9hn4

Cryo-EM structure of human separase bound to phosphorylated SCC1 (310-550 aa)

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 152.1 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Double-strand-break repair protein rad21 homolog

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 310–550	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Separin × 1 （Q14674） ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.93 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9HN4	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4PJU crystal structure of human Stromal Antigen 2 (SA2) in complex with Sister Chromatid Cohesion protein 1 (Scc1) 提交 2014-05-12	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 281–420（140 aa）片段：UNP residues 281-420	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.12 M Morpheus Divalents Mix, 0.1 M Morpheus Buffer System 1, and 27-30% (v/v) Morpheus EOD_P8K (Molecular Dimensions).	分辨率 3.05 Å R-free 0.238
4PJW crystal structure of human Stromal Antigen 2 (SA2) in complex with Sister Chromatid Cohesion protein 1 (Scc1), with bound MES 提交 2014-05-12	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 281–420（140 aa）片段：UNP residues 281-420	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.12 M Morpheus Divalents Mix, 0.1 M Morpheus Buffer System 1, and 27-30% (v/v) Morpheus EOD_P8K (Molecular Dimensions).	分辨率 2.85 Å R-free 0.225
4PK7 crystal structure of human Stromal Antigen 2 (SA2) in complex with Sister Chromatid Cohesion protein 1 (Scc1) with bound MES, native proteins 提交 2014-05-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 281–420（140 aa）	未记录	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.12 M Morpheus Divalents Mix, 0.1 M Morpheus Buffer System 1, and 27-30% (v/v) Morpheus EOD_P8K (Molecular Dimensions).	分辨率 2.95 Å R-free 0.251
6QNX Structure of the SA2/SCC1/CTCF complex 提交 2019-02-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 281–420（140 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.06M Morpheus Divalents mix, 0.1M Morpheus buffer system 1, 48% (v/v) Morpheus EOD_P8K	分辨率 2.70 Å
6RRC Crystal structure of the N-terminal region of human cohesin subunit STAG1 in complex with RAD21 peptide 提交 2019-05-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 321–345（25 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.3；277 K；2.1 M Ammonium Sulfate, 0.1 M MES pH 6.3	分辨率 2.37 Å R-free 0.248
6RRC Crystal structure of the N-terminal region of human cohesin subunit STAG1 in complex with RAD21 peptide 提交 2019-05-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 321–345（25 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.3；277 K；2.1 M Ammonium Sulfate, 0.1 M MES pH 6.3	分辨率 2.37 Å R-free 0.248
6RRK Crystal structure of the central region of human cohesin subunit STAG1 in complex with RAD21 peptide 提交 2019-05-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 356–395（40 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；16 % PEG 3350, 0.2 M DL-Mallic acid	分辨率 3.17 Å R-free 0.278
6RRK Crystal structure of the central region of human cohesin subunit STAG1 in complex with RAD21 peptide 提交 2019-05-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 356–395（40 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；16 % PEG 3350, 0.2 M DL-Mallic acid	分辨率 3.17 Å R-free 0.278
6WG3 Cryo-EM structure of human Cohesin-NIPBL-DNA complex 提交 2020-04-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric	链 C 1–631（631 aa）	突变：R172A, D279A, R450A	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.30 Å
6WGE Cryo-EM structure of human Cohesin-NIPBL-DNA complex without STAG1 提交 2020-04-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 C 1–631（631 aa）	突变：R172A, D279A, R450A	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
7W1M Cryo-EM structure of human cohesin-CTCF-DNA complex 提交 2021-11-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 C 1–631（631 aa）	突变：R172A, D279A, R450A	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 ZN ZINC ION × 11	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.50 Å
7ZJS Structural basis of centromeric cohesion protection by SGO1 提交 2022-04-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–631（631 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.06 M Morpheus Divalents mix, 0.1 M Morpheus buffer system 2, 48% (v/v) Morpheus EOD_P8K	分辨率 3.24 Å R-free 0.289
7ZJS Structural basis of centromeric cohesion protection by SGO1 提交 2022-04-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–631（631 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.06 M Morpheus Divalents mix, 0.1 M Morpheus buffer system 2, 48% (v/v) Morpheus EOD_P8K	分辨率 3.24 Å R-free 0.289
8K4D Structure of the SA2/Scc1/CENP_U complex 提交 2023-07-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 281–420（140 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；0.03 M CaCl2,0.03 M MgCl2, 0.1 M MOPS-HEPES, pH7.5, 10% PEG8000, 20% ethylene glycol	分辨率 3.52 Å R-free 0.269
8P0A Human Cohesin ATPase module 提交 2023-05-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 558–629（72 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8.2 cryo-EM缓冲液 pH 8.2 cryo-EM缓冲液 pH 8.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.67 Å
8PQ5 Human Cohesin ATPase module with an open DNA exit gate 提交 2023-07-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 558–629（72 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8.2 cryo-EM缓冲液 pH 8.2 cryo-EM缓冲液 pH 8.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.40 Å
8RO6 Human cohesin SMC1A-HD(longCC)/RAD21-C complex - Apo closed P-loop conformation 提交 2024-01-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 558–629（72 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Hepes pH 7.0; 10% w/v PEG 6000	分辨率 2.20 Å R-free 0.244
8RO7 Human cohesin SMC1A-HD(longCC)/RAD21-C complex - Open/closed P-loop conformation 提交 2024-01-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 558–629（72 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Hepes pH 7.0; 10% w/v PEG 6000	分辨率 2.09 Å R-free 0.223
8RO8 Human cohesin SMC1A-HD(longCC-EQ)/RAD21-C complex - Apo closed P-loop conformation 提交 2024-01-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 558–629（72 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M sodium malonate dibasic monohydrate; 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.5; 20% w/v PEG 3350	分辨率 1.90 Å R-free 0.231
8RO9 Human cohesin SMC1A-HD(longCC-EQ)/RAD21-C complex - Open/closed P-loop conformation 提交 2024-01-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 558–629（72 aa）	未记录	B3P 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M sodium bromide; 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.5; 20% w/v PEG 3350	分辨率 1.77 Å R-free 0.218
8RO9 Human cohesin SMC1A-HD(longCC-EQ)/RAD21-C complex - Open/closed P-loop conformation 提交 2024-01-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 558–629（72 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M sodium bromide; 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.5; 20% w/v PEG 3350	分辨率 1.77 Å R-free 0.218
8ROA Human cohesin SMC1A-HD(longCC-EQ)/RAD21-C complex - ADP-bound conformation 提交 2024-01-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 558–629（72 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M ammonium formate; 20% w/v PEG 3350	分辨率 2.44 Å R-free 0.250
8ROA Human cohesin SMC1A-HD(longCC-EQ)/RAD21-C complex - ADP-bound conformation 提交 2024-01-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 558–629（72 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M ammonium formate; 20% w/v PEG 3350	分辨率 2.44 Å R-free 0.250
8ROB Human cohesin SMC1A-HD(longCC-EQ)/RAD21-C complex - ATPgS-Mg-bound conformation 提交 2024-01-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 558–629（72 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M MMT pH 7.0; 25% w/v PEG 1500	分辨率 2.50 Å R-free 0.299
8ROC Human cohesin SMC1A-HD(shortCC-EQ)/RAD21-C complex - Apo closed P-loop conformation 提交 2024-01-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 558–629（72 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M ammonium nitrate pH 6.3; 20% w/v PEG 3350	分辨率 1.85 Å R-free 0.222
8ROD Human cohesin SMC1A-HD(shortCC-EQ)/RAD21-C complex - Open/closed P-loop conformation 提交 2024-01-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 558–629（72 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M sodium sulfate; 20 % w/v PEG 3350	分辨率 1.50 Å R-free 0.232
8ROE Human cohesin SMC1A-HD(shortCC-EQ)/RAD21-C complex - ADP-bound conformation 提交 2024-01-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 558–629（72 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M sodium malonate; 0.1 M Bis Tris propane pH 6.5; 20 % w/v PEG 3350	分辨率 1.36 Å R-free 0.219
8ROF Human cohesin SMC1A-HD(shortCC-EQ)/RAD21-C complex - ADP-Mg-bound conformation 提交 2024-01-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 558–629（72 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M magnesium chloride; 0.1 M MES pH 6.0; 20 % w/v PEG 6000	分辨率 1.65 Å R-free 0.228
8ROG Human cohesin SMC1A-HD(shortCC-EQ)/RAD21-C complex - ATPgS-Mg-bound conformation 提交 2024-01-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 558–629（72 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M sodium formate; 0.1 M Bis Tris propane pH 6.5; 20 % w/v PEG 3350	分辨率 1.94 Å R-free 0.253
8ROH Human cohesin SMC3-HD(EQ)/RAD21-N complex - Apo conformation 提交 2024-01-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–102（102 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.21M NaSO4 ; 0.1M Bis-tris propane pH 7; 16% w/v PEG3350	分辨率 2.60 Å R-free 0.255
8ROI Human cohesin SMC3-HD(EQ)/RAD21-N complex - ADP-bound conformation 提交 2024-01-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–102（102 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Na/K phosphate pH 7.5; 0.1 M HEPES pH 7.5; 15% v/v PEG Smear High; 10% v/v ethylene glycol	分辨率 2.45 Å R-free 0.239
8ROJ Human cohesin SMC3-HD/RAD21-N complex - ADP-Mg-bound conformation 提交 2024-01-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–102（102 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.075 M magnesium chloride; 0.075 M Sodium citrate tribasic dehydrate; 0.1 M Bis-Tris pH 6.0; 18% v/v PEG Smear Broad	分辨率 3.00 Å R-free 0.264
8ROK Human cohesin SMC3-HD(EQ)/RAD21-N complex - ATP-Mg-bound conformation - Form 1 提交 2024-01-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–102（102 aa）	未记录	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.3 M NaCl; 0.05 M L-Arginine; 0.1 M Tris pH7.5; 22.5 % v/v PEG Smear Broad; 0.05 M L-Glutamic acid monosodium salt hydrate	分辨率 2.25 Å R-free 0.253
8ROK Human cohesin SMC3-HD(EQ)/RAD21-N complex - ATP-Mg-bound conformation - Form 1 提交 2024-01-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–102（102 aa）	未记录	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.3 M NaCl; 0.05 M L-Arginine; 0.1 M Tris pH7.5; 22.5 % v/v PEG Smear Broad; 0.05 M L-Glutamic acid monosodium salt hydrate	分辨率 2.25 Å R-free 0.253
8ROL Human cohesin SMC3-HD(EQ)/RAD21-N complex - ATP-Mg-bound conformation - Form 2 提交 2024-01-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–102（102 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Sodium chloride; 0.1 M Bicine pH 9.0; 20% w/v PEG 550 MME	分辨率 3.11 Å R-free 0.238
9EP3 Structure of the SA2/SCC1/WAPL complex 提交 2024-03-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 281–420（140 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.06M Morpheus Divalents mix, 0.1M Morpheus buffer system 1, 48% (v/v) Morpheus EOD_P8K	分辨率 3.08 Å R-free 0.268
9HMS Cryo-EM structure of human separase bound to SCC1 (310-550 aa) and SA2 提交 2024-12-09	突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 310–550（241 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
9HMV Cryo-EM structure of SA2-SCC1 complex at 2.9 angstrom 提交 2024-12-09	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 310–550（241 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
9HN0 Cryo-EM structure of human separase bound to SCC1 (310-550 aa) 提交 2024-12-10	突变/修饰不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 310–550（241 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
9HN5 Cryo-EM structure of human separase bound to phosphorylated SCC1 (100-320 aa) 提交 2024-12-10	构建体不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 100–320（221 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.96 Å
9HVY Cryo-EM structure of human separase-SCC1 (1-631) fusion protein 提交 2025-01-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–631（631 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å

共 35 个其他 PDB 条目、41 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RAD21_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–241； UniProt 310–550

Separin

Homo sapiens

UniProt Q14674

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–1481 链 B； UniProt 1537–2120	未记录	Double-strand-break repair protein rad21 homolog × 1 （O60216） ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.93 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9HN4	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7NJ0 CryoEM structure of the human Separase-Cdk1-cyclin B1-Cks1 complex 提交 2021-02-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–2120（2120 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PO4 PHOSPHATE ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
7NJ1 CryoEM structure of the human Separase-Securin complex 提交 2021-02-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–2120（2120 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
9HM7 Cryo-EM structure of apo human separase with the mutation C2029S 提交 2024-12-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–2120（2120 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
9HMA Cryo-EM structure of apo human separase 提交 2024-12-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–2120（2120 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
9HMS Cryo-EM structure of human separase bound to SCC1 (310-550 aa) and SA2 提交 2024-12-09	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–1481（1481 aa）链 C 1537–2120（584 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
9HN0 Cryo-EM structure of human separase bound to SCC1 (310-550 aa) 提交 2024-12-10	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–1481（1481 aa）链 B 1537–2120（584 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
9HN5 Cryo-EM structure of human separase bound to phosphorylated SCC1 (100-320 aa) 提交 2024-12-10	突变/修饰不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–1481（1481 aa）链 A 1537–2120（584 aa）	突变：C2029S 突变：C2029S	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.96 Å
9HVY Cryo-EM structure of human separase-SCC1 (1-631) fusion protein 提交 2025-01-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–2120（2120 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ESPL1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 56–1536； UniProt 1–1481 作者链 B； PDB构建体 1549–2132； UniProt 1537–2120

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9hn4
沉积日期 deposition_date	2024-12-10
结构标题 title	Cryo-EM structure of human separase bound to phosphorylated SCC1 (310-550 aa)
关键词 keywords	Separase, cell cycle, SCC1, RAD21, protease, chromosome segregation, Auto-cleavage, cohesin; CELL CYCLE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.23 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.52 Å
零角强度 I(0) i0	356785000.00
分子量 molecular_weight	154250.0 kDa
排除体积 excluded_volume	193350 Å³
包络体积 envelope_volume	265120 Å³
水化壳体积 shell_volume	55718 Å³
包络直径 envelope_diameter	160.6 Å
壳层 Rg shell_rg	43.84 Å
包络 Rg envelope_rg	42.72 Å
形状 Rg shape_rg	41.64 Å
总 Rg total_rg	41.27 Å
总原子数 total_atoms	10855
残基数 n_residues	1458
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	152.1 Å
Rg (实空间) rg_real	42.63 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.04 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.5680e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.4270e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.23 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	356600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8069
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	41.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.646
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.027
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	59290000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.634; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.845; Smooth: 0.739

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Double-strand-break repair protein rad21 homolog
分子量 formula_weight	27773.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	10855

DITVKETKAKRKRKLIVDSVKELDSKTIRAQLSDYSDIVTTLDLAPPTKKLMMWKETGGVEKLFSLPAQPLWNNRLLKLFTRCLTPLVPEDLRKRRKGGEADNLDEFLKEFENPEVPREDQQQQHQQRDVIDEPIIEEPSRLQESVMEASRTNIDESAMPPPPPQGVKRKAGQIDPEPVMPPQQVEQMEIPPVELPPEEPPNICQLIPELELLPEKEKEKEKEKEDDEEEEDEDASGGDQD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Separin
分子量 formula_weight	238086.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.49
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MDYKDHDGDYKDHDIDYKDDDDKSGPGGSGGSGGGSGGGSGENLYFQGGGSGGSGMRSFKRVNFGTLLSSQKEAEELLPDLKEFLSNPPAGFPSSRSDAERRQACDAILRACNQQLTAKLACPRHLGSLLELAELACDGYLVSTPQRPPLYLERILFVLLRNAAAQGSPEVTLRLAQPLHACLVQCSREAAPQDYEAVARGSFSLLWKGAEALLERRAAFAARLKALSFLVLLEDESTPCEVPHFASPTACRAVAAHQLFDASGHGLNEADADFLDDLLSRHVIRALVGERGSSSGLLSPQRALCLLELTLEHCRRFCWSRHHDKAISAVEKAHSYLRNTNLAPSLQLCQLGVKLLQVGEEGPQAVAKLLIKASAVLSKSMEAPSPPLRALYESCQFFLSGLERGTKRRYRLDAILSLFAFLGGYCSLLQQLRDDGVYGGSSKQQQSFLQMYFQGLHLYTVVVYDFAQGCQIVDLADLTQLVDSCKSTVVWMLEALEGLSGQELTDHMGMTASYTSNLAYSFYSHKLYAEACAISEPLCQHLGLVKPGTYPEVPPEKLHRCFRLQVESLKKLGKQAQGCKMVILWLAALQPCSPEHMAEPVTFWVRVKMDAARAGDKELQLKTLRDSLSGWDPETLALLLREELQAYKAVRADTGQERFNIICDLLELSPEETPAGAWARATHLVELAQVLCYHDFTQQTNCSALDAIREALQLLDSVRPEAQARDQLLDDKAQALLWLYICTLEAKMQEGIERDRRAQAPGNLEEFEVNDLNYEDKLQEDRFLYSNIAFNLAADAAQSKCLDQALALWKELLTKGQAPAVRCLQQTAASLQILAALYQLVAKPMQALEVLLLLRIVSERLKDHSKAAGSSCHITQLLLTLGCPSYAQLHLEEAASSLKHLDQTTDTYLLLSLTCDLLRSQLYWTHQKVTKGVSLLLSVLRDPALQKSSKAWYLLRVQVLQLVAAYLSLPSNNLSHSLWEQLCAQGWQTPEIALIDSHKLLRSIILLLMGSDILSTQKAAVETSFLDYGENLVQKWQVLSEVLSCSEKLVCHLGRLGSVSEAKAFCLEALKLTTKLQIPRQCALFLVLKGELELARNDIDLCQSDLQQVLFLLESCTEFGGVTQHLDSVKKVHLQKGKQQAQVPCPPQLPEEELFLRGPALELVATVAKEPGPIAPSTNSSPVLKTKPQPIPNFLSHSPTCDCSLCASPVLTAVCLRWVLVTAGVRLAMGHQAQGLDLLQVVLKGCPEAAERLTQALQASLNHKTPPSLVPSLLDEILAQAYTLLALEGLNQPSNESLQKVLQSGLKFVAARIPHLEPWRASLLLIWALTKLGGLSCCTTQLFASSWGWQPPLIKSVPGSEPSKTQGQKRSGRGRQKLASAPLSLNNTSQKGLEGRGLPCTPKPPDRIRQAGPHVPFTVFEEVCPTESKPEVPQAPRVQQRVQTRLKVNFSDDSDLEDPVSAEAWLAEEPKRRGTASRGRGRARKGLSLKTDAVVAPGSAPGNPGLNGRSRRAKKVASRHCEERRPQRASDQARPGGLEVLFQGPGSGDSSKKKLPSPCPDKESDKDLGPRLQLPSAPVATGLSTLDSICDSLSVAFRGISHCPPSGLYAHLCRFLALCLGHRDPYATAFLVTESVSITCRHQLLTHLHRQLSKAQKHRGSLEIADQLQGLSLQEMPGDVPLARIQRLFSFRALESGHFPQPEKESFQERLALIPSGVTVCVLALATLQPGTVGNTLLLTRLEKDSPPVSVQIPTGQNKLHLRSVLNEFDAIQKAQKENSSCTDKREWWTGRLALDHRMEVLIASLEKSVLGCWKGLLLPSSEEPGPAQEASRLQELLQDCGWKYPDRTLLKIMLSGAGALTPQDIQALAYGLCPTQPERAQELLNEAVGRLQGLTVPSNSHLVLVLDKDLQKLPWESMPSLQALPVTRLPSFRFLLSYSIIKEYGASPVLSQGVDPRSTFYVLNPHNNLSSTEEQFRANFSSEAGWRGVVGEVPRPEQVQEALTKHDLYIYAGHGAGARFLDGQAVLRLSCRAVALLFGSSSAALAVHGNLEGAGIVLKYIMAGCPLFLGNLWDVTDRDIDRYTEALLQGWLGAGPGAPLLYYVNQARQAPRLKYLIGAAPIAYGLPVSLRSSLAEENLYFQSWSHPQFEKGGGSGGGSGGGSWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.930 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.93 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	298574

fit	/app/data/saxs_computation/hn/9hn4/9hn4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hn/9hn4/9hn4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hn/9hn4/9hn4.dat

Cryo-EM structure of human separase bound to phosphorylated SCC1 (310-550 aa)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Double-strand-break repair protein rad21 homolog

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Separin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)