9hz7

Agrobacterium phage 7-7-1 tail

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 279.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9hz7
沉积日期 deposition_date	2025-01-13
结构标题 title	Agrobacterium phage 7-7-1 tail
关键词 keywords	Flagella phage, Agrobacterium sp. H13-3, Tail, VIRUS; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	72.73 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	72.34 Å
零角强度 I(0) i0	9604710000.00
分子量 molecular_weight	814410.0 kDa
排除体积 excluded_volume	1010900 Å³
包络体积 envelope_volume	1767400 Å³
水化壳体积 shell_volume	195430 Å³
包络直径 envelope_diameter	210.4 Å
壳层 Rg shell_rg	81.74 Å
包络 Rg envelope_rg	68.75 Å
形状 Rg shape_rg	72.37 Å
总 Rg total_rg	72.37 Å
总原子数 total_atoms	112752
残基数 n_residues	7596
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	279.6 Å
Rg (实空间) rg_real	77.04 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.07 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.6880e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1560e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	73.54 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	9624000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8760
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	79.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.548
峰度 Kurtosis kurtosis	0.494
角度范围 angular_range	— – 0.1050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.8178
最高正则化参数 α highest_alpha	905900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	22
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.671; Stabil: 0.847; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.974; Smooth: 0.894

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	Tail sheath protein
分子量 formula_weight	54120.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K
原子数 atom_count	112752

MAQDALSDGFVRLCIDPSLNFFGEGCKILVEGQITDDATAAENVVTCVNSELDLVERFGQGSVLTESLRKVFCMCKSGVSVYALPRADAAAAVSAVYTLTVTGTALTDGRVQLYMGEAEYSLDIGVDEGDTPTQIAAKIVAAISPDFPYEATAAAGVITLTARNGGTIGNHLSVIYTNLGSCTSVTPEGVTVAFAQTTPGSVNPEPNDYASVVNECCFAVYVLSSDDTDWQENLRDWIRSAWDCSKPQCFGHGYVFNKGTLGQVLADGDNSAELSRLALPTTYPVLPYLTNAAYGALSACSTCENPELNVQGQTYGLLSCINMPESCTPGWEFTEVTQLQNNGFVVSGPATTSGQGNFTSPYIYNDVTNYLRDEKNRPNATFRDASSRRLAAATGVALATFLQQFNGLAVFTKNTNIKTGIIGTNLRLMLGKIRKWASDNVGVLFSEFDNINEDIQLVSDFDVQPKCVGQPGVFHLNMRYRPPVRGARINVNLVPALFDNCDR

Entity 2 polymer

描述 description	Structural protein
分子量 formula_weight	14503.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X

MACNKQNGVKNILITFTHCDTGEVIGPISHEQPDDTLPTYKTCAWTNTALTNGAVMRSASNATMTLPVVRDPRVPLAWYQGCAQIDAQVEKFDGTVMTLTEGAVTEPEESDGRAVTMTIIAAEIDELLPPGSLAAA

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.03 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	21858

fit	/app/data/saxs_computation/hz/9hz7/9hz7.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hz/9hz7/9hz7.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hz/9hz7/9hz7.dat

Agrobacterium phage 7-7-1 tail

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)