SAXSdb — 9fzc

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Outer membrane protein A

Escherichia coli K-12

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 22–191	未记录	Nanobody 01 × 1 OCT N-OCTANE × 6 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M sodium acetate pH 5.5, 0.2 M calcium acetate, 25 % PEG MME 2K	分辨率 2.27 Å R-free 0.234
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 22–191	未记录	Nanobody 01 × 1 OCT N-OCTANE × 11 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M sodium acetate pH 5.5, 0.2 M calcium acetate, 25 % PEG MME 2K	分辨率 2.27 Å R-free 0.234

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9FZC	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BXW OUTER MEMBRANE PROTEIN A (OMPA) TRANSMEMBRANE DOMAIN 提交 1998-10-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–192（172 aa）片段：TRANSMEMBRANE DOMAIN	突变：F23L, Q34K, K107Y	C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5；10 % PEG-8000 10 % MPD 0.05 M POTASSIUM PHOSPHATE PH 5.0	分辨率 2.50 Å R-free 0.235
1G90 NMR Solution Structure of Outer Membrane Protein A Transmembrane Domain: 10 conformers 提交 2000-11-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–197（176 aa）片段：TRANSMEMBRANE DOMAIN, RESIDUES 1-176	突变：W15F, W57F, W102F, W103F.	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.3；323 K；离子强度（mmCIF原始值）0.050；压力 ambient NMR样品组成 1mM OmpA(0-176) U-15N,13C,2H; 600 mM D38-DPC; 10 mM phosphate buffer; pH 6.3; 50 mM NaCl \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
2GE4 High-resolution solution structure of outer membrane protein A transmembrane domain 提交 2006-03-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–197（176 aa）片段：transmembrane domain	突变：W15F, W57F, W102F, W143F	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.3；223 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM NaCl；压力 ambient NMR样品组成 1mM OmpA U-2H,13C,15N; 500mM DPC; 10mM phosphate buffer; pH 6.3; 50mM NaCl \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2JMM NMR solution structure of a minimal transmembrane beta-barrel platform protein 提交 2006-11-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 43–197（155 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；303 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 ambient NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; 80% 2H] BBP+EF, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
3NB3 The host outer membrane proteins OmpA and OmpC are packed at specific sites in the Shigella phage Sf6 virion as structural components 提交 2010-06-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 240 PDB 声明：240-MERIC	链 A 1–346（346 aa）片段：outer membrane protein A 链 B 1–346（346 aa）片段：outer membrane protein A 链 C 1–346（346 aa）片段：outer membrane protein A	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 10 mM Tris-HCl, pH 7.4, 10 mM MgCl2；pH 7.4；10 mM Tris-HCl, pH 7.4, 10 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Vitrification was carried out with a standard cryoEM method. The sample of 4 microlitres was applied to a holey EM grid, blotted for 3-4 seconds with a Whatman #2 filter paper, and plunged into ethane slush incubated in liquid nitrogen. The grid was stored in liquid nitrogen.	分辨率 19.00 Å
3NB3 The host outer membrane proteins OmpA and OmpC are packed at specific sites in the Shigella phage Sf6 virion as structural components 提交 2010-06-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–346（346 aa）片段：outer membrane protein A 链 B 1–346（346 aa）片段：outer membrane protein A 链 C 1–346（346 aa）片段：outer membrane protein A	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 10 mM Tris-HCl, pH 7.4, 10 mM MgCl2；pH 7.4；10 mM Tris-HCl, pH 7.4, 10 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Vitrification was carried out with a standard cryoEM method. The sample of 4 microlitres was applied to a holey EM grid, blotted for 3-4 seconds with a Whatman #2 filter paper, and plunged into ethane slush incubated in liquid nitrogen. The grid was stored in liquid nitrogen.	分辨率 19.00 Å
3NB3 The host outer membrane proteins OmpA and OmpC are packed at specific sites in the Shigella phage Sf6 virion as structural components 提交 2010-06-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric	链 A 1–346（346 aa）片段：outer membrane protein A 链 B 1–346（346 aa）片段：outer membrane protein A 链 C 1–346（346 aa）片段：outer membrane protein A	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 10 mM Tris-HCl, pH 7.4, 10 mM MgCl2；pH 7.4；10 mM Tris-HCl, pH 7.4, 10 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Vitrification was carried out with a standard cryoEM method. The sample of 4 microlitres was applied to a holey EM grid, blotted for 3-4 seconds with a Whatman #2 filter paper, and plunged into ethane slush incubated in liquid nitrogen. The grid was stored in liquid nitrogen.	分辨率 19.00 Å
3NB3 The host outer membrane proteins OmpA and OmpC are packed at specific sites in the Shigella phage Sf6 virion as structural components 提交 2010-06-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 1–346（346 aa）片段：outer membrane protein A 链 B 1–346（346 aa）片段：outer membrane protein A 链 C 1–346（346 aa）片段：outer membrane protein A	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 10 mM Tris-HCl, pH 7.4, 10 mM MgCl2；pH 7.4；10 mM Tris-HCl, pH 7.4, 10 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Vitrification was carried out with a standard cryoEM method. The sample of 4 microlitres was applied to a holey EM grid, blotted for 3-4 seconds with a Whatman #2 filter paper, and plunged into ethane slush incubated in liquid nitrogen. The grid was stored in liquid nitrogen.	分辨率 19.00 Å
3NB3 The host outer membrane proteins OmpA and OmpC are packed at specific sites in the Shigella phage Sf6 virion as structural components 提交 2010-06-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–346（346 aa）片段：outer membrane protein A 链 B 1–346（346 aa）片段：outer membrane protein A 链 C 1–346（346 aa）片段：outer membrane protein A	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 10 mM Tris-HCl, pH 7.4, 10 mM MgCl2；pH 7.4；10 mM Tris-HCl, pH 7.4, 10 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Vitrification was carried out with a standard cryoEM method. The sample of 4 microlitres was applied to a holey EM grid, blotted for 3-4 seconds with a Whatman #2 filter paper, and plunged into ethane slush incubated in liquid nitrogen. The grid was stored in liquid nitrogen.	分辨率 19.00 Å
5M2Q Structure of cobinamide-bound BtuF mutant W66F, the periplasmic vitamin B12 binding protein in E.coli 提交 2016-10-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–22（22 aa）	突变：W66F	CBY COB(II)INAMIDE × 1 CYN CYANIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；PEG3350 HEPES pH 7 Tryptone	分辨率 1.70 Å R-free 0.249
5M2Q Structure of cobinamide-bound BtuF mutant W66F, the periplasmic vitamin B12 binding protein in E.coli 提交 2016-10-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–22（22 aa）	突变：W66F	CBY COB(II)INAMIDE × 1 CYN CYANIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；PEG3350 HEPES pH 7 Tryptone	分辨率 1.70 Å R-free 0.249
6LYR Structure of the BAM complex 提交 2020-02-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 P 180–188（9 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；27-30% PEG 400, 100mM NaCl	分辨率 3.28 Å R-free 0.280

共 7 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	OMPA_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–172； UniProt 22–191 作者链 B； PDB构建体 3–172； UniProt 22–191

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9fzc
沉积日期 deposition_date	2024-07-05
结构标题 title	Structure of OmpA-short in complex with nanobody Nb01
关键词 keywords	Porin, Nanobody, Complex, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.59 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.07 Å
零角强度 I(0) i0	65101700.00
分子量 molecular_weight	65513.0 kDa
排除体积 excluded_volume	82523 Å³
包络体积 envelope_volume	109760 Å³
水化壳体积 shell_volume	28361 Å³
包络直径 envelope_diameter	106.9 Å
壳层 Rg shell_rg	38.93 Å
包络 Rg envelope_rg	32.40 Å
形状 Rg shape_rg	33.06 Å
总 Rg total_rg	33.57 Å
总原子数 total_atoms	9190
残基数 n_residues	578
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	104.2 Å
Rg (实空间) rg_real	33.57 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.81 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.5100e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0020e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.59 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	65100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8800
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	46.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.107
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.710
角度范围 angular_range	— – 0.2350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2197000.0000
实空间数据点数 n_real_points	48
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.918; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.921; Smooth: 0.761

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Outer membrane protein A
分子量 formula_weight	18993.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	9466

MSAPKDNTWYTGAKLGWSQYHDTGFINNNGPTHENQLGAGAFGGYQVNPYVGFEMGYDWLGRMPYKGSVENGAYKAQGVQLTAKLGYPITDDLDIYTRLGGMVWRADTKSNVYGKNHDTGVSPVFAGGVEYAITPEIATRLEYQWTNNIGDAHTIGTRPDNGMLSLGVSYRFA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K-12

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Nanobody 01
分子量 formula_weight	13458.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

GPSQVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCVVSGTGFTFSKSPMSWARQAPGKEREWVSAIFADSSTYYSDSVRGRFTISRDNAKNTVYLQMNNVKPEDTAVYYCGHRRLGKTTYDYRGKGTRVTVSA

来源 Source

来源生物 organism	Vicugna pacos
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	30538
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K-12

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	N-OCTANE
分子量 formula_weight	114.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	17

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	276

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	56.048 Å
晶胞边长 b length_b	55.296 Å
晶胞边长 c length_c	107.805 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.09 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.270 Å
最低分辨率 resolution_low	107.790 Å
R 因子 r_factor	0.2090
R_work r_work	0.2076
R_free r_free	0.2344

fit	/app/data/saxs_computation/fz/9fzc/9fzc.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fz/9fzc/9fzc.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fz/9fzc/9fzc.dat

Structure of OmpA-short in complex with nanobody Nb01

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Outer membrane protein A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)