SAXSdb — 9gi1

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

Staphylococcus aureus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 21	Unidentified substrate of the MecA-ClpC-ClpP complex from S.aureus × 1 ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC × 6 （Q2G0P5） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 6 MAGNESIUM ION × 7	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CLPP_STAA8
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 Pa； PDB构建体 1–195； UniProt 1–195 作者链 Pb； PDB构建体 1–195； UniProt 1–195 作者链 Pc； PDB构建体 1–195； UniProt 1–195 作者链 Pd； PDB构建体 1–195； UniProt 1–195 作者链 Pe； PDB构建体 1–195； UniProt 1–195 作者链 Pf； PDB构建体 1–195； UniProt 1–195 作者链 Pg； PDB构建体 1–195； UniProt 1–195 作者链 Ph； PDB构建体 1–195； UniProt 1–195 作者链 Pi； PDB构建体 1–195； UniProt 1–195 作者链 Pl； PDB构建体 1–195； UniProt 1–195 作者链 Pm； PDB构建体 1–195； UniProt 1–195 作者链 Pn； PDB构建体 1–195； UniProt 1–195 作者链 Po； PDB构建体 1–195； UniProt 1–195 作者链 Pq； PDB构建体 1–195； UniProt 1–195

ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC

Staphylococcus aureus

UniProt Q2G0P5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 21	ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit × 14 （Q2G036） Unidentified substrate of the MecA-ClpC-ClpP complex from S.aureus × 1 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 6 MAGNESIUM ION × 7	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CLPC_STAA8
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 a； PDB构建体 1–818； UniProt 1–818 作者链 b； PDB构建体 1–818； UniProt 1–818 作者链 c； PDB构建体 1–818； UniProt 1–818 作者链 d； PDB构建体 1–818； UniProt 1–818 作者链 e； PDB构建体 1–818； UniProt 1–818 作者链 f； PDB构建体 1–818； UniProt 1–818

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9gi1
沉积日期 deposition_date	2024-08-16
结构标题 title	Structure of the S.aureus MecA/ClpC/ClpP degradation system
关键词 keywords	protein-quality control, AAA+ unfoldases, peptidases, adaptor proteins, CHAPERONE; CHAPERONE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9gi1__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9gi1__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9gi1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	63.49 Å
Rg（电子密度）	63.46 Å
总 Rg	63.55 Å
原子数	47097
残基数	6024
排除体积	839220 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9gi1__assembly_1__model_1`	21-meric （21）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
分子量 formula_weight	21536.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.92
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	14

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Pa,Pb,Pc,Pd,Pe,Pf,Pg,Ph,Pi,Pl,Pm,Pn,Po,Pq
原子数 atom_count	47097

MNLIPTVIETTNRGERAYDIYSRLLKDRIIMLGSQIDDNVANSIVSQLLFLQAQDSEKDIYLYINSPGGSVTAGFAIYDTIQHIKPDVQTICIGMAASMGSFLLAAGAKGKRFALPNAEVMIHQPLGGAQGQATEIEIAANHILKTREKLNRILSERTGQSIEKIQKDTDRDNFLTAEEAKEYGLIDEVMVPETK

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1280
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Unidentified substrate of the MecA-ClpC-ClpP complex from S.aureus
分子量 formula_weight	2401.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC
分子量 formula_weight	91170.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a,b,c,d,e,f

MLFGRLTERAQRVLAHAQEEAIRLNHSNIGTEHLLLGLMKEPEGIAAKVLESFNITEDKVIEEVEKLIGHGQDHVGTLHYTPRAKKVIELSMDEARKLHHNFVGTEHILLGLIRENEGVAARVFANLDLNITKARAQVVKALGNPEMSNKNAQASKSNNTPTLDSLARDLTVIAKDGTLDPVIGRDKEITRVIEVLSRRTKNNPVLIGEPGVGKTAIAEGLAQAIVNNEVPETLKDKRVMSLDMGTVVAGTKYRGEFEERLKKVMEEIQQAGNVILFIDELHTLVGAGGAEGAIDASNILKPALARGELQCIGATTLDEYRKNIEKDAALERRFQPVQVDEPSVVDTVAILKGLRDRYEAHHRINISDEAIEAAVKLSNRYVSDRFLPDKAIDLIDEASSKVRLKSHTTPNNLKEIEQEIEKVKNEKDAAVHAQEFENAANLRDKQTKLEKQYEEAKNEWKNAQNGMSTSLSEEDIAEVIAGWTGIPLTKINETESEKLLSLEDTLHERVIGQKDAVNSISKAVRRARAGLKDPKRPIGSFIFLGPTGVGKTELARALAESMFGDDDAMIRVDMSEFMEKHAVSRLVGAPPGYVGHDDGGQLTEKVRRKPYSVILFDEIEKAHPDVFNILLQVLDDGHLTDTKGRTVDFRNTIIIMTSNVGAQELQDQRFAGFGGSSDGQDYETIRKTMLKELKNSFRPEFLNRVDDIIVFHKLTKEELKEIVTMMVNKLTNRLSEQNINIIVTDKAKDKIAEEGYDPEYGARPLIRAIQKTIEDNLSELILDGNQIEGKKVTVDHDGKEFKYDIAEQTSETKTPSQA

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1280
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	48011

Structure of the S.aureus MecA/ClpC/ClpP degradation system

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9gi1__assembly_1__model_1

9gi1__assembly_1__model_1 | I(q)

9gi1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Structure of the S.aureus MecA/ClpC/ClpP degradation system

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9gi1__assembly_1__model_1

9gi1__assembly_1__model_1 | I(q)

9gi1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)