9imx

Immune complex of HEV E2s and P1-5B nanobody

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 119.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9imx
沉积日期 deposition_date	2024-07-04
最后修订 last_revision	2025-09-03
结构标题 title	Immune complex of HEV E2s and P1-5B nanobody
关键词 keywords	Immune complex, hepatitis E virus, nanobody, VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.28 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.01 Å
零角强度 I(0) i0	162826000.00
分子量 molecular_weight	102830.0 kDa
排除体积 excluded_volume	128530 Å³
包络体积 envelope_volume	166270 Å³
水化壳体积 shell_volume	40433 Å³
包络直径 envelope_diameter	137.1 Å
壳层 Rg shell_rg	40.41 Å
包络 Rg envelope_rg	35.11 Å
形状 Rg shape_rg	34.99 Å
总 Rg total_rg	35.43 Å
总原子数 total_atoms	7272
残基数 n_residues	922
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	119.9 Å
Rg (实空间) rg_real	35.47 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.14 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6280e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.9300e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.36 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	162800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8625
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	37.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.471
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.357
角度范围 angular_range	— – 0.2250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	17870000.0000
实空间数据点数 n_real_points	46
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.803; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.924; Smooth: 0.878

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Secreted protein ORF2
分子量 formula_weight	15930.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,E,F
原子数 atom_count	7390

APSRPFSVLRANDVLWLSLTAAEYDQSTYGSSTGPVYVSDSVTLVNVATGAQAVARSLDWTKVTLDGRPLSTIQQYSKTFFVLPLRGKLSFWEAGTTKAGYPYNYNTTASDQLLVENAAGHRVAISTYTTSLGAGPVSISAVAVLAPHSV

来源 Source

来源生物 organism	Hepatitis E virus (strain Pakistan)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	33774
宿主生物 host_organism	Bacterial expression vector pET-11a

Entity 2 polymer

描述 description	P1-5B nanobody
分子量 formula_weight	14461.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D,G,H

DVQLQESGGGLVQPGGSLRLSCAASTFTLDYYAIGWFRQAPGKEREGVSCISSRGGSTDYADSVKGRFTISRDNAKNTVYLQMSSLQPEDTAVYYCAAAGWAGYGCPPNRYEYDYWGQGTQVTVSSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Vicugna pacos
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	30538
宿主生物 host_organism	Mammalian expression vector EGFP-MCS-pcDNA3.1

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	118

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	51.393 Å
晶胞边长 b length_b	51.402 Å
晶胞边长 c length_c	265.172 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	92.74 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	3
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	66.220 Å
R 因子 r_factor	0.2751
R_work r_work	0.2168
R_free r_free	0.2452

fit	/app/data/saxs_computation/im/9imx/9imx.fit
pddf	/app/data/pr_computation/im/9imx/9imx.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/im/9imx/9imx.dat

Immune complex of HEV E2s and P1-5B nanobody

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)