SAXSdb — 9hu4

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Major inner protein P1

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 13	NTPase × 1 （Q283T8） Major outer capsid protein × 10 （P07579）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	P1_BPPH6
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–766； UniProt 1–766 作者链 B； PDB构建体 1–766； UniProt 1–766

NTPase

物种未注明

UniProt Q283T8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 13	Major inner protein P1 × 2 （P11126） Major outer capsid protein × 10 （P07579）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q283T8_9VIRU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–39； UniProt 293–331

Major outer capsid protein

物种未注明

UniProt P07579

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 13	Major inner protein P1 × 2 （P11126） NTPase × 1 （Q283T8）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CAPSD_BPPH6
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–148； UniProt 1–148 作者链 E； PDB构建体 1–148； UniProt 1–148 作者链 F； PDB构建体 1–148； UniProt 1–148 作者链 G； PDB构建体 1–148； UniProt 1–148 作者链 H； PDB构建体 1–148； UniProt 1–148 作者链 I； PDB构建体 1–148； UniProt 1–148 作者链 J； PDB构建体 1–148； UniProt 1–148 作者链 K； PDB构建体 1–148； UniProt 1–148 作者链 L； PDB构建体 1–148； UniProt 1–148 作者链 M； PDB构建体 1–148； UniProt 1–148

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9hu4
沉积日期 deposition_date	2024-12-20
结构标题 title	Asymmetric unit from transcribing double-layered particle of bacteriophage phi6
关键词 keywords	;cystovirus, phi6, semi-conservative transcription, cryo-EM, cryogenic electron microscopy, localized reconstruction, symmetry relaxation, virus, dsRNA virus, bacteriophage ;; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9hu4__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9hu4__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9hu4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	57.19 Å
Rg（电子密度）	57.71 Å
总 Rg	57.69 Å
原子数	23399
残基数	3051
排除体积	418390 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9hu4__assembly_1__model_1`	13-meric （13）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Major inner protein P1
分子量 formula_weight	84783.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	23399

MFNLKVKDLNGSARGLTQAFAIGELKNQLSVGALQLPLQFTRTFSASMTSELLWEVGKGNIDPVMYARLFFQYAQAGGALSVDELVNQFTEYHQSTACNPEIWRKLTAYITGSSNRAIKADAVGKVPPTAILEQLRTLAPSEHELFHHITTDFVCHVLSPLGFILPDAAYVYRVGRTATYPNFYALVDCVRASDLRRMLTALSSVDSKMLQATFKAKGALAPALISQHLANAATTAFERSRGNFDANAVVSSVLTILGRLWSPSTPKELDPSARLRNTNGIDQLRSNLALFIAYQDMVKQRGRAEVIFSDEELSSTIIPWFIEAMSEVSPFKLRPINETTSYIGQTSAIDHMGQPSHVVVYEDWQFAKEITAFTPVKLANNSNQRFLDVEPGISDRMSATLAPIGNTFAVSAFVKNRTAVYEAVSQRGTVNSNGAEMTLGFPSVVERDYALDRDPMVAIAALRTGIVDESLEARASNDLKRSMFNYYAAVMHYAVAHNPEVVVSEHQGVAAEQGSLYLVWNVRTELRIPVGYNAIEGGSIRTPEPLEAIAYNKPIQPSEVLQAKVLDLANHTTSIHIWPWHEASTEFAYEDAYSVTIRNKRYTAEVKEFELLGLGQRRERVRILKPTVAHAIIQMWYSWFVEDDRTLAAARRTSRDDAEKLAIDGRRMQNAVTLLRKIEMIGTTGIGASAVHLAQSRIVDQMAGRGLIDDSSDLHVGINRHRIRIWAGLAVLQMMGLLSRSEAEALTKVLGDSNALGMVVATTDID

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	NTPase
分子量 formula_weight	4134.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

PTSMKALDHTSIASVAPLERGSVDTDDRNSAPRRGANFS

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Major outer capsid protein
分子量 formula_weight	15931.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	10

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F,G,H,I,J,K,L,M

MLLPVVARAAVPAIESAIAATPGLVSRIAAAIGSKVSPSAILAAVKSNPVVAGLTLAQIGSTGYDAYQQLLENHPEVAEMLKDLSFKADEIQPDFIGNLGQYREELELVEDAARFVGGMSNLIRLRQALELDIKYYGLKMQLNDMGYR

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分辨率 resolution	3.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	2504986

Asymmetric unit from transcribing double-layered particle of bacteriophage phi6

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Major inner protein P1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

NTPase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Major outer capsid protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9hu4__assembly_1__model_1

9hu4__assembly_1__model_1 | I(q)

9hu4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)

Asymmetric unit from transcribing double-layered particle of bacteriophage phi6

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Major inner protein P1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

NTPase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Major outer capsid protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9hu4__assembly_1__model_1

9hu4__assembly_1__model_1 | I(q)

9hu4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)