9fzc

Structure of OmpA-short in complex with nanobody Nb01

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 104.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9fzc
沉积日期 deposition_date	2024-07-05
结构标题 title	Structure of OmpA-short in complex with nanobody Nb01
关键词 keywords	Porin, Nanobody, Complex, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.59 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.07 Å
零角强度 I(0) i0	65101700.00
分子量 molecular_weight	65513.0 kDa
排除体积 excluded_volume	82523 Å³
包络体积 envelope_volume	109760 Å³
水化壳体积 shell_volume	28361 Å³
包络直径 envelope_diameter	106.9 Å
壳层 Rg shell_rg	38.93 Å
包络 Rg envelope_rg	32.40 Å
形状 Rg shape_rg	33.06 Å
总 Rg total_rg	33.57 Å
总原子数 total_atoms	9190
残基数 n_residues	578
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	104.2 Å
Rg (实空间) rg_real	33.57 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.81 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.5100e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0020e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.59 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	65100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8800
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	46.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.107
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.710
角度范围 angular_range	— – 0.2350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2197000.0000
实空间数据点数 n_real_points	48
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.918; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.921; Smooth: 0.761

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Outer membrane protein A
分子量 formula_weight	18993.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	9466

MSAPKDNTWYTGAKLGWSQYHDTGFINNNGPTHENQLGAGAFGGYQVNPYVGFEMGYDWLGRMPYKGSVENGAYKAQGVQLTAKLGYPITDDLDIYTRLGGMVWRADTKSNVYGKNHDTGVSPVFAGGVEYAITPEIATRLEYQWTNNIGDAHTIGTRPDNGMLSLGVSYRFA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K-12

Entity 2 polymer

描述 description	Nanobody 01
分子量 formula_weight	13458.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

GPSQVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCVVSGTGFTFSKSPMSWARQAPGKEREWVSAIFADSSTYYSDSVRGRFTISRDNAKNTVYLQMNNVKPEDTAVYYCGHRRLGKTTYDYRGKGTRVTVSA

来源 Source

来源生物 organism	Vicugna pacos
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	30538
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K-12

Entity 3 non-polymer

描述 description	N-OCTANE
分子量 formula_weight	114.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	17

Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	276

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	56.048 Å
晶胞边长 b length_b	55.296 Å
晶胞边长 c length_c	107.805 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.09 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.270 Å
最低分辨率 resolution_low	107.790 Å
R 因子 r_factor	0.2090
R_work r_work	0.2076
R_free r_free	0.2344

fit	/app/data/saxs_computation/fz/9fzc/9fzc.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fz/9fzc/9fzc.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fz/9fzc/9fzc.dat

Structure of OmpA-short in complex with nanobody Nb01

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)