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9gaa

PRECURSOR OF THE T152A MUTANT GLYCOSYLASPARAGINASE FROM FLAVOBACTERIUM MENINGOSEPTICUM

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 71.5 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (GLYCOSYLASPARAGINASE)

Elizabethkingia meningoseptica

UniProt Q47898

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 46–340 突变：T152A 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 15% PEG 3300, 100MM TRIS, PH 7.5, 0.2M LITHIUM SULFATE, 0.1% SODIUM AZIDE 分辨率 2.10 Å R-free 0.297
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 46–340 突变：T152A 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 15% PEG 3300, 100MM TRIS, PH 7.5, 0.2M LITHIUM SULFATE, 0.1% SODIUM AZIDE 分辨率 2.10 Å R-free 0.297
3 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 46–340 链 C； UniProt 46–340 突变：T152A 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 15% PEG 3300, 100MM TRIS, PH 7.5, 0.2M LITHIUM SULFATE, 0.1% SODIUM AZIDE 分辨率 2.10 Å R-free 0.297

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9GAA Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1AYY GLYCOSYLASPARAGINASE 提交 1997-11-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 46–196（151 aa）
链 B 197–340（144 aa）
链 C 46–196（151 aa）
链 D 197–340（144 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；19% PEG3350 IN 100 MM TRIS.HCL PH 8.5
分辨率 2.32 Å R-free 0.270
1P4K CRYSTAL STRUCTURE OF THE GLYCOSYLASPARAGINASE PRECURSOR D151N MUTANT 提交 2003-04-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 46–340（295 aa） 片段：Glycosylasparaginase, alpha and beta chains
链 C 46–340（295 aa） 片段：Glycosylasparaginase, alpha and beta chains
突变：D151N 突变：D151N GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7.5；15% PEG 3300, 0.1M Tris, pH 7.5, 0.2M lithium sulfate, 0.1% sodium azide, EVAPORATION
分辨率 1.90 Å R-free 0.220
1P4V CRYSTAL STRUCTURE OF THE GLYCOSYLASPARAGINASE PRECURSOR D151N MUTANT WITH GLYCINE 提交 2003-04-24 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 46–340（295 aa） 片段：Glycosylasparaginase, alpha and beta chains
链 C 46–340（295 aa） 片段：Glycosylasparaginase, alpha and beta chains
突变：D151N 突变：D151N GLY GLYCINE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7.5；15% PEG 3300, 0.1M Tris, pH 7.5, 0.2M lithium sulfate, 0.1% sodium azide, 0.05M glycine, EVAPORATION
分辨率 1.90 Å R-free 0.225
2GAC T152C MUTANT GLYCOSYLASPARAGINASE FROM FLAVOBACTERIUM MENINGOSEPTICUM 提交 1998-05-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 46–196（151 aa）
链 B 198–340（143 aa）
链 C 46–196（151 aa）
链 D 198–340（143 aa）
突变：T152C 突变：T152C 突变：T152C 突变：T152C 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5
分辨率 2.10 Å R-free 0.280
2GAW WILD TYPE GLYCOSYLASPARAGINASE FROM FLAVOBACTERIUM MENINGOSEPTICUM 提交 1998-05-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 46–196（151 aa）
链 B 197–340（144 aa）
链 C 46–196（151 aa）
链 D 197–340（144 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5
分辨率 2.20 Å R-free 0.297
2GL9 Crystal Structure of Glycosylasparaginase-Substrate Complex 提交 2006-04-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 46–196（151 aa） 片段：residues 46-196
链 B 197–340（144 aa） 片段：residues 197-340
链 C 46–196（151 aa） 片段：residues 46-196
链 D 197–340（144 aa） 片段：residues 197-340
突变：T152C 突变：T152C NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ASN ASPARAGINE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；15% PEG 3350, 100 mM HEPES, 0.1% sodium azide, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.00 Å R-free 0.215
3LJQ Crystal Structure of the Glycosylasparaginase T152C apo-precursor 提交 2010-01-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 46–340（295 aa） 片段：UNP residues 46-340
链 C 46–340（295 aa） 片段：UNP residues 46-340
突变：T152C 突变：T152C NA SODIUM ION × 2 GLY GLYCINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；277 K；15% PEG 3350, 100 mM HEPES pH 7.5, 0.1% sodium azide, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.90 Å R-free 0.197
4R4Y Structural basis of a point mutation that causes the genetic disease Aspartylglucosaminuria 提交 2014-08-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 46–340（295 aa） 片段：UNP residues 46-340
链 B 46–340（295 aa） 片段：UNP residues 46-340
突变：G172D 突变：G172D SD4 N-hydroxy-L-asparagine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；298 K；0.2M NaCl, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 25% PEG 3350., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.10 Å R-free 0.252
9GAC PRECURSOR OF THE T152C MUTANT GLYCOSYLASPARAGINASE FROM FLAVOBACTERIUM MENINGOSEPTICUM 提交 1999-06-15 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 46–340（295 aa）
链 C 46–340（295 aa）
突变：T152C 突变：T152C GLY GLYCINE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 15% PEG 3300, 100MM TRIS, PH 7.5, 0.2M LITHIUM SULFATE, 0.1% SODIUM AZIDE
分辨率 1.90 Å R-free 0.278
9GAF PRECURSOR OF THE W11F MUTANT GLYCOSYLASPARAGINASE FROM FLAVOBACTERIUM MENINGOSEPTICUM 提交 1999-06-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 47–340（294 aa）
链 C 47–340（294 aa）
突变：W11F 突变：W11F GLY GLYCINE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 15% PEG 3300, 100MM TRIS, PH 7.5, 0.2M LITHIUM SULFATE, 0.1% SODIUM AZIDE
分辨率 1.90 Å R-free 0.239

共 10 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ASPG_FLAME
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–295； UniProt 46–340 作者链 C； PDB构建体 1–295； UniProt 46–340

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9gaa

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9gaa
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9gaa
沉积日期 deposition_date1999-06-15
结构标题 titlePRECURSOR OF THE T152A MUTANT GLYCOSYLASPARAGINASE FROM FLAVOBACTERIUM MENINGOSEPTICUM
关键词 keywordsPRECURSOR, GLYCOSYLASPARAGINASE, N-TERMINAL NUCLEOPHILE HYDROLASE, AUTOPROTEOLYSIS, MUTANT, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier23.27 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron22.38 Å
零角强度 I(0) i062148800.00
分子量 molecular_weight60407.0 kDa
排除体积 excluded_volume75143 ų
包络体积 envelope_volume82930 ų
水化壳体积 shell_volume29759 ų
包络直径 envelope_diameter73.8 Å
壳层 Rg shell_rg30.35 Å
包络 Rg envelope_rg22.56 Å
形状 Rg shape_rg22.41 Å
总 Rg total_rg23.12 Å
总原子数 total_atoms4238
残基数 n_residues558
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax71.5 Å
Rg (实空间) rg_real23.12 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.34 Å
I(0) (实空间) i0_real6.2150e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.5110e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal23.16 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal62150000.0000
解质量估计 total_estimate0.9025
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary29.7 Å
偏度 Skewness skewness0.157
峰度 Kurtosis kurtosis-0.442
角度范围 angular_range— – 0.3400 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha20610000.0000
实空间数据点数 n_real_points66
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.915; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.997
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd9gaaa_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.153 — Ntn hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamilyd.153.1 — N-terminal nucleophile aminohydrolases (Ntn hydrolases)
家族 Family familyd.153.1.5 — (Glycosyl)asparaginase
结构域编号 domain_idd9gaac_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.153 — Ntn hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamilyd.153.1 — N-terminal nucleophile aminohydrolases (Ntn hydrolases)
家族 Family familyd.153.1.5 — (Glycosyl)asparaginase
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)