9h7r

MITF in complex with 6-((1-hydroxycyclohexyl)ethynyl)-1-phenyl-1H-indole-2-carboxylic acid

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 93.2 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9h7r
沉积日期 deposition_date	2024-10-28
最后修订 last_revision	2025-11-05
结构标题 title	MITF in complex with 6-((1-hydroxycyclohexyl)ethynyl)-1-phenyl-1H-indole-2-carboxylic acid
关键词 keywords	transcription factor, regulator of melanocyte survival, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.60 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.69 Å
零角强度 I(0) i0	19830300.00
分子量 molecular_weight	21708.0 kDa
排除体积 excluded_volume	20371 Å³
包络体积 envelope_volume	38131 Å³
水化壳体积 shell_volume	14588 Å³
包络直径 envelope_diameter	94.0 Å
壳层 Rg shell_rg	28.71 Å
包络 Rg envelope_rg	26.04 Å
形状 Rg shape_rg	25.62 Å
总 Rg total_rg	26.08 Å
总原子数 total_atoms	1634
残基数 n_residues	187
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	93.2 Å
Rg (实空间) rg_real	26.04 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.07 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9830e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.2630e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.91 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	19830000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6871
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	18.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.596
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.511
角度范围 angular_range	— – 0.3100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4639000.0000
实空间数据点数 n_real_points	63
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.277; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.109; Smooth: 0.987

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Isoform M1 of Microphthalmia-associated transcription factor
分子量 formula_weight	9880.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	1786

GAMRFNINDRIKELGTLIPKSNDPDMRWNKGTILKASVDYIRKLQREQQRAKELENRQKKLEHANRHLLLRIQELEMQARAHG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 3 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 4 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	6-[2-(1-oxidanylcyclohexyl)ethynyl]-1-phenyl-indole-2-carboxylic acid
分子量 formula_weight	359.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	82

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	90.750 Å
晶胞边长 b length_b	90.750 Å
晶胞边长 c length_c	82.764 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	tetragonal

分辨率 resolution	2.520 Å
最低分辨率 resolution_low	61.150 Å
R 因子 r_factor	0.2075
R_work r_work	0.2052
R_free r_free	0.2468

fit	/app/data/saxs_computation/h7/9h7r/9h7r.fit
pddf	/app/data/pr_computation/h7/9h7r/9h7r.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/h7/9h7r/9h7r.dat