9hwu

Crystal structure of the Keap1 Kelch domain in complex with the small molecule UCAB#1004 at 1.40 Angstrom resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 56.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9hwu
沉积日期 deposition_date	2025-01-06
结构标题 title	Crystal structure of the Keap1 Kelch domain in complex with the small molecule UCAB#1004 at 1.40 Angstrom resolution
关键词 keywords	Keap1, Nrf2, Oxidative stress, Inhibitor, Peptide Binding Protein; PEPTIDE BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.10 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.72 Å
零角强度 I(0) i0	21363500.00
分子量 molecular_weight	33228.0 kDa
排除体积 excluded_volume	40600 Å³
包络体积 envelope_volume	45357 Å³
水化壳体积 shell_volume	20566 Å³
包络直径 envelope_diameter	58.1 Å
壳层 Rg shell_rg	24.81 Å
包络 Rg envelope_rg	17.95 Å
形状 Rg shape_rg	17.61 Å
总 Rg total_rg	18.90 Å
总原子数 total_atoms	4504
残基数 n_residues	291
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	56.7 Å
Rg (实空间) rg_real	18.92 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.17 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1360e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2420e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.95 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	21360000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8268
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.012
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.529
角度范围 angular_range	— – 0.4150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6295000.0000
实空间数据点数 n_real_points	73
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.924; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.971; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Kelch-like ECH-associated protein 1
分子量 formula_weight	33362.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4923

GPKVGRLIYTAGGYFRQSLSYLEAYNPSNGSWLRLADLQVPRSGLAGCVVGGLLYAVGGRNNSPDGNTDSSALDCYNPMTNQWSPCASMSVPRNRIGVGVIDGHIYAVGGSHGCIHHSSVERYEPERDEWHLVAPMLTRRIGVGVAVLNRLLYAVGGFDGTNRLNSAECYYPERNEWRMITPMNTIRSGAGVCVLHNCIYAAGGYDGQDQLNSVERYDVETETWTFVAPMRHHRSALGITVHQGKIYVLGGYDGHTFLDSVECYDPDSDTWSEVTRMTSGRSGVGVAVTMEPCRKQIDQQNCTC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 2 non-polymer

描述 description	(3~{S})-3-(1,3-benzodioxol-5-yl)-3-[7-[2-(cyclohexylamino)-2-oxidanylidene-ethoxy]naphthalen-2-yl]propanoic acid
分子量 formula_weight	475.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	DIMETHYL SULFOXIDE
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	201

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	102.997 Å
晶胞边长 b length_b	102.997 Å
晶胞边长 c length_c	54.641 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 61
空间群编号 int_tables_number	169
晶系 crystal_system	hexagonal

分辨率 resolution	1.400 Å
最低分辨率 resolution_low	44.600 Å
R 因子 r_factor	0.1633
R_work r_work	0.1627
R_free r_free	0.1745

fit	/app/data/saxs_computation/hw/9hwu/9hwu.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hw/9hwu/9hwu.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hw/9hwu/9hwu.dat