9h8c

Human CDK8/Cyclin-C complex with inhibitor 2-9

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 89.9 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cyclin-dependent kinase 8

Homo sapiens

UniProt P49336

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–403 未记录 Cyclin-C × 1 (P24863) EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 GOL GLYCEROL × 2 A1IS8 4-[(3~{S})-3-[2-[(3~{R})-3-fluoranylpyrrolidin-1-yl]pyrimidin-4-yl]piperidin-1-yl]carbonyl-1~{H}-pyrrole-2-carbonitrile × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;PEG3350, MES pH6.5, HEPES pH6.8, Sodium Formate 分辨率 2.57 Å R-free 0.262

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 35 个其他 PDB 条目、35 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CDK8_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 12–414; UniProt 1–403

Cyclin-C

Homo sapiens

UniProt P24863

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–283 未记录 Cyclin-dependent kinase 8 × 1 (P49336) EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 GOL GLYCEROL × 2 A1IS8 4-[(3~{S})-3-[2-[(3~{R})-3-fluoranylpyrrolidin-1-yl]pyrimidin-4-yl]piperidin-1-yl]carbonyl-1~{H}-pyrrole-2-carbonitrile × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;PEG3350, MES pH6.5, HEPES pH6.8, Sodium Formate 分辨率 2.57 Å R-free 0.262

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 35 个其他 PDB 条目、35 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CCNC_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 31–313; UniProt 1–283

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9h8c

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9h8c
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9h8c
沉积日期 deposition_date2024-10-29
结构标题 titleHuman CDK8/Cyclin-C complex with inhibitor 2-9
关键词 keywordsKinase, Inhibitor, CDK8, Cyclin Dependent Kinase, Cyclin, Transcription-Transferase-Inhibitor Complex, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.56
回转半径 Rg (电子) rg_electron27.82
零角强度 I(0) i0152096000.00
分子量 molecular_weight66454.0 kDa
排除体积 excluded_volume64945 ų
包络体积 envelope_volume110650 ų
水化壳体积 shell_volume33044 ų
包络直径 envelope_diameter93.4
壳层 Rg shell_rg35.24
包络 Rg envelope_rg27.89
形状 Rg shape_rg27.80
总 Rg total_rg28.42
总原子数 total_atoms5038
残基数 n_residues602
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax89.9
Rg (实空间) rg_real28.52
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.47
I(0) (实空间) i0_real1.5210e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.1480e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.53
I(0) (倒空间) i0_reciprocal152100000.0000
解质量估计 total_estimate0.9033
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary30.5
偏度 Skewness skewness0.266
峰度 Kurtosis kurtosis-0.568
角度范围 angular_range— – 0.2800 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha30760000.0000
实空间数据点数 n_real_points57
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.943; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.918

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)