SAXSdb — 9gac

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (GLYCOSYLASPARAGINASE)

Elizabethkingia meningoseptica

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 46–340 链 C； UniProt 46–340	突变：T152C	GLY GLYCINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 15% PEG 3300, 100MM TRIS, PH 7.5, 0.2M LITHIUM SULFATE, 0.1% SODIUM AZIDE	分辨率 1.90 Å R-free 0.278

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9GAC	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AYY GLYCOSYLASPARAGINASE 提交 1997-11-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 46–196（151 aa）链 B 197–340（144 aa）链 C 46–196（151 aa）链 D 197–340（144 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；19% PEG3350 IN 100 MM TRIS.HCL PH 8.5	分辨率 2.32 Å R-free 0.270
1P4K CRYSTAL STRUCTURE OF THE GLYCOSYLASPARAGINASE PRECURSOR D151N MUTANT 提交 2003-04-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 46–340（295 aa）片段：Glycosylasparaginase, alpha and beta chains 链 C 46–340（295 aa）片段：Glycosylasparaginase, alpha and beta chains	突变：D151N 突变：D151N	GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7.5；15% PEG 3300, 0.1M Tris, pH 7.5, 0.2M lithium sulfate, 0.1% sodium azide, EVAPORATION	分辨率 1.90 Å R-free 0.220
1P4V CRYSTAL STRUCTURE OF THE GLYCOSYLASPARAGINASE PRECURSOR D151N MUTANT WITH GLYCINE 提交 2003-04-24	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 46–340（295 aa）片段：Glycosylasparaginase, alpha and beta chains 链 C 46–340（295 aa）片段：Glycosylasparaginase, alpha and beta chains	突变：D151N 突变：D151N	GLY GLYCINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7.5；15% PEG 3300, 0.1M Tris, pH 7.5, 0.2M lithium sulfate, 0.1% sodium azide, 0.05M glycine, EVAPORATION	分辨率 1.90 Å R-free 0.225
2GAC T152C MUTANT GLYCOSYLASPARAGINASE FROM FLAVOBACTERIUM MENINGOSEPTICUM 提交 1998-05-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 46–196（151 aa）链 B 198–340（143 aa）链 C 46–196（151 aa）链 D 198–340（143 aa）	突变：T152C 突变：T152C 突变：T152C 突变：T152C	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 2.10 Å R-free 0.280
2GAW WILD TYPE GLYCOSYLASPARAGINASE FROM FLAVOBACTERIUM MENINGOSEPTICUM 提交 1998-05-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 46–196（151 aa）链 B 197–340（144 aa）链 C 46–196（151 aa）链 D 197–340（144 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.297
2GL9 Crystal Structure of Glycosylasparaginase-Substrate Complex 提交 2006-04-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 46–196（151 aa）片段：residues 46-196 链 B 197–340（144 aa）片段：residues 197-340 链 C 46–196（151 aa）片段：residues 46-196 链 D 197–340（144 aa）片段：residues 197-340	突变：T152C 突变：T152C	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ASN ASPARAGINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；15% PEG 3350, 100 mM HEPES, 0.1% sodium azide, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.215
3LJQ Crystal Structure of the Glycosylasparaginase T152C apo-precursor 提交 2010-01-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 46–340（295 aa）片段：UNP residues 46-340 链 C 46–340（295 aa）片段：UNP residues 46-340	突变：T152C 突变：T152C	NA SODIUM ION × 2 GLY GLYCINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；277 K；15% PEG 3350, 100 mM HEPES pH 7.5, 0.1% sodium azide, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.90 Å R-free 0.197
4R4Y Structural basis of a point mutation that causes the genetic disease Aspartylglucosaminuria 提交 2014-08-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 46–340（295 aa）片段：UNP residues 46-340 链 B 46–340（295 aa）片段：UNP residues 46-340	突变：G172D 突变：G172D	SD4 N-hydroxy-L-asparagine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；298 K；0.2M NaCl, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 25% PEG 3350., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.10 Å R-free 0.252
9GAA PRECURSOR OF THE T152A MUTANT GLYCOSYLASPARAGINASE FROM FLAVOBACTERIUM MENINGOSEPTICUM 提交 1999-06-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 46–340（295 aa）	突变：T152A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 15% PEG 3300, 100MM TRIS, PH 7.5, 0.2M LITHIUM SULFATE, 0.1% SODIUM AZIDE	分辨率 2.10 Å R-free 0.297
9GAA PRECURSOR OF THE T152A MUTANT GLYCOSYLASPARAGINASE FROM FLAVOBACTERIUM MENINGOSEPTICUM 提交 1999-06-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 46–340（295 aa）	突变：T152A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 15% PEG 3300, 100MM TRIS, PH 7.5, 0.2M LITHIUM SULFATE, 0.1% SODIUM AZIDE	分辨率 2.10 Å R-free 0.297
9GAA PRECURSOR OF THE T152A MUTANT GLYCOSYLASPARAGINASE FROM FLAVOBACTERIUM MENINGOSEPTICUM 提交 1999-06-15	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 46–340（295 aa）链 C 46–340（295 aa）	突变：T152A 突变：T152A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 15% PEG 3300, 100MM TRIS, PH 7.5, 0.2M LITHIUM SULFATE, 0.1% SODIUM AZIDE	分辨率 2.10 Å R-free 0.297
9GAF PRECURSOR OF THE W11F MUTANT GLYCOSYLASPARAGINASE FROM FLAVOBACTERIUM MENINGOSEPTICUM 提交 1999-06-15	构建体不同突变/修饰不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 47–340（294 aa）链 C 47–340（294 aa）	突变：W11F 突变：W11F	GLY GLYCINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 15% PEG 3300, 100MM TRIS, PH 7.5, 0.2M LITHIUM SULFATE, 0.1% SODIUM AZIDE	分辨率 1.90 Å R-free 0.239

共 10 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ASPG_FLAME
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–295； UniProt 46–340 作者链 C； PDB构建体 1–295； UniProt 46–340

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9gac
沉积日期 deposition_date	1999-06-15
结构标题 title	PRECURSOR OF THE T152C MUTANT GLYCOSYLASPARAGINASE FROM FLAVOBACTERIUM MENINGOSEPTICUM
关键词 keywords	PRECURSOR, GLYCOSYLASPARAGINASE, N-TERMINAL NUCLEOPHILE, AUTOPROTEOLYSIS, MUTANT, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.30 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.45 Å
零角强度 I(0) i0	63485600.00
分子量 molecular_weight	60924.0 kDa
排除体积 excluded_volume	75699 Å³
包络体积 envelope_volume	83965 Å³
水化壳体积 shell_volume	30008 Å³
包络直径 envelope_diameter	74.5 Å
壳层 Rg shell_rg	30.49 Å
包络 Rg envelope_rg	22.65 Å
形状 Rg shape_rg	22.48 Å
总 Rg total_rg	23.17 Å
总原子数 total_atoms	4272
残基数 n_residues	560
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	71.6 Å
Rg (实空间) rg_real	23.16 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.33 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.3490e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.5470e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.19 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	63490000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9027
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.167
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.436
角度范围 angular_range	— – 0.3400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	22610000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.916; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.998

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROTEIN (GLYCOSYLASPARAGINASE)
分子量 formula_weight	32181.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.1.26
突变 mutation	T152C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	4423

TTNKPIVLSTWNFGLHANVEAWKVLSKGGKALDAVEKGVRLVEDDPTERSVGYGGRPDRDGRVTLDACIMDENYNIGSVACMEHIKNPISVARAVMEKTPHVMLVGDGALEFALSQGFKKENLLTAESEKEWKEWLKTSQYKPIVNIENHDCIGMIALDAQGNLSGACTTSGMAYKMHGRVGDSPIIGAGLFVDNEIGAATATGHGEEVIRTVGTHLVVELMNQGRTPQQACKEAVERIVKIVNRRGKNLKDIQVGFIALNKKGEYGAYCIQDGFNFAVHDQKGNRLETPGFALK

来源 Source

来源生物 organism	Elizabethkingia meningoseptica
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	238
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	GLYCINE
分子量 formula_weight	75.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	151

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d9gaca_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.153 — Ntn hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.153.1 — N-terminal nucleophile aminohydrolases (Ntn hydrolases)
家族 Family family	d.153.1.5 — (Glycosyl)asparaginase

结构域编号 domain_id	d9gacc_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.153 — Ntn hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.153.1 — N-terminal nucleophile aminohydrolases (Ntn hydrolases)
家族 Family family	d.153.1.5 — (Glycosyl)asparaginase

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	46.300 Å
晶胞边长 b length_b	52.800 Å
晶胞边长 c length_c	62.400 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	80.80 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.50 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	105.10 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	6.000 Å
R 因子 r_factor	0.2320
R_work r_work	0.2320
R_free r_free	0.2780

fit	/app/data/saxs_computation/ga/9gac/9gac.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ga/9gac/9gac.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ga/9gac/9gac.dat

PRECURSOR OF THE T152C MUTANT GLYCOSYLASPARAGINASE FROM FLAVOBACTERIUM MENINGOSEPTICUM

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (GLYCOSYLASPARAGINASE)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction