9h6v

Lotus japonicus CERK6 extracellular domain in complex with two nanobodies

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 149.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9h6v
沉积日期 deposition_date	2024-10-25
最后修订 last_revision	2025-07-16
结构标题 title	Lotus japonicus CERK6 extracellular domain in complex with two nanobodies
关键词 keywords	chitin receptor, LysM, nanobody, PLANT PROTEIN; PLANT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.98 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.28 Å
零角强度 I(0) i0	157714000.00
分子量 molecular_weight	99225.0 kDa
排除体积 excluded_volume	122960 Å³
包络体积 envelope_volume	169530 Å³
水化壳体积 shell_volume	36184 Å³
包络直径 envelope_diameter	162.3 Å
壳层 Rg shell_rg	43.40 Å
包络 Rg envelope_rg	40.42 Å
形状 Rg shape_rg	41.26 Å
总 Rg total_rg	41.48 Å
总原子数 total_atoms	6973
残基数 n_residues	883
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	149.2 Å
Rg (实空间) rg_real	41.31 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.85 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5770e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.9940e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.99 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	157700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7964
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	34.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.465
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.460
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	10690000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.661; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.452; Smooth: 0.914

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	LysM type receptor kinase
分子量 formula_weight	22379.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	7128

SKCTHGCALAQASYYLLNGSNLTYISEIMQSSLLTKPEDIVSYNQDTIASKDSVQAGQRINVPFPCDCIEGEFLGHTFQYDVQKGDRYDTIAGTNYANLTTVEWLRRFNSYPPDNIPDTGTLNVTVNCSCGDSGVGDYGLFVTYPLRPGETLGSVASNVKLDSALLQKYNPNVNFNQGSGIVYIPAKDQNGSYVLLGSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Lotus japonicus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	34305
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 polymer

描述 description	Nb-aCERK6-2
分子量 formula_weight	14955.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

MQVQLVETGGGLVQAGGSLRLSCAASGRIFSRTIMAWFRQAPGKEREFVAAIRWSGGDTYYTDSMKGRFTVSRDNVKNTLYLQIDSLKPEDTAVYYCAAHRLDDEARLLPASVYDYWGRGTQVTVSSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Nb-aCERK6-1
分子量 formula_weight	14714.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,C

MQRQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGRTFSASTMGWFRQAPGKEREFVVCVSRNGESTYYADSVKGRFIISRDNVKNTVYLQMNSLEPEDTAVYYCAARTRGIVCDSTDSYGYWGKGTPVTVSSLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

Entity 6 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	9

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	149

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	49.280 Å
晶胞边长 b length_b	57.580 Å
晶胞边长 c length_c	86.810 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	96.97 °
晶胞夹角 β angle_beta	88.98 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	96.42 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.190 Å
最低分辨率 resolution_low	32.420 Å
R 因子 r_factor	0.2068
R_work r_work	0.2044
R_free r_free	0.2524

fit	/app/data/saxs_computation/h6/9h6v/9h6v.fit
pddf	/app/data/pr_computation/h6/9h6v/9h6v.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/h6/9h6v/9h6v.dat

Lotus japonicus CERK6 extracellular domain in complex with two nanobodies

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 branched

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)