9hyb

CRYSTAL STRUCTURE OF THE SMARCA2-VCB-COMPLEX WITH PROTAC P3

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Elongin-B

Homo sapiens

UniProt Q15370

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 Elongin-C × 1 (Q15369) von Hippel-Lindau disease tumor suppressor × 1 (P40337) Probable global transcription activator SNF2L2 × 1 (P51531) ;(2~{S},4~{R})-~{N}-[(1~{R})-2-[2-[4-[4-bromanyl-7-cyclopentyl-5-oxidanylidene-10-[[(2~{S})-oxolan-2-yl]methoxy]-6~{H}-benzimidazolo[1,2-a]quinazolin-9-yl]piperidin-1-yl]ethoxy]-1-[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]ethyl]-1-[(2~{S})-2-[[1-(dimethylamino)cyclopropyl]carbonylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide ; × 1 water × 4 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 Elongin-C × 1 (Q15369) von Hippel-Lindau disease tumor suppressor × 1 (P40337) Probable global transcription activator SNF2L2 × 1 (P51531) ;(2~{S},4~{R})-~{N}-[(1~{R})-2-[2-[4-[4-bromanyl-7-cyclopentyl-5-oxidanylidene-10-[[(2~{S})-oxolan-2-yl]methoxy]-6~{H}-benzimidazolo[1,2-a]quinazolin-9-yl]piperidin-1-yl]ethoxy]-1-[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]ethyl]-1-[(2~{S})-2-[[1-(dimethylamino)cyclopropyl]carbonylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide ; × 1 water × 4 与蛋白数一致
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 Elongin-C × 1 (Q15369) von Hippel-Lindau disease tumor suppressor × 1 (P40337) Probable global transcription activator SNF2L2 × 1 (P51531) ;(2~{S},4~{R})-~{N}-[(1~{R})-2-[2-[4-[4-bromanyl-7-cyclopentyl-5-oxidanylidene-10-[[(2~{S})-oxolan-2-yl]methoxy]-6~{H}-benzimidazolo[1,2-a]quinazolin-9-yl]piperidin-1-yl]ethoxy]-1-[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]ethyl]-1-[(2~{S})-2-[[1-(dimethylamino)cyclopropyl]carbonylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide ; × 1 water × 4 与蛋白数一致
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 Elongin-C × 1 (Q15369) von Hippel-Lindau disease tumor suppressor × 1 (P40337) Probable global transcription activator SNF2L2 × 1 (P51531) ;(2~{S},4~{R})-~{N}-[(1~{R})-2-[2-[4-[4-bromanyl-7-cyclopentyl-5-oxidanylidene-10-[[(2~{S})-oxolan-2-yl]methoxy]-6~{H}-benzimidazolo[1,2-a]quinazolin-9-yl]piperidin-1-yl]ethoxy]-1-[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]ethyl]-1-[(2~{S})-2-[[1-(dimethylamino)cyclopropyl]carbonylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide ; × 1 water × 4 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ELOB_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–104; UniProt 1–104 作者链 D; PDB构建体 1–104; UniProt 1–104 作者链 G; PDB构建体 1–104; UniProt 1–104 作者链 J; PDB构建体 1–104; UniProt 1–104

Elongin-C

Homo sapiens

UniProt Q15369

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 Elongin-B × 1 (Q15370) von Hippel-Lindau disease tumor suppressor × 1 (P40337) Probable global transcription activator SNF2L2 × 1 (P51531) ;(2~{S},4~{R})-~{N}-[(1~{R})-2-[2-[4-[4-bromanyl-7-cyclopentyl-5-oxidanylidene-10-[[(2~{S})-oxolan-2-yl]methoxy]-6~{H}-benzimidazolo[1,2-a]quinazolin-9-yl]piperidin-1-yl]ethoxy]-1-[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]ethyl]-1-[(2~{S})-2-[[1-(dimethylamino)cyclopropyl]carbonylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide ; × 1 water × 4 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 Elongin-B × 1 (Q15370) von Hippel-Lindau disease tumor suppressor × 1 (P40337) Probable global transcription activator SNF2L2 × 1 (P51531) ;(2~{S},4~{R})-~{N}-[(1~{R})-2-[2-[4-[4-bromanyl-7-cyclopentyl-5-oxidanylidene-10-[[(2~{S})-oxolan-2-yl]methoxy]-6~{H}-benzimidazolo[1,2-a]quinazolin-9-yl]piperidin-1-yl]ethoxy]-1-[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]ethyl]-1-[(2~{S})-2-[[1-(dimethylamino)cyclopropyl]carbonylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide ; × 1 water × 4 与蛋白数一致
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 Elongin-B × 1 (Q15370) von Hippel-Lindau disease tumor suppressor × 1 (P40337) Probable global transcription activator SNF2L2 × 1 (P51531) ;(2~{S},4~{R})-~{N}-[(1~{R})-2-[2-[4-[4-bromanyl-7-cyclopentyl-5-oxidanylidene-10-[[(2~{S})-oxolan-2-yl]methoxy]-6~{H}-benzimidazolo[1,2-a]quinazolin-9-yl]piperidin-1-yl]ethoxy]-1-[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]ethyl]-1-[(2~{S})-2-[[1-(dimethylamino)cyclopropyl]carbonylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide ; × 1 water × 4 与蛋白数一致
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 Elongin-B × 1 (Q15370) von Hippel-Lindau disease tumor suppressor × 1 (P40337) Probable global transcription activator SNF2L2 × 1 (P51531) ;(2~{S},4~{R})-~{N}-[(1~{R})-2-[2-[4-[4-bromanyl-7-cyclopentyl-5-oxidanylidene-10-[[(2~{S})-oxolan-2-yl]methoxy]-6~{H}-benzimidazolo[1,2-a]quinazolin-9-yl]piperidin-1-yl]ethoxy]-1-[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]ethyl]-1-[(2~{S})-2-[[1-(dimethylamino)cyclopropyl]carbonylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide ; × 1 water × 4 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ELOC_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 2–97; UniProt 17–112 作者链 E; PDB构建体 2–97; UniProt 17–112 作者链 H; PDB构建体 2–97; UniProt 17–112 作者链 K; PDB构建体 2–97; UniProt 17–112

von Hippel-Lindau disease tumor suppressor

Homo sapiens

UniProt P40337

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 Elongin-B × 1 (Q15370) Elongin-C × 1 (Q15369) Probable global transcription activator SNF2L2 × 1 (P51531) ;(2~{S},4~{R})-~{N}-[(1~{R})-2-[2-[4-[4-bromanyl-7-cyclopentyl-5-oxidanylidene-10-[[(2~{S})-oxolan-2-yl]methoxy]-6~{H}-benzimidazolo[1,2-a]quinazolin-9-yl]piperidin-1-yl]ethoxy]-1-[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]ethyl]-1-[(2~{S})-2-[[1-(dimethylamino)cyclopropyl]carbonylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide ; × 1 water × 4 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 Elongin-B × 1 (Q15370) Elongin-C × 1 (Q15369) Probable global transcription activator SNF2L2 × 1 (P51531) ;(2~{S},4~{R})-~{N}-[(1~{R})-2-[2-[4-[4-bromanyl-7-cyclopentyl-5-oxidanylidene-10-[[(2~{S})-oxolan-2-yl]methoxy]-6~{H}-benzimidazolo[1,2-a]quinazolin-9-yl]piperidin-1-yl]ethoxy]-1-[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]ethyl]-1-[(2~{S})-2-[[1-(dimethylamino)cyclopropyl]carbonylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide ; × 1 water × 4 与蛋白数一致
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 Elongin-B × 1 (Q15370) Elongin-C × 1 (Q15369) Probable global transcription activator SNF2L2 × 1 (P51531) ;(2~{S},4~{R})-~{N}-[(1~{R})-2-[2-[4-[4-bromanyl-7-cyclopentyl-5-oxidanylidene-10-[[(2~{S})-oxolan-2-yl]methoxy]-6~{H}-benzimidazolo[1,2-a]quinazolin-9-yl]piperidin-1-yl]ethoxy]-1-[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]ethyl]-1-[(2~{S})-2-[[1-(dimethylamino)cyclopropyl]carbonylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide ; × 1 water × 4 与蛋白数一致
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 Elongin-B × 1 (Q15370) Elongin-C × 1 (Q15369) Probable global transcription activator SNF2L2 × 1 (P51531) ;(2~{S},4~{R})-~{N}-[(1~{R})-2-[2-[4-[4-bromanyl-7-cyclopentyl-5-oxidanylidene-10-[[(2~{S})-oxolan-2-yl]methoxy]-6~{H}-benzimidazolo[1,2-a]quinazolin-9-yl]piperidin-1-yl]ethoxy]-1-[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]ethyl]-1-[(2~{S})-2-[[1-(dimethylamino)cyclopropyl]carbonylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide ; × 1 water × 4 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VHL_HUMAN
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 3–162; UniProt 54–213 作者链 F; PDB构建体 3–162; UniProt 54–213 作者链 I; PDB构建体 3–162; UniProt 54–213 作者链 L; PDB构建体 3–162; UniProt 54–213

Probable global transcription activator SNF2L2

Homo sapiens

UniProt P51531

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 Elongin-B × 1 (Q15370) Elongin-C × 1 (Q15369) von Hippel-Lindau disease tumor suppressor × 1 (P40337) ;(2~{S},4~{R})-~{N}-[(1~{R})-2-[2-[4-[4-bromanyl-7-cyclopentyl-5-oxidanylidene-10-[[(2~{S})-oxolan-2-yl]methoxy]-6~{H}-benzimidazolo[1,2-a]quinazolin-9-yl]piperidin-1-yl]ethoxy]-1-[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]ethyl]-1-[(2~{S})-2-[[1-(dimethylamino)cyclopropyl]carbonylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide ; × 1 water × 4 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 Elongin-B × 1 (Q15370) Elongin-C × 1 (Q15369) von Hippel-Lindau disease tumor suppressor × 1 (P40337) ;(2~{S},4~{R})-~{N}-[(1~{R})-2-[2-[4-[4-bromanyl-7-cyclopentyl-5-oxidanylidene-10-[[(2~{S})-oxolan-2-yl]methoxy]-6~{H}-benzimidazolo[1,2-a]quinazolin-9-yl]piperidin-1-yl]ethoxy]-1-[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]ethyl]-1-[(2~{S})-2-[[1-(dimethylamino)cyclopropyl]carbonylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide ; × 1 water × 4 与蛋白数一致
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 Elongin-B × 1 (Q15370) Elongin-C × 1 (Q15369) von Hippel-Lindau disease tumor suppressor × 1 (P40337) ;(2~{S},4~{R})-~{N}-[(1~{R})-2-[2-[4-[4-bromanyl-7-cyclopentyl-5-oxidanylidene-10-[[(2~{S})-oxolan-2-yl]methoxy]-6~{H}-benzimidazolo[1,2-a]quinazolin-9-yl]piperidin-1-yl]ethoxy]-1-[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]ethyl]-1-[(2~{S})-2-[[1-(dimethylamino)cyclopropyl]carbonylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide ; × 1 water × 4 与蛋白数一致
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 Elongin-B × 1 (Q15370) Elongin-C × 1 (Q15369) von Hippel-Lindau disease tumor suppressor × 1 (P40337) ;(2~{S},4~{R})-~{N}-[(1~{R})-2-[2-[4-[4-bromanyl-7-cyclopentyl-5-oxidanylidene-10-[[(2~{S})-oxolan-2-yl]methoxy]-6~{H}-benzimidazolo[1,2-a]quinazolin-9-yl]piperidin-1-yl]ethoxy]-1-[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]ethyl]-1-[(2~{S})-2-[[1-(dimethylamino)cyclopropyl]carbonylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide ; × 1 water × 4 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SMCA2_HUMAN
Isoform P51531-2
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 M; PDB构建体 3–123; UniProt 1373–1493 作者链 N; PDB构建体 3–123; UniProt 1373–1493 作者链 O; PDB构建体 3–123; UniProt 1373–1493 作者链 P; PDB构建体 3–123; UniProt 1373–1493

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9hyb
沉积日期 deposition_date2025-01-09
最后修订 last_revision2025-11-12
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF THE SMARCA2-VCB-COMPLEX WITH PROTAC P3
关键词 keywordsBROMODOMAIN, VCB, E3-LIGASE, LIGASE; LIGASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9hyb__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9hyb__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

9hyb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)31.87 Å
Rg(电子密度)32.06 Å
总 Rg32.50 Å
原子数7437
残基数448
排除体积66008 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 9hyb__assembly_1__model_1 tetrameric (4) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 9hyb__assembly_2__model_1 tetrameric (4) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
3 1 9hyb__assembly_3__model_1 tetrameric (4) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
4 1 9hyb__assembly_4__model_1 tetrameric (4) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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7. 引用文献 (1)