl)acetamide × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；21% PEG3350, 0.36 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5	分辨率 1.29 Å R-free 0.217

共 26 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TR112_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 3–126； UniProt 2–125

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9fkw
沉积日期 deposition_date	2024-06-04
最后修订 last_revision	2025-06-18
结构标题 title	compound 3a bound KMT9 crystal structure
关键词 keywords	Protein transferase, gene regulation, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.72 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.45 Å
零角强度 I(0) i0	19675700.00
分子量 molecular_weight	34704.0 kDa
排除体积 excluded_volume	43918 Å³
包络体积 envelope_volume	50138 Å³
水化壳体积 shell_volume	21354 Å³
包络直径 envelope_diameter	68.8 Å
壳层 Rg shell_rg	26.15 Å
包络 Rg envelope_rg	19.78 Å
形状 Rg shape_rg	19.40 Å
总 Rg total_rg	20.54 Å
总原子数 total_atoms	4922
残基数 n_residues	313
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	67.8 Å
Rg (实空间) rg_real	20.64 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.33 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9680e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6060e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.65 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	19680000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8823
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.259
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.281
角度范围 angular_range	— – 0.3850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6203000.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.830; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.978

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Methyltransferase N6AMT1
分子量 formula_weight	21804.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5267

SHVGRGAFSDVYEPAEDTFLLLDALEAAAAELAGVEICLEVGSGSGVVSAFLASMIGPQALYMCTDINPEAAACTLETARCNKVHIQPVITDLVKGLLPRLTEKVDLLVFNPPYVVTPPQEVGSHGIEAAWAGGRNGREVMDRFFPLVPDLLSPRGLFYLVTIKENNPEEILKIMKTKGLQGTTALSRQAGQETLSVLKFTKS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Multifunctional methyltransferase subunit TRM112-like protein
分子量 formula_weight	14272.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MGKLLTHNLLSSHVRGVGSRGFPLRLQATEVRICPVEFNPNFVARMIPKVEWSAFLEAADNLRLIQVPKGPVEGYEENEEFLRTMHHLLLEVEVIEGTLQCPESGRMFPISRGIPNMLLSEEETES

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	;(2~{S})-4-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl-[3-(methylamino)propyl]amino]-2-azanyl-butanoic acid ;
分子量 formula_weight	438.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	204

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	110.249 Å
晶胞边长 b length_b	110.249 Å
晶胞边长 c length_c	130.029 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 61 2 2
空间群编号 int_tables_number	178
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.392 Å
最低分辨率 resolution_low	47.740 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1469
R_free r_free	0.1734

fit	/app/data/saxs_computation/fk/9fkw/9fkw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fk/9fkw/9fkw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fk/9fkw/9fkw.dat

compound 3a bound KMT9 crystal structure

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Methyltransferase N6AMT1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Multifunctional methyltransferase subunit TRM112-like protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)