9fok

Ap4G bound in de novo transcription initiation T. thermophilus RNA polymerase complex with TC DNA template

Method: ELECTRON MICROSCOPY

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

物种未注明

UniProt Q72I32

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 6 DNA 2 DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (Q8RQE9) ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 (Q8RQE8) DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 (Q8RQE7) RNA polymerase sigma factor SigA × 1 (Q72L95) DNA (36-MER) × 1 DNA (32-MER) × 1 MAGNESIUM ION × 4 ZINC ION × 2 5'-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]methyl}phosphoryl]cytidine × 2 ;[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl] hydrogen phosphate ; × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPOA_THET2
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–314; UniProt 1–314 作者链 B; PDB构建体 1–314; UniProt 1–314

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

物种未注明

UniProt Q8RQE9

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 6 DNA 2 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 (Q72I32) ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 (Q8RQE8) DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 (Q8RQE7) RNA polymerase sigma factor SigA × 1 (Q72L95) DNA (36-MER) × 1 DNA (32-MER) × 1 MAGNESIUM ION × 4 ZINC ION × 2 5'-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]methyl}phosphoryl]cytidine × 2 ;[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl] hydrogen phosphate ; × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPOB_THET8
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–1119; UniProt 1–1119

;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;

物种未注明

UniProt Q8RQE8

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 6 DNA 2 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 (Q72I32) DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (Q8RQE9) DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 (Q8RQE7) RNA polymerase sigma factor SigA × 1 (Q72L95) DNA (36-MER) × 1 DNA (32-MER) × 1 MAGNESIUM ION × 4 ZINC ION × 2 5'-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]methyl}phosphoryl]cytidine × 2 ;[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl] hydrogen phosphate ; × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPOC_THET8
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–1524; UniProt 1–1524

DNA-directed RNA polymerase subunit omega

物种未注明

UniProt Q8RQE7

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 6 DNA 2 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 (Q72I32) DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (Q8RQE9) ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 (Q8RQE8) RNA polymerase sigma factor SigA × 1 (Q72L95) DNA (36-MER) × 1 DNA (32-MER) × 1 MAGNESIUM ION × 4 ZINC ION × 2 5'-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]methyl}phosphoryl]cytidine × 2 ;[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl] hydrogen phosphate ; × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 RPOZ_THET8
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–99; UniProt 1–99

RNA polymerase sigma factor SigA

Thermus thermophilus HB8

UniProt Q72L95

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 6 DNA 2 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 (Q72I32) DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (Q8RQE9) ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 (Q8RQE8) DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 (Q8RQE7) DNA (36-MER) × 1 DNA (32-MER) × 1 MAGNESIUM ION × 4 ZINC ION × 2 5'-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]methyl}phosphoryl]cytidine × 2 ;[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl] hydrogen phosphate ; × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 SIGA_THET2
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 F; PDB构建体 27–449; UniProt 1–423

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9fok
沉积日期 deposition_date2024-06-12
结构标题 titleAp4G bound in de novo transcription initiation T. thermophilus RNA polymerase complex with TC DNA template
关键词 keywordsTRANSCRIPTION-DNA complex, non-canonical cap, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9fok__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9fok__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 109 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

9fok__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)49.13 Å
Rg(电子密度)49.28 Å
总 Rg49.43 Å
原子数27236
残基数3327
排除体积481790 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 9fok__assembly_1__model_1 octameric (8) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

7. 引用文献 (1)