9il7

Crystal Structure of SME E166A in Complex with Ceftaroline Fosamil

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 93.7 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9il7
沉积日期 deposition_date	2024-06-29
最后修订 last_revision	2025-07-02
结构标题 title	Crystal Structure of SME E166A in Complex with Ceftaroline Fosamil
关键词 keywords	5th Generation Cephalosporin, Carbapenemase, Complex, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.20 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.74 Å
零角强度 I(0) i0	125808000.00
分子量 molecular_weight	57271.0 kDa
排除体积 excluded_volume	54125 Å³
包络体积 envelope_volume	90322 Å³
水化壳体积 shell_volume	27972 Å³
包络直径 envelope_diameter	98.2 Å
壳层 Rg shell_rg	33.82 Å
包络 Rg envelope_rg	27.86 Å
形状 Rg shape_rg	27.65 Å
总 Rg total_rg	28.31 Å
总原子数 total_atoms	4274
残基数 n_residues	534
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	93.7 Å
Rg (实空间) rg_real	28.36 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.73 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2580e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0290e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.31 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	125800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6587
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.406
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.554
角度范围 angular_range	— – 0.2800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	26070000.0000
实空间数据点数 n_real_points	57
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.820; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.109; Positv: 1.000; Valcen: 0.831; Smooth: 0.939

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	beta-lactamase
分子量 formula_weight	30345.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.2.6
突变 mutation	E166A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4425

MGNKSDAAAKQIKKLEEDFDGRIGVFAIDTGSGNTFGYRSDERFPLCSSFKGFLAAAVLERVQQKKLDINQKVKYESRDLEYHSPITTKYKGSGMTLGDMASAALQYSDNGATNIIMERFLGGPEGMTKFMRSIGDNEFRLDRWALELNTAIPGDKRDTSTPKAVANSLNKLALGNVLNAKVKAIYQNWLKGNTTGDARIRASVPADWVVGDKTGSCGAYGTANDYAVIWPKNRAPLIVSIYTTRKSKDDKHSDKTIAEASRIAIQAIDHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Serratia marcescens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	615
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	;(2~{R})-2-[(1~{R})-1-[[(2~{Z})-2-ethoxyimino-2-[5-(phosphonoamino)-1,2,4-thiadiazol-3-yl]ethanoyl]amino]-2-oxidanylidene-ethyl]-5-[[4-(1-methylpyridin-4-yl)-1,3-thiazol-2-yl]sulfanyl]-3,6-dihydro-2~{H}-1,3-thiazine-4-carboxylic acid ;
分子量 formula_weight	687.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

Entity 5 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 6 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	IODIDE ION
分子量 formula_weight	126.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	142

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	35.621 Å
晶胞边长 b length_b	51.076 Å
晶胞边长 c length_c	129.792 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.12 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	21.741 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1904
R_free r_free	0.2604

fit	/app/data/saxs_computation/il/9il7/9il7.fit
pddf	/app/data/pr_computation/il/9il7/9il7.pr.out
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