SAXSdb — 9iri

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9iri
沉积日期 deposition_date	2024-07-16
结构标题 title	Cryo-EM Structure of D-RNA
关键词 keywords	crRNA, RNA BINDING PROTEIN/RNA, RNA BINDING PROTEIN-RNA complex; RNA BINDING PROTEIN/RNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	55.68 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	55.08 Å
零角强度 I(0) i0	2096680000.00
分子量 molecular_weight	367720.0 kDa
排除体积 excluded_volume	453180 Å³
包络体积 envelope_volume	712330 Å³
水化壳体积 shell_volume	103670 Å³
包络直径 envelope_diameter	174.2 Å
壳层 Rg shell_rg	63.82 Å
包络 Rg envelope_rg	52.53 Å
形状 Rg shape_rg	55.09 Å
总 Rg total_rg	55.25 Å
总原子数 total_atoms	25866
残基数 n_residues	3215
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	165.7 Å
Rg (实空间) rg_real	55.28 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.96 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0970e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.7900e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	56.00 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2099000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8543
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	82.9 Å
偏度 Skewness skewness	-0.181
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.676
角度范围 angular_range	— – 0.1400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	358600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	29
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.754; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.975; Smooth: 0.864

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	CRISPR-associated protein Csy3
分子量 formula_weight	36948.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	9

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,D,E,F,G,I,J,K
原子数 atom_count	25866

MAKAATTLKTASVLAFERKLANSDALMYAGNWAQQDNWTAIAIQEKSVRGTISNRLKNALTSDPAKLDAEIQKANLQKVDVAALPFGADTLKIVFTLRVLGNLAQPSVCNDQDYQTALGDIITGYAQEQGFSTLAARYAENIANGRFLWRNRVGAEAIRVVVTKKGERSWEFNGEDYSLRQFSQPAGDLAALTQAIEKGLAGDASALFTVEAYVQLGNGQEVFPSQELVLDEKARNGKSKILYQVNDVAAIHSQKIGNALRTIDDWYPAADEAGPIAVEPYGSVTSRGKAYRQPREKMDFYTLLDNWVIKGDVPMPEQQHYVIATLIRGGVFGEKGE

来源 Source

来源生物 organism	Pectobacterium atrosepticum SCRI1043
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	218491
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	CRISPR-associated endonuclease Cas6f/Csy4
分子量 formula_weight	20487.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MDHYIDIRVQPDPEFTASQLLNALFAKLHRVLGQLANGKIGISFPEVGKTLGECLRLHGTEDALSTLEKTSWLKGLRDYTQVSECKVVPNGVKFRTVRRVQLKSSAERLRRRSVSKGWLTAAEAAARIPDAVEKRSALPFVQIKSLSNGQMFFVFVEHGPLQNAPTAGRFSSYGLSTEATVPWF

来源 Source

来源生物 organism	Pectobacterium atrosepticum SCRI1043
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	218491
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	RNA (80-MER)
分子量 formula_weight	25769.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	M

UCGCCCGAUUGCGCGACAGUAGAGACAGGGCGCCGCCUUGUCUGAUGCUCUCGUUCACUGCCGGAUAGGCAGCCAAGGAA

来源 Source

来源生物 organism	Thiocystis violascens DSM 198
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	765911
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	88671

fit	/app/data/saxs_computation/ir/9iri/9iri.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ir/9iri/9iri.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ir/9iri/9iri.dat

Cryo-EM Structure of D-RNA

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)