Cyclin-dependent kinase 12
Homo sapiens
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 | 链 A； UniProt 715–1052 | 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | Cyclin-K × 1 （O75909） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 A1EB3 N-[5-[[4-[(5-cyanopyridin-2-yl)amino]cyclohexyl]-[(phenylmethyl)carbamoyl]amino]-2-[4-(dimethylamino)piperidin-1-yl]phenyl]propanamide × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Bis-Tris, pH 5.8, 21.5% PEG 3350, 0.4 M MgCl2 | 分辨率 2.72 Å R-free 0.267 |
| 2 | 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 | 链 B； UniProt 715–1052 | 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | Cyclin-K × 1 （O75909） A1EB3 N-[5-[[4-[(5-cyanopyridin-2-yl)amino]cyclohexyl]-[(phenylmethyl)carbamoyl]amino]-2-[4-(dimethylamino)piperidin-1-yl]phenyl]propanamide × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Bis-Tris, pH 5.8, 21.5% PEG 3350, 0.4 M MgCl2 | 分辨率 2.72 Å R-free 0.267 |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 9JK1 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4CXA Crystal structure of the human CDK12-cyclin K complex bound to AMPPNP 提交 2014-04-04 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
715–1052（338 aa）
片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 715-1052
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7；0.15M DL-MALIC ACID, 20% PEG3350, pH 7
|
分辨率 3.15 Å R-free 0.279 |
| 4CXA Crystal structure of the human CDK12-cyclin K complex bound to AMPPNP 提交 2014-04-04 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
715–1052（338 aa）
片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 715-1052
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7；0.15M DL-MALIC ACID, 20% PEG3350, pH 7
|
分辨率 3.15 Å R-free 0.279 |
| 4NST Crystal structure of human Cdk12/Cyclin K in complex with ADP-aluminum fluoride 提交 2013-11-29 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
714–1063（350 aa）
片段：Protein kinase domain, residues 714-1063
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, 20.5% PEG 3350, 0.4 M MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.240 |
| 4NST Crystal structure of human Cdk12/Cyclin K in complex with ADP-aluminum fluoride 提交 2013-11-29 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
714–1063（350 aa）
片段：Protein kinase domain, residues 714-1063
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, 20.5% PEG 3350, 0.4 M MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.240 |
| 4UN0 Crystal structure of the human CDK12-cyclinK complex 提交 2014-05-22 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
715–1038（324 aa）
片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 715-1038
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5；20% PEG3350, 10% ETGLY, 0.1M BISTRIS PROPANE PH6.5, 0.2M SODIUM NITRATE
|
分辨率 3.15 Å R-free 0.271 |
| 4UN0 Crystal structure of the human CDK12-cyclinK complex 提交 2014-05-22 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
715–1038（324 aa）
片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 715-1038
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5；20% PEG3350, 10% ETGLY, 0.1M BISTRIS PROPANE PH6.5, 0.2M SODIUM NITRATE
|
分辨率 3.15 Å R-free 0.271 |
| 5ACB Crystal Structure of the Human Cdk12-Cyclink Complex 提交 2015-08-14 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
715–1052（338 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 5I1 N-[4-[(3R)-3-[[5-chloranyl-4-(1H-indol-3-yl)pyrimidin-2-yl]amino]piperidin-1-yl]carbonylphenyl]-4-(dimethylamino)butanamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
10% PEG8000, 0.2M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.1M HEPES PH7.0
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.262 |
| 5ACB Crystal Structure of the Human Cdk12-Cyclink Complex 提交 2015-08-14 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
715–1052（338 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 5I1 N-[4-[(3R)-3-[[5-chloranyl-4-(1H-indol-3-yl)pyrimidin-2-yl]amino]piperidin-1-yl]carbonylphenyl]-4-(dimethylamino)butanamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
10% PEG8000, 0.2M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.1M HEPES PH7.0
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.262 |
| 6B3E Crystal structure of human CDK12/CyclinK in complex with an inhibitor 提交 2017-09-21 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
717–1036（320 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 1 CJM 2-[(2S)-1-(6-{[(4,5-difluoro-1H-benzimidazol-2-yl)methyl]amino}-9-ethyl-9H-purin-2-yl)piperidin-2-yl]ethan-1-ol × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, 20.5% PEG 3350, 0.4 M MgCl2
|
分辨率 3.06 Å R-free 0.212 |
| 6B3E Crystal structure of human CDK12/CyclinK in complex with an inhibitor 提交 2017-09-21 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
717–1036（320 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 1 CJM 2-[(2S)-1-(6-{[(4,5-difluoro-1H-benzimidazol-2-yl)methyl]amino}-9-ethyl-9H-purin-2-yl)piperidin-2-yl]ethan-1-ol × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, 20.5% PEG 3350, 0.4 M MgCl2
|
分辨率 3.06 Å R-free 0.212 |
| 6CKX Structure of CDK12/CycK in complex with a small molecule inhibitor N-(4-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)phenyl)-N-((1r,4r)-4-(quinazolin-2-ylamino)cyclohexyl)acetamide 提交 2018-03-01 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
714–1063（350 aa）
片段：UNP RESIDUES 713-1062
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 2 8M1 N-[4-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)phenyl]-N-{trans-4-[(quinazolin-2-yl)amino]cyclohexyl}acetamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.1 M HEPES (PH 6.5), 18% PEG 3350,
0.2 M MGCL2, AND 1 MM SARCOSINE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP,
TEMPERATURE 297K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.251 |
| 6CKX Structure of CDK12/CycK in complex with a small molecule inhibitor N-(4-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)phenyl)-N-((1r,4r)-4-(quinazolin-2-ylamino)cyclohexyl)acetamide 提交 2018-03-01 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
714–1063（350 aa）
片段：UNP RESIDUES 713-1062
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 1 8M1 N-[4-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)phenyl]-N-{trans-4-[(quinazolin-2-yl)amino]cyclohexyl}acetamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.1 M HEPES (PH 6.5), 18% PEG 3350,
0.2 M MGCL2, AND 1 MM SARCOSINE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP,
TEMPERATURE 297K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.251 |
| 6TD3 Structure of DDB1 bound to CR8-engaged CDK12-cyclinK 提交 2019-11-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
712–1051（340 aa）
|
突变：K965R 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | RC8 (2R)-2-({9-(1-methylethyl)-6-[(4-pyridin-2-ylbenzyl)amino]-9H-purin-2-yl}amino)butan-1-ol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；292 K；0.9 M ammonium citrate tribasic
|
分辨率 3.46 Å R-free 0.220 |
| 6TD3 Structure of DDB1 bound to CR8-engaged CDK12-cyclinK 提交 2019-11-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
712–1051（340 aa）
|
突变：K965R 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | RC8 (2R)-2-({9-(1-methylethyl)-6-[(4-pyridin-2-ylbenzyl)amino]-9H-purin-2-yl}amino)butan-1-ol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；292 K；0.9 M ammonium citrate tribasic
|
分辨率 3.46 Å R-free 0.220 |
| 6TD3 Structure of DDB1 bound to CR8-engaged CDK12-cyclinK 提交 2019-11-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 H
712–1051（340 aa）
|
突变：K965R 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | RC8 (2R)-2-({9-(1-methylethyl)-6-[(4-pyridin-2-ylbenzyl)amino]-9H-purin-2-yl}amino)butan-1-ol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；292 K；0.9 M ammonium citrate tribasic
|
分辨率 3.46 Å R-free 0.220 |
| 7NXK Crystal structure of human Cdk12/Cyclin K in complex with the inhibitor BSJ-01-175 提交 2021-03-18 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
714–1063（350 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | UUB (E)-N-[4-[(1R,3R)-3-[[5-chloranyl-4-(1H-indol-3-yl)pyrimidin-2-yl]amino]cyclohexyl]oxyphenyl]-4-(dimethylamino)but-2-enamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；0.1 M MES, pH 6.0, 30% PEGmixture (medium weight pegs), 0.3 M NDSB, 0.2 M MgCl2.
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.264 |
| 7NXK Crystal structure of human Cdk12/Cyclin K in complex with the inhibitor BSJ-01-175 提交 2021-03-18 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
714–1063（350 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | UUB (E)-N-[4-[(1R,3R)-3-[[5-chloranyl-4-(1H-indol-3-yl)pyrimidin-2-yl]amino]cyclohexyl]oxyphenyl]-4-(dimethylamino)but-2-enamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；0.1 M MES, pH 6.0, 30% PEGmixture (medium weight pegs), 0.3 M NDSB, 0.2 M MgCl2.
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.264 |
| 8BU1 Structure of DDB1 bound to DS17-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | GOL GLYCEROL × 5 RQL (2~{R})-2-[[6-[[5,6-bis(chloranyl)-1~{H}-benzimidazol-2-yl]methylamino]-9-(1-methylpyrazol-4-yl)purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.9 M ammonium citrate tribasic pH 7.0, NDSB-256 additive
|
分辨率 2.98 Å R-free 0.218 |
| 8BU1 Structure of DDB1 bound to DS17-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | GOL GLYCEROL × 5 RQL (2~{R})-2-[[6-[[5,6-bis(chloranyl)-1~{H}-benzimidazol-2-yl]methylamino]-9-(1-methylpyrazol-4-yl)purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.9 M ammonium citrate tribasic pH 7.0, NDSB-256 additive
|
分辨率 2.98 Å R-free 0.218 |
| 8BU1 Structure of DDB1 bound to DS17-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 H
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | GOL GLYCEROL × 5 RQL (2~{R})-2-[[6-[[5,6-bis(chloranyl)-1~{H}-benzimidazol-2-yl]methylamino]-9-(1-methylpyrazol-4-yl)purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.9 M ammonium citrate tribasic pH 7.0, NDSB-256 additive
|
分辨率 2.98 Å R-free 0.218 |
| 8BU2 Structure of DDB1 bound to DS18-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 12 RVQ ~{N}-[[5,6-bis(chloranyl)-1~{H}-benzimidazol-2-yl]methyl]-2-morpholin-4-yl-9-propan-2-yl-purin-6-amine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.30 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 6.8
|
分辨率 3.13 Å R-free 0.217 |
| 8BU2 Structure of DDB1 bound to DS18-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 16 RVQ ~{N}-[[5,6-bis(chloranyl)-1~{H}-benzimidazol-2-yl]methyl]-2-morpholin-4-yl-9-propan-2-yl-purin-6-amine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.30 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 6.8
|
分辨率 3.13 Å R-free 0.217 |
| 8BU2 Structure of DDB1 bound to DS18-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 H
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 13 RVQ ~{N}-[[5,6-bis(chloranyl)-1~{H}-benzimidazol-2-yl]methyl]-2-morpholin-4-yl-9-propan-2-yl-purin-6-amine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.30 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 6.8
|
分辨率 3.13 Å R-free 0.217 |
| 8BU3 Structure of DDB1 bound to DS19-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 6 RSI 2-morpholin-4-yl-9-propan-2-yl-~{N}-[(4-pyridin-2-ylphenyl)methyl]purin-6-amine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.49 M ammonium sulfate, ammonium citrate, 0.07 M HEPES pH 6.8
|
分辨率 3.42 Å R-free 0.213 |
| 8BU3 Structure of DDB1 bound to DS19-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 5 RSI 2-morpholin-4-yl-9-propan-2-yl-~{N}-[(4-pyridin-2-ylphenyl)methyl]purin-6-amine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.49 M ammonium sulfate, ammonium citrate, 0.07 M HEPES pH 6.8
|
分辨率 3.42 Å R-free 0.213 |
| 8BU3 Structure of DDB1 bound to DS19-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 H
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 9 RSI 2-morpholin-4-yl-9-propan-2-yl-~{N}-[(4-pyridin-2-ylphenyl)methyl]purin-6-amine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.49 M ammonium sulfate, ammonium citrate, 0.07 M HEPES pH 6.8
|
分辨率 3.42 Å R-free 0.213 |
| 8BU4 Structure of DDB1 bound to DS22-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 5 RQL (2~{R})-2-[[6-[[5,6-bis(chloranyl)-1~{H}-benzimidazol-2-yl]methylamino]-9-(1-methylpyrazol-4-yl)purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.07 M ammonium sulfate, 0.855 M ammonium citrate, 0.07 M HEPES pH 7
|
分辨率 3.09 Å R-free 0.223 |
| 8BU4 Structure of DDB1 bound to DS22-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 6 RQL (2~{R})-2-[[6-[[5,6-bis(chloranyl)-1~{H}-benzimidazol-2-yl]methylamino]-9-(1-methylpyrazol-4-yl)purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.07 M ammonium sulfate, 0.855 M ammonium citrate, 0.07 M HEPES pH 7
|
分辨率 3.09 Å R-free 0.223 |
| 8BU4 Structure of DDB1 bound to DS22-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 H
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 3 RQL (2~{R})-2-[[6-[[5,6-bis(chloranyl)-1~{H}-benzimidazol-2-yl]methylamino]-9-(1-methylpyrazol-4-yl)purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.07 M ammonium sulfate, 0.855 M ammonium citrate, 0.07 M HEPES pH 7
|
分辨率 3.09 Å R-free 0.223 |
| 8BU5 Structure of DDB1 bound to SR-4835-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 1 RMF ~{N}-[[5,6-bis(chloranyl)-1~{H}-benzimidazol-2-yl]methyl]-9-(1-methylpyrazol-4-yl)-2-morpholin-4-yl-purin-6-amine × 1 CIT CITRIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.28 M ammonium sulphate, 0.72 M ammonium citrate tribasic pH 7.0, 0.07 M HEPES pH 7.0
|
分辨率 3.13 Å R-free 0.220 |
| 8BU5 Structure of DDB1 bound to SR-4835-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | RMF ~{N}-[[5,6-bis(chloranyl)-1~{H}-benzimidazol-2-yl]methyl]-9-(1-methylpyrazol-4-yl)-2-morpholin-4-yl-purin-6-amine × 1 CIT CITRIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.28 M ammonium sulphate, 0.72 M ammonium citrate tribasic pH 7.0, 0.07 M HEPES pH 7.0
|
分辨率 3.13 Å R-free 0.220 |
| 8BU5 Structure of DDB1 bound to SR-4835-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 H
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 2 RMF ~{N}-[[5,6-bis(chloranyl)-1~{H}-benzimidazol-2-yl]methyl]-9-(1-methylpyrazol-4-yl)-2-morpholin-4-yl-purin-6-amine × 1 CIT CITRIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.28 M ammonium sulphate, 0.72 M ammonium citrate tribasic pH 7.0, 0.07 M HEPES pH 7.0
|
分辨率 3.13 Å R-free 0.220 |
| 8BU6 Structure of DDB1 bound to DS55-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 H
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 2 RQE ~{N}-(1~{H}-benzimidazol-2-ylmethyl)-9-(1-methylpyrazol-4-yl)-2-morpholin-4-yl-purin-6-amine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.42 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 7.3
|
分辨率 3.45 Å R-free 0.249 |
| 8BU6 Structure of DDB1 bound to DS55-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 2 RQE ~{N}-(1~{H}-benzimidazol-2-ylmethyl)-9-(1-methylpyrazol-4-yl)-2-morpholin-4-yl-purin-6-amine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.42 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 7.3
|
分辨率 3.45 Å R-free 0.249 |
| 8BU6 Structure of DDB1 bound to DS55-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 2 RQE ~{N}-(1~{H}-benzimidazol-2-ylmethyl)-9-(1-methylpyrazol-4-yl)-2-morpholin-4-yl-purin-6-amine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.42 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 7.3
|
分辨率 3.45 Å R-free 0.249 |
| 8BU7 Structure of DDB1 bound to 21195-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 RS5 1-[2,6-bis(chloranyl)phenyl]-6-[[4-(2-hydroxyethyloxy)phenyl]methyl]-3-propan-2-yl-5H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 SO4 SULFATE ION × 10 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.33 M ammonium sulfate, 0.045 M ammonium citrate, 0.07M HEPES pH 7
|
分辨率 3.25 Å R-free 0.219 |
| 8BU7 Structure of DDB1 bound to 21195-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 RS5 1-[2,6-bis(chloranyl)phenyl]-6-[[4-(2-hydroxyethyloxy)phenyl]methyl]-3-propan-2-yl-5H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 SO4 SULFATE ION × 10 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.33 M ammonium sulfate, 0.045 M ammonium citrate, 0.07M HEPES pH 7
|
分辨率 3.25 Å R-free 0.219 |
| 8BU7 Structure of DDB1 bound to 21195-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 H
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | RS5 1-[2,6-bis(chloranyl)phenyl]-6-[[4-(2-hydroxyethyloxy)phenyl]methyl]-3-propan-2-yl-5H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 SO4 SULFATE ION × 11 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.33 M ammonium sulfate, 0.045 M ammonium citrate, 0.07M HEPES pH 7
|
分辨率 3.25 Å R-free 0.219 |
| 8BU9 Structure of DDB1 bound to roscovitine-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 5 RRC R-ROSCOVITINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.42 M ammonium sulphate, 0.63 M ammonium citrate tribasic pH 7.0, 0.07 M HEPES pH 7.0
|
分辨率 3.51 Å R-free 0.223 |
| 8BU9 Structure of DDB1 bound to roscovitine-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 5 RRC R-ROSCOVITINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.42 M ammonium sulphate, 0.63 M ammonium citrate tribasic pH 7.0, 0.07 M HEPES pH 7.0
|
分辨率 3.51 Å R-free 0.223 |
| 8BU9 Structure of DDB1 bound to roscovitine-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 H
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 5 RRC R-ROSCOVITINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.42 M ammonium sulphate, 0.63 M ammonium citrate tribasic pH 7.0, 0.07 M HEPES pH 7.0
|
分辨率 3.51 Å R-free 0.223 |
| 8BUA Structure of DDB1 bound to 919278-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | CIT CITRIC ACID × 2 RVH (2~{R})-~{N}-(1~{H}-benzimidazol-2-yl)-2-(3-oxidanylidene-1~{H}-isoindol-2-yl)propanamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.9 M ammonium citrate, 100 %w/v SB38D2, 0.07 M HEPES pH 7
|
分辨率 3.19 Å R-free 0.225 |
| 8BUA Structure of DDB1 bound to 919278-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | CIT CITRIC ACID × 3 RVH (2~{R})-~{N}-(1~{H}-benzimidazol-2-yl)-2-(3-oxidanylidene-1~{H}-isoindol-2-yl)propanamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.9 M ammonium citrate, 100 %w/v SB38D2, 0.07 M HEPES pH 7
|
分辨率 3.19 Å R-free 0.225 |
| 8BUA Structure of DDB1 bound to 919278-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 H
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | CIT CITRIC ACID × 4 RVH (2~{R})-~{N}-(1~{H}-benzimidazol-2-yl)-2-(3-oxidanylidene-1~{H}-isoindol-2-yl)propanamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.9 M ammonium citrate, 100 %w/v SB38D2, 0.07 M HEPES pH 7
|
分辨率 3.19 Å R-free 0.225 |
| 8BUB Structure of DDB1 bound to dCeMM4-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | CIT CITRIC ACID × 2 RNU ~{N}-(5-methyl-2,3-dihydro-1,3-thiazol-2-yl)-3-(5-methylfuran-2-yl)carbonyl-1,3-thiazolidine-4-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.9 M ammonium citrate tribasic pH 7.0, 1 M sodium malonate additive
|
分辨率 3.42 Å R-free 0.237 |
| 8BUB Structure of DDB1 bound to dCeMM4-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | CIT CITRIC ACID × 3 RNU ~{N}-(5-methyl-2,3-dihydro-1,3-thiazol-2-yl)-3-(5-methylfuran-2-yl)carbonyl-1,3-thiazolidine-4-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.9 M ammonium citrate tribasic pH 7.0, 1 M sodium malonate additive
|
分辨率 3.42 Å R-free 0.237 |
| 8BUB Structure of DDB1 bound to dCeMM4-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 H
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | CIT CITRIC ACID × 2 RNU ~{N}-(5-methyl-2,3-dihydro-1,3-thiazol-2-yl)-3-(5-methylfuran-2-yl)carbonyl-1,3-thiazolidine-4-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.9 M ammonium citrate tribasic pH 7.0, 1 M sodium malonate additive
|
分辨率 3.42 Å R-free 0.237 |
| 8BUC Structure of DDB1 bound to dCeMM3-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 4 RKO 2-(1~{H}-benzimidazol-2-ylsulfanyl)-~{N}-(5-chloranylpyridin-2-yl)ethanamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.07 M ammonium sulfate, 0.855 ammonium citrate, 0.07 M HEPES pH 7
|
分辨率 3.85 Å R-free 0.224 |
| 8BUC Structure of DDB1 bound to dCeMM3-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 1 RKO 2-(1~{H}-benzimidazol-2-ylsulfanyl)-~{N}-(5-chloranylpyridin-2-yl)ethanamide × 1 CIT CITRIC ACID × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.07 M ammonium sulfate, 0.855 ammonium citrate, 0.07 M HEPES pH 7
|
分辨率 3.85 Å R-free 0.224 |
| 8BUC Structure of DDB1 bound to dCeMM3-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 H
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 4 RKO 2-(1~{H}-benzimidazol-2-ylsulfanyl)-~{N}-(5-chloranylpyridin-2-yl)ethanamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.07 M ammonium sulfate, 0.855 ammonium citrate, 0.07 M HEPES pH 7
|
分辨率 3.85 Å R-free 0.224 |
| 8BUD Structure of DDB1 bound to Z7-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 10 RP9 ~{N}-(5-bromanylpyridin-2-yl)-3-(4-oxidanylidenequinazolin-3-yl)propanamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.50 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 7.0
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.220 |
| 8BUD Structure of DDB1 bound to Z7-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 15 RP9 ~{N}-(5-bromanylpyridin-2-yl)-3-(4-oxidanylidenequinazolin-3-yl)propanamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.50 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 7.0
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.220 |
| 8BUD Structure of DDB1 bound to Z7-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 H
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 14 RP9 ~{N}-(5-bromanylpyridin-2-yl)-3-(4-oxidanylidenequinazolin-3-yl)propanamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.50 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 7.0
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.220 |
| 8BUE Structure of DDB1 bound to Z11-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 12 RVU ~{N}-(1~{H}-benzimidazol-2-yl)-1-(2-methoxy-5-methyl-phenyl)-5-oxidanylidene-pyrrolidine-3-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.45 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 7.1
|
分辨率 3.25 Å R-free 0.213 |
| 8BUE Structure of DDB1 bound to Z11-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 16 RVU ~{N}-(1~{H}-benzimidazol-2-yl)-1-(2-methoxy-5-methyl-phenyl)-5-oxidanylidene-pyrrolidine-3-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.45 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 7.1
|
分辨率 3.25 Å R-free 0.213 |
| 8BUE Structure of DDB1 bound to Z11-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 H
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 15 RVU ~{N}-(1~{H}-benzimidazol-2-yl)-1-(2-methoxy-5-methyl-phenyl)-5-oxidanylidene-pyrrolidine-3-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.45 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 7.1
|
分辨率 3.25 Å R-free 0.213 |
| 8BUF Structure of DDB1 bound to Z12-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 12 RW6 2-(6,7-dihydro-4~{H}-thieno[3,2-c]pyridin-5-ylmethyl)-6,7-dimethoxy-3~{H}-quinazolin-4-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.47 M amonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 7.0
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.220 |
| 8BUF Structure of DDB1 bound to Z12-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 17 RW6 2-(6,7-dihydro-4~{H}-thieno[3,2-c]pyridin-5-ylmethyl)-6,7-dimethoxy-3~{H}-quinazolin-4-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.47 M amonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 7.0
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.220 |
| 8BUF Structure of DDB1 bound to Z12-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 H
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 17 RW6 2-(6,7-dihydro-4~{H}-thieno[3,2-c]pyridin-5-ylmethyl)-6,7-dimethoxy-3~{H}-quinazolin-4-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.47 M amonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 7.0
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.220 |
| 8BUG Structure of DDB1 bound to HQ461-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | CIT CITRIC ACID × 2 RPW 2-[2-[(6-methylpyridin-2-yl)amino]-1,3-thiazol-4-yl]-~{N}-(5-methyl-1,3-thiazol-2-yl)ethanamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.9 M ammonium citrate tribasic pH 7.0, 0.1 M TMA additive
|
分辨率 3.53 Å R-free 0.231 |
| 8BUG Structure of DDB1 bound to HQ461-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | CIT CITRIC ACID × 2 RPW 2-[2-[(6-methylpyridin-2-yl)amino]-1,3-thiazol-4-yl]-~{N}-(5-methyl-1,3-thiazol-2-yl)ethanamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.9 M ammonium citrate tribasic pH 7.0, 0.1 M TMA additive
|
分辨率 3.53 Å R-free 0.231 |
| 8BUG Structure of DDB1 bound to HQ461-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 H
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | CIT CITRIC ACID × 3 RPW 2-[2-[(6-methylpyridin-2-yl)amino]-1,3-thiazol-4-yl]-~{N}-(5-methyl-1,3-thiazol-2-yl)ethanamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.9 M ammonium citrate tribasic pH 7.0, 0.1 M TMA additive
|
分辨率 3.53 Å R-free 0.231 |
| 8BUH Structure of DDB1 bound to WX3-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 5 RR9 6-[[[2-[[(2~{R})-1-oxidanylbutan-2-yl]amino]-9-propan-2-yl-purin-6-yl]amino]methyl]-3-pyridin-2-yl-1~{H}-pyridin-2-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.7 M ammonium sulfate, 0.45 M ammonium citrate, 0.07 M HEPES pH 7
|
分辨率 3.79 Å R-free 0.232 |
| 8BUH Structure of DDB1 bound to WX3-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 3 RR9 6-[[[2-[[(2~{R})-1-oxidanylbutan-2-yl]amino]-9-propan-2-yl-purin-6-yl]amino]methyl]-3-pyridin-2-yl-1~{H}-pyridin-2-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.7 M ammonium sulfate, 0.45 M ammonium citrate, 0.07 M HEPES pH 7
|
分辨率 3.79 Å R-free 0.232 |
| 8BUH Structure of DDB1 bound to WX3-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 H
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 4 RR9 6-[[[2-[[(2~{R})-1-oxidanylbutan-2-yl]amino]-9-propan-2-yl-purin-6-yl]amino]methyl]-3-pyridin-2-yl-1~{H}-pyridin-2-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.7 M ammonium sulfate, 0.45 M ammonium citrate, 0.07 M HEPES pH 7
|
分辨率 3.79 Å R-free 0.232 |
| 8BUI Structure of DDB1 bound to DRF-053-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 7 RV6 (2~{R})-2-[[9-propan-2-yl-6-[(4-pyridin-2-ylphenyl)amino]purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.42 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 6.8
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.221 |
| 8BUI Structure of DDB1 bound to DRF-053-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 7 RV6 (2~{R})-2-[[9-propan-2-yl-6-[(4-pyridin-2-ylphenyl)amino]purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.42 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 6.8
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.221 |
| 8BUI Structure of DDB1 bound to DRF-053-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 H
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 7 RV6 (2~{R})-2-[[9-propan-2-yl-6-[(4-pyridin-2-ylphenyl)amino]purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.42 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 6.8
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.221 |
| 8BUJ Structure of DDB1 bound to DS06-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 5 RUW (2~{R})-2-[[6-(octylamino)-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.38 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 7.0
|
分辨率 3.62 Å R-free 0.206 |
| 8BUJ Structure of DDB1 bound to DS06-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 4 RUW (2~{R})-2-[[6-(octylamino)-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.38 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 7.0
|
分辨率 3.62 Å R-free 0.206 |
| 8BUJ Structure of DDB1 bound to DS06-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 H
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 5 RUW (2~{R})-2-[[6-(octylamino)-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.38 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 7.0
|
分辨率 3.62 Å R-free 0.206 |
| 8BUK Structure of DDB1 bound to DS08-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 7 RWE (2~{R})-2-[[6-(naphthalen-2-ylmethylamino)-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.84 M ammonium sulfate, 0.36 M ammonium citrate, 0.07 M HEPES pH 7
|
分辨率 3.41 Å R-free 0.210 |
| 8BUK Structure of DDB1 bound to DS08-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 6 RWE (2~{R})-2-[[6-(naphthalen-2-ylmethylamino)-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 CIT CITRIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.84 M ammonium sulfate, 0.36 M ammonium citrate, 0.07 M HEPES pH 7
|
分辨率 3.41 Å R-free 0.210 |
| 8BUK Structure of DDB1 bound to DS08-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 H
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 7 RWE (2~{R})-2-[[6-(naphthalen-2-ylmethylamino)-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.84 M ammonium sulfate, 0.36 M ammonium citrate, 0.07 M HEPES pH 7
|
分辨率 3.41 Å R-free 0.210 |
| 8BUL Structure of DDB1 bound to DS11-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
712–1052（341 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 8 RSU (2~{R})-2-[[6-(3-phenylpropylamino)-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.30 M amonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 6.8
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.215 |
| 8BUL Structure of DDB1 bound to DS11-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
712–1052（341 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 8 RSU (2~{R})-2-[[6-(3-phenylpropylamino)-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.30 M amonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 6.8
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.215 |
| 8BUL Structure of DDB1 bound to DS11-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 H
712–1052（341 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 9 RSU (2~{R})-2-[[6-(3-phenylpropylamino)-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.30 M amonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 6.8
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.215 |
| 8BUM Structure of DDB1 bound to DS15-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 11 T6X (2R)-2-[[6-(5-naphthalen-1-ylpentylamino)-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.50 M amonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 6.8
|
分辨率 3.36 Å R-free 0.212 |
| 8BUM Structure of DDB1 bound to DS15-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 15 T6X (2R)-2-[[6-(5-naphthalen-1-ylpentylamino)-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.50 M amonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 6.8
|
分辨率 3.36 Å R-free 0.212 |
| 8BUM Structure of DDB1 bound to DS15-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 H
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 13 T6X (2R)-2-[[6-(5-naphthalen-1-ylpentylamino)-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.50 M amonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 6.8
|
分辨率 3.36 Å R-free 0.212 |
| 8BUN Structure of DDB1 bound to DS16-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 10 RNF (2~{R})-2-[[6-[(4-phenylphenyl)methylamino]-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.40 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 6.8
|
分辨率 3.08 Å R-free 0.211 |
| 8BUN Structure of DDB1 bound to DS16-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 12 RNF (2~{R})-2-[[6-[(4-phenylphenyl)methylamino]-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.40 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 6.8
|
分辨率 3.08 Å R-free 0.211 |
| 8BUN Structure of DDB1 bound to DS16-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 H
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 12 RNF (2~{R})-2-[[6-[(4-phenylphenyl)methylamino]-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.40 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 6.8
|
分辨率 3.08 Å R-free 0.211 |
| 8BUO Structure of DDB1 bound to DS24-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 9 RLC (2~{R})-2-[[6-[(3-fluoranyl-4-pyridin-2-yl-phenyl)methylamino]-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.47 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 6.8
|
分辨率 3.58 Å R-free 0.219 |
| 8BUO Structure of DDB1 bound to DS24-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 7 RLC (2~{R})-2-[[6-[(3-fluoranyl-4-pyridin-2-yl-phenyl)methylamino]-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.47 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 6.8
|
分辨率 3.58 Å R-free 0.219 |
| 8BUO Structure of DDB1 bound to DS24-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 H
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 10 RLC (2~{R})-2-[[6-[(3-fluoranyl-4-pyridin-2-yl-phenyl)methylamino]-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.47 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 6.8
|
分辨率 3.58 Å R-free 0.219 |
| 8BUP Structure of DDB1 bound to DS30-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 11 RWN (2~{R})-2-[[6-[3-(3-methylphenyl)propylamino]-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.44 M ammonium sulphate, 2.143 %v/v PEG 200, 0.07 M HEPES pH 7.5
|
分辨率 3.41 Å R-free 0.223 |
| 8BUP Structure of DDB1 bound to DS30-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 22 RWN (2~{R})-2-[[6-[3-(3-methylphenyl)propylamino]-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.44 M ammonium sulphate, 2.143 %v/v PEG 200, 0.07 M HEPES pH 7.5
|
分辨率 3.41 Å R-free 0.223 |
| 8BUP Structure of DDB1 bound to DS30-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 H
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 24 RWN (2~{R})-2-[[6-[3-(3-methylphenyl)propylamino]-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.44 M ammonium sulphate, 2.143 %v/v PEG 200, 0.07 M HEPES pH 7.5
|
分辨率 3.41 Å R-free 0.223 |
| 8BUQ Structure of DDB1 bound to DS43-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | CIT CITRIC ACID × 2 RQ9 (2~{R})-2-[[6-[[1-(3-chlorophenyl)pyrazol-3-yl]methylamino]-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.9 M ammonium citrate tribasic pH 7.0, Jeff600 additive
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.216 |
| 8BUQ Structure of DDB1 bound to DS43-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | CIT CITRIC ACID × 2 RQ9 (2~{R})-2-[[6-[[1-(3-chlorophenyl)pyrazol-3-yl]methylamino]-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.9 M ammonium citrate tribasic pH 7.0, Jeff600 additive
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.216 |
| 8BUQ Structure of DDB1 bound to DS43-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 H
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | CIT CITRIC ACID × 2 RQ9 (2~{R})-2-[[6-[[1-(3-chlorophenyl)pyrazol-3-yl]methylamino]-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.9 M ammonium citrate tribasic pH 7.0, Jeff600 additive
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.216 |
| 8BUR Structure of DDB1 bound to DS50-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 7 RQU ~{N}-[2-(2-methoxyphenyl)ethyl]-2-[[9-propan-2-yl-6-[(4-pyridin-2-ylphenyl)methylamino]purin-2-yl]amino]ethanamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.42 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 7.0
|
分辨率 3.64 Å R-free 0.234 |
| 8BUR Structure of DDB1 bound to DS50-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 10 RQU ~{N}-[2-(2-methoxyphenyl)ethyl]-2-[[9-propan-2-yl-6-[(4-pyridin-2-ylphenyl)methylamino]purin-2-yl]amino]ethanamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.42 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 7.0
|
分辨率 3.64 Å R-free 0.234 |
| 8BUR Structure of DDB1 bound to DS50-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 H
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 7 RQU ~{N}-[2-(2-methoxyphenyl)ethyl]-2-[[9-propan-2-yl-6-[(4-pyridin-2-ylphenyl)methylamino]purin-2-yl]amino]ethanamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.42 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 7.0
|
分辨率 3.64 Å R-free 0.234 |
| 8BUS Structure of DDB1 bound to DS59-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 5 RMX 1,3-dimethyl-5-[[[9-propan-2-yl-6-[(4-pyridin-2-ylphenyl)methylamino]purin-2-yl]amino]methyl]pyrazole-4-sulfonamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.40 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 7.0
|
分辨率 3.26 Å R-free 0.228 |
| 8BUS Structure of DDB1 bound to DS59-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 3 RMX 1,3-dimethyl-5-[[[9-propan-2-yl-6-[(4-pyridin-2-ylphenyl)methylamino]purin-2-yl]amino]methyl]pyrazole-4-sulfonamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.40 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 7.0
|
分辨率 3.26 Å R-free 0.228 |
| 8BUS Structure of DDB1 bound to DS59-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 H
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 6 RMX 1,3-dimethyl-5-[[[9-propan-2-yl-6-[(4-pyridin-2-ylphenyl)methylamino]purin-2-yl]amino]methyl]pyrazole-4-sulfonamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.40 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 7.0
|
分辨率 3.26 Å R-free 0.228 |
| 8BUT Structure of DDB1 bound to DS61-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 7 RQ5 2-[[6-[[4-(2-hydroxyethyloxy)phenyl]methylamino]-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.374 M ammonium sulfate, 0.07 M HEPES pH 7.3
|
分辨率 3.25 Å R-free 0.217 |
| 8BUT Structure of DDB1 bound to DS61-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 6 RQ5 2-[[6-[[4-(2-hydroxyethyloxy)phenyl]methylamino]-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.374 M ammonium sulfate, 0.07 M HEPES pH 7.3
|
分辨率 3.25 Å R-free 0.217 |
| 8BUT Structure of DDB1 bound to DS61-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 H
712–1051（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 8 RQ5 2-[[6-[[4-(2-hydroxyethyloxy)phenyl]methylamino]-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.374 M ammonium sulfate, 0.07 M HEPES pH 7.3
|
分辨率 3.25 Å R-free 0.217 |
| 8P81 Crystal structure of human Cdk12/Cyclin K in complex with inhibitor SR-4835 提交 2023-05-31 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
714–1063（350 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | RMF ~{N}-[[5,6-bis(chloranyl)-1~{H}-benzimidazol-2-yl]methyl]-9-(1-methylpyrazol-4-yl)-2-morpholin-4-yl-purin-6-amine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；288 K；0.1 M MOPS pH 6.5, 30% PEG mix, 0.1 M NDSB
|
分辨率 2.68 Å R-free 0.255 |
| 9FMR Structure of DDB1/Cdk12/Cyclin K with molecular glue SR-4835 提交 2024-06-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 B
714–1063（350 aa）
链 E
714–1063（350 aa）
链 H
714–1063（350 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | RMF ~{N}-[[5,6-bis(chloranyl)-1~{H}-benzimidazol-2-yl]methyl]-9-(1-methylpyrazol-4-yl)-2-morpholin-4-yl-purin-6-amine × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；283 K；1 M potassium citrate and 15% glycerol
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分辨率 3.90 Å R-free 0.250 |
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查看构建体与数据证据
| UniProt名称 | CDK12_HUMAN |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A； PDB构建体 3–340； UniProt 715–1052 作者链 B； PDB构建体 3–340； UniProt 715–1052 |
