SAXSdb — 9hki

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9hki
沉积日期 deposition_date	2024-12-03
结构标题 title	Plunge-frozen beta-galactosidase
关键词 keywords	glycoside hydrolase, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	52.49 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	52.12 Å
零角强度 I(0) i0	3204030000.00
分子量 molecular_weight	464540.0 kDa
排除体积 excluded_volume	575650 Å³
包络体积 envelope_volume	758670 Å³
水化壳体积 shell_volume	116510 Å³
包络直径 envelope_diameter	185.8 Å
壳层 Rg shell_rg	59.28 Å
包络 Rg envelope_rg	51.38 Å
形状 Rg shape_rg	52.10 Å
总 Rg total_rg	52.38 Å
总原子数 total_atoms	32800
残基数 n_residues	4084
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	174.3 Å
Rg (实空间) rg_real	52.39 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.52 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.2040e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.4100e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	52.56 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3205000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8662
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	63.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.295
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.205
角度范围 angular_range	— – 0.1500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	570800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	31
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.847; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.973; Smooth: 0.742

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Beta-galactosidase
分子量 formula_weight	116241.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.23
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	36752

MITDSLAVVLQRRDWENPGVTQLNRLAAHPPFASWRNSEEARTDRPSQQLRSLNGEWRFAWFPAPEAVPESWLECDLPEADTVVVPSNWQMHGYDAPIYTNVTYPITVNPPFVPTENPTGCYSLTFNVDESWLQEGQTRIIFDGVNSAFHLWCNGRWVGYGQDSRLPSEFDLSAFLRAGENRLAVMVLRWSDGSYLEDQDMWRMSGIFRDVSLLHKPTTQISDFHVATRFNDDFSRAVLEAEVQMCGELRDYLRVTVSLWQGETQVASGTAPFGGEIIDERGGYADRVTLRLNVENPKLWSAEIPNLYRAVVELHTADGTLIEAEACDVGFREVRIENGLLLLNGKPLLIRGVNRHEHHPLHGQVMDEQTMVQDILLMKQNNFNAVRCSHYPNHPLWYTLCDRYGLYVVDEANIETHGMVPMNRLTDDPRWLPAMSERVTRMVQRDRNHPSVIIWSLGNESGHGANHDALYRWIKSVDPSRPVQYEGGGADTTATDIICPMYARVDEDQPFPAVPKWSIKKWLSLPGETRPLILCEYAHAMGNSLGGFAKYWQAFRQYPRLQGGFVWDWVDQSLIKYDENGNPWSAYGGDFGDTPNDRQFCMNGLVFADRTPHPALTEAKHQQQFFQFRLSGQTIEVTSEYLFRHSDNELLHWMVALDGKPLASGEVPLDVAPQGKQLIELPELPQPESAGQLWLTVRVVQPNATAWSEAGHISAWQQWRLAENLSVTLPAASHAIPHLTTSEMDFCIELGNKRWQFNRQSGFLSQMWIGDKKQLLTPLRDQFTRAPLDNDIGVSEATRIDPNAWVERWKAAGHYQAEAALLQCTADTLADAVLITTAHAWQHQGKTLFISRKTYRIDGSGQMAITVDVEVASDTPHPARIGLNCQLAQVAERVNWLGLGPQENYPDRLTAACFDRWDLPLSDMYTPYVFPSENGLRCGTRELNYGPHQWRGDFQFNISRYSQQQLMETSHRHLLHAEEGTWLNIDGFHMGIGGDDSWSPSVSAEFQLSAGRYHYQLVWCQ

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3952

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	1.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	305360

fit	/app/data/saxs_computation/hk/9hki/9hki.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hk/9hki/9hki.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hk/9hki/9hki.dat

Plunge-frozen beta-galactosidase

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution