SAXSdb — 9hgh

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Speckle type BTB/POZ protein

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 28–166	未记录	Myeloid differentiation primary response protein MyD88 × 1 （Q99836）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD, 0.03 M diethyleneglycol, 0.03 M triethyleneglycol, 0.03 M tetraethyleneglycol, 0.03 M pentaethyleneglycol, 0.1 M bicine/Trizma base pH 8.5	分辨率 1.90 Å R-free 0.232

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9HGH	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7KPI Crystal structure of the SPOP MATH domain 提交 2020-11-11	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–166（139 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.1 M HEPES, pH 7.5, 23% (w/v) PME 550, 5 mM DTT	分辨率 1.70 Å R-free 0.196
7KPK Crystal structure of the SPOP MATH domain in complex with a fragment of Pdx1 提交 2020-11-11	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–166（139 aa）片段：MATH domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；50 mM sodium cacodylate, pH 6.5, 0.08 M magnesium acetate, 30% (w/v) PEG 4000	分辨率 1.71 Å R-free 0.227
9HFU Caprin1 peptide bound to SPOP MATH domain 提交 2024-11-18	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–166（139 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD, 0.03 M sodium fluoride, 0.03 M sodium bromide, 0.03 M sodium iodide, 0.1 M bicine/Trizma base pH 8.5	分辨率 1.70 Å R-free 0.204
9HFU Caprin1 peptide bound to SPOP MATH domain 提交 2024-11-18	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 28–166（139 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD, 0.03 M sodium fluoride, 0.03 M sodium bromide, 0.03 M sodium iodide, 0.1 M bicine/Trizma base pH 8.5	分辨率 1.70 Å R-free 0.204
9HFW SRC-3 (NCoA-3) peptide bound to SPOP MATH domain 提交 2024-11-18	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–166（139 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD, 0.03 M sodium fluoride, 0.03 M sodium bromide, 0.03 M sodium iodide, 0.1 M bicine/Trizma base pH 8.5	分辨率 1.70 Å R-free 0.223

共 4 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	D6RDG8_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–140； UniProt 28–166

Myeloid differentiation primary response protein MyD88

物种未注明

UniProt Q99836

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 125–141	未记录	Speckle type BTB/POZ protein × 1 （D6RDG8）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD, 0.03 M diethyleneglycol, 0.03 M triethyleneglycol, 0.03 M tetraethyleneglycol, 0.03 M pentaethyleneglycol, 0.1 M bicine/Trizma base pH 8.5	分辨率 1.90 Å R-free 0.232

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9HGH	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2JS7 Solution NMR structure of human myeloid differentiation primary response (MyD88). Northeast Structural Genomics target HR2869A 提交 2007-06-29	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 146–296（151 aa）片段：C-Terminal TIR domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5；303 K；压力 ambient NMR样品组成 0.8 mM [U-5% 13C; U-100% 15N] protein, 10 mM DTT, 40 mM ammonium acetate, 5 % acetonitrile, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 10 mM DTT, 40 mM ammonium acetate, 5 % acetonitrile, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 10 mM DTT, 40 mM ammonium acetate, 5 % acetonitrile, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
2Z5V Solution structure of the TIR domain of human MyD88 提交 2007-07-19	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 148–296（149 aa）片段：MyD88 TIR domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 298 K；压力 1	分辨率未提供
3MOP The ternary Death Domain complex of MyD88, IRAK4, and IRAK2 提交 2010-04-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 A 20–117（98 aa）片段：death domain residues 20-117 链 B 20–117（98 aa）片段：death domain residues 20-117 链 C 20–117（98 aa）片段：death domain residues 20-117 链 D 20–117（98 aa）片段：death domain residues 20-117 链 E 20–117（98 aa）片段：death domain residues 20-117 链 F 20–117（98 aa）片段：death domain residues 20-117	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；100-250 mM MgCl2, 8-15 % ethanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.40 Å R-free 0.261
4DOM Crystal Structure of the TIR-domain of Human Myeloid Differentiation Primary Response protein (MyD88) 提交 2012-02-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 157–296（140 aa）片段：TIR domain, UNP residues 157-296	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；30% PEG 8000, 0.1M Immidazole pH 8.0, 0.2M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.80 Å R-free 0.216
4EO7 Crystal structure of the TIR domain of human myeloid differentiation primary response protein 88. 提交 2012-04-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 157–296（140 aa）片段：TIR domain, UNP residues 157-296	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；277 K；25% PEG 3350, 0.1M BIS-TRIS pH 6.5,0.2M NaCl, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 1.45 Å R-free 0.208
7BEQ MicroED structure of the MyD88 TIR domain higher-order assembly 提交 2020-12-24	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 155–296（142 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å R-free 0.280
7BER SFX structure of the MyD88 TIR domain higher-order assembly (solved, rebuilt and refined using an identical protocol to the MicroED structure of the MyD88 TIR domain higher-order assembly) 提交 2020-12-24	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 155–296（142 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；310 K；MAL TIR (0.5-3 mM) incubated with MyD88 TIR (60-100 mM) in 10 mM HEPES pH 7.5-8, 150 mM NaCl at 310K	分辨率 2.30 Å R-free 0.281
7L6W SFX structure of the MyD88 TIR domain higher-order assembly 提交 2020-12-24	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 159–296（138 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；310 K；MAL TIR (0.5-3 micromolar) was incubated with MyD88 TIR domain (60-100 micromolar) in 10 millimolar HEPES at pH 7.5-8, 150 millimolar NaCl at 298-310K.	分辨率 2.30 Å R-free 0.288
8S78 MicroED Structure of TLR2 TIR domain-induced MyD88 TIR domain higher-order assembly 提交 2024-02-29	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 154–296（143 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；TLR2 TIR protein, 10 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.85 Å R-free 0.267
8W8M Cryo-EM structure of helical filament of MyD88 TIR 提交 2023-09-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 102 PDB 声明：102-meric	链 1A 153–296（144 aa）链 1B 153–296（144 aa）链 1C 153–296（144 aa）链 1D 153–296（144 aa）链 1E 153–296（144 aa）链 1F 153–296（144 aa）链 2A 153–296（144 aa）链 2B 153–296（144 aa）链 2C 153–296（144 aa）链 2D 153–296（144 aa）链 2E 153–296（144 aa）链 2F 153–296（144 aa）链 3A 153–296（144 aa）链 3B 153–296（144 aa）链 3C 153–296（144 aa）链 3D 153–296（144 aa）链 3E 153–296（144 aa）链 3F 153–296（144 aa）链 A1 153–296（144 aa）链 A2 153–296（144 aa）链 A3 153–296（144 aa）链 B1 153–296（144 aa）链 B2 153–296（144 aa）链 B3 153–296（144 aa）链 C1 153–296（144 aa）链 C2 153–296（144 aa）链 C3 153–296（144 aa）链 D1 153–296（144 aa）链 D2 153–296（144 aa）链 D3 153–296（144 aa）链 E1 153–296（144 aa）链 E2 153–296（144 aa）链 E3 153–296（144 aa）链 F1 153–296（144 aa）链 F2 153–296（144 aa）链 F3 153–296（144 aa）链 G1 153–296（144 aa）链 G2 153–296（144 aa）链 G3 153–296（144 aa）链 H1 153–296（144 aa）链 H2 153–296（144 aa）链 H3 153–296（144 aa）链 I1 153–296（144 aa）链 I2 153–296（144 aa）链 I3 153–296（144 aa）链 J1 153–296（144 aa）链 J2 153–296（144 aa）链 J3 153–296（144 aa）链 K1 153–296（144 aa）链 K2 153–296（144 aa）链 K3 153–296（144 aa）链 L1 153–296（144 aa）链 L2 153–296（144 aa）链 L3 153–296（144 aa）链 M1 153–296（144 aa）链 M2 153–296（144 aa）链 M3 153–296（144 aa）链 N1 153–296（144 aa）链 N2 153–296（144 aa）链 N3 153–296（144 aa）链 O1 153–296（144 aa）链 O2 153–296（144 aa）链 O3 153–296（144 aa）链 P1 153–296（144 aa）链 P2 153–296（144 aa）链 P3 153–296（144 aa）链 Q1 153–296（144 aa）链 Q2 153–296（144 aa）链 Q3 153–296（144 aa）链 R1 153–296（144 aa）链 R2 153–296（144 aa）链 R3 153–296（144 aa）链 S1 153–296（144 aa）链 S2 153–296（144 aa）链 S3 153–296（144 aa）链 T1 153–296（144 aa）链 T2 153–296（144 aa）链 T3 153–296（144 aa）链 U1 153–296（144 aa）链 U2 153–296（144 aa）链 U3 153–296（144 aa）链 V1 153–296（144 aa）链 V2 153–296（144 aa）链 V3 153–296（144 aa）链 W1 153–296（144 aa）链 W2 153–296（144 aa）链 W3 153–296（144 aa）链 X1 153–296（144 aa）链 X2 153–296（144 aa）链 X3 153–296（144 aa）链 Y1 153–296（144 aa）链 Y2 153–296（144 aa）链 Y3 153–296（144 aa）链 YD 153–296（144 aa）链 YE 153–296（144 aa）链 YF 153–296（144 aa）链 Z1 153–296（144 aa）链 Z2 153–296（144 aa）链 Z3 153–296（144 aa）链 ZD 153–296（144 aa）链 ZE 153–296（144 aa）链 ZF 153–296（144 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.28 Å
8YYM Cryo-EM structure of cylindrical fiber of MyD88 TIR 提交 2024-04-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 104 PDB 声明：104-meric	链 A 153–296（144 aa）链 AA 153–296（144 aa）链 AB 153–296（144 aa）链 AC 153–296（144 aa）链 B 153–296（144 aa）链 BA 153–296（144 aa）链 BB 153–296（144 aa）链 BC 153–296（144 aa）链 C 153–296（144 aa）链 CA 153–296（144 aa）链 CB 153–296（144 aa）链 CC 153–296（144 aa）链 D 153–296（144 aa）链 DA 153–296（144 aa）链 DB 153–296（144 aa）链 DC 153–296（144 aa）链 E 153–296（144 aa）链 EA 153–296（144 aa）链 EB 153–296（144 aa）链 EC 153–296（144 aa）链 F 153–296（144 aa）链 FA 153–296（144 aa）链 FB 153–296（144 aa）链 FC 153–296（144 aa）链 G 153–296（144 aa）链 GA 153–296（144 aa）链 GB 153–296（144 aa）链 GC 153–296（144 aa）链 H 153–296（144 aa）链 HA 153–296（144 aa）链 HB 153–296（144 aa）链 HC 153–296（144 aa）链 I 153–296（144 aa）链 IA 153–296（144 aa）链 IB 153–296（144 aa）链 IC 153–296（144 aa）链 J 153–296（144 aa）链 JA 153–296（144 aa）链 JB 153–296（144 aa）链 JC 153–296（144 aa）链 K 153–296（144 aa）链 KA 153–296（144 aa）链 KB 153–296（144 aa）链 KC 153–296（144 aa）链 L 153–296（144 aa）链 LA 153–296（144 aa）链 LB 153–296（144 aa）链 LC 153–296（144 aa）链 M 153–296（144 aa）链 MA 153–296（144 aa）链 MB 153–296（144 aa）链 MC 153–296（144 aa）链 N 153–296（144 aa）链 NA 153–296（144 aa）链 NB 153–296（144 aa）链 NC 153–296（144 aa）链 O 153–296（144 aa）链 OA 153–296（144 aa）链 OB 153–296（144 aa）链 OC 153–296（144 aa）链 P 153–296（144 aa）链 PA 153–296（144 aa）链 PB 153–296（144 aa）链 PC 153–296（144 aa）链 Q 153–296（144 aa）链 QA 153–296（144 aa）链 QB 153–296（144 aa）链 QC 153–296（144 aa）链 R 153–296（144 aa）链 RA 153–296（144 aa）链 RB 153–296（144 aa）链 RC 153–296（144 aa）链 S 153–296（144 aa）链 SA 153–296（144 aa）链 SB 153–296（144 aa）链 SC 153–296（144 aa）链 T 153–296（144 aa）链 TA 153–296（144 aa）链 TB 153–296（144 aa）链 TC 153–296（144 aa）链 U 153–296（144 aa）链 UA 153–296（144 aa）链 UB 153–296（144 aa）链 UC 153–296（144 aa）链 V 153–296（144 aa）链 VA 153–296（144 aa）链 VB 153–296（144 aa）链 VC 153–296（144 aa）链 W 153–296（144 aa）链 WA 153–296（144 aa）链 WB 153–296（144 aa）链 WC 153–296（144 aa）链 X 153–296（144 aa）链 XA 153–296（144 aa）链 XB 153–296（144 aa）链 XC 153–296（144 aa）链 Y 153–296（144 aa）链 YA 153–296（144 aa）链 YB 153–296（144 aa）链 YC 153–296（144 aa）链 Z 153–296（144 aa）链 ZA 153–296（144 aa）链 ZB 153–296（144 aa）链 ZC 153–296（144 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
9HFV MyD88 peptide_2 bound to SPOP MATH domain 提交 2024-11-18	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 127–146（20 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；10% w/v PEG 20,000, 20% v/v PEG MME 550, 0.03 M magnesium chloride, 0.03 M calcium chloride, 0.1 M MOPS/HEPES-Na pH 7.5	分辨率 1.45 Å R-free 0.214

共 12 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MYD88_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–17； UniProt 125–141

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9hgh
沉积日期 deposition_date	2024-11-19
结构标题 title	MyD88 peptide_1 bound to SPOP MATH domain
关键词 keywords	Ubiquitination, Ligase, Immune signalling, Degradation; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.58 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	15.26 Å
零角强度 I(0) i0	5367000.00
分子量 molecular_weight	17321.0 kDa
排除体积 excluded_volume	21976 Å³
包络体积 envelope_volume	24614 Å³
水化壳体积 shell_volume	13702 Å³
包络直径 envelope_diameter	52.5 Å
壳层 Rg shell_rg	21.14 Å
包络 Rg envelope_rg	15.73 Å
形状 Rg shape_rg	15.22 Å
总 Rg total_rg	16.53 Å
总原子数 total_atoms	2442
残基数 n_residues	154
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	53.9 Å
Rg (实空间) rg_real	16.50 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.32 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.3670e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.2780e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.51 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5367000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8859
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	20.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.245
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.321
角度范围 angular_range	— – 0.4800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1154000.0000
实空间数据点数 n_real_points	78
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.843; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.984

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Speckle type BTB/POZ protein
分子量 formula_weight	16212.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2563

AKVVKFSYMWTINNFSFCREEMGEVIKSSTFSSGANDKLKWCLRVNPKGLDEESKDYLSLYLLLVSCPKSEVRAKFKFSILNAKGEETKAMESQRAYRFVQGKDWGFKKFIRRDFLLDEANGLLPDDKLTLFCEVSVVQD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Myeloid differentiation primary response protein MyD88
分子量 formula_weight	1770.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

AEKPLQVAAVDSSVPRT

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	121

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	40.000 Å
晶胞边长 b length_b	57.290 Å
晶胞边长 c length_c	60.970 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	33.440 Å
R 因子 r_factor	0.1758
R_work r_work	0.1730
R_free r_free	0.2322

fit	/app/data/saxs_computation/hg/9hgh/9hgh.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hg/9hgh/9hgh.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hg/9hgh/9hgh.dat

MyD88 peptide_1 bound to SPOP MATH domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Speckle type BTB/POZ protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Myeloid differentiation primary response protein MyD88

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)