9k07

Cryo-EM structure of the DSO-5a-bound human BRS3-Gq complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 123.6 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bombesin receptor subtype-3,Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase catalytic subunit

Oplophorus gracilirostris

UniProt P32247

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 R; UniProt 1–399 未记录 Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-2,Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short × 1 (P04899,P63092) scFv16 × 1 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P54311) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P63212) Nanobody-35 × 1 A1EL6 [(1~{S})-1-[1,4-dimethoxy-8-nitroso-5-(oxidanylamino)naphthalen-2-yl]-2,2-dimethyl-but-3-enyl] furan-2-carboxylate × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.83 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BRS3_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 R; PDB构建体 17–415; UniProt 1–399

Bombesin receptor subtype-3,Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase catalytic subunit

Oplophorus gracilirostris

UniProt Q9GV45

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 R; UniProt 28–183 未记录 Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-2,Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short × 1 (P04899,P63092) scFv16 × 1 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P54311) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P63212) Nanobody-35 × 1 A1EL6 [(1~{S})-1-[1,4-dimethoxy-8-nitroso-5-(oxidanylamino)naphthalen-2-yl]-2,2-dimethyl-but-3-enyl] furan-2-carboxylate × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.83 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 21 个其他 PDB 条目、45 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LUCI_OPLGR
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 R; PDB构建体 432–587; UniProt 28–183

Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-2,Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short

Homo sapiens

UniProt P04899

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–39 未记录 Bombesin receptor subtype-3,Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase catalytic subunit × 1 (P32247,Q9GV45) scFv16 × 1 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P54311) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P63212) Nanobody-35 × 1 A1EL6 [(1~{S})-1-[1,4-dimethoxy-8-nitroso-5-(oxidanylamino)naphthalen-2-yl]-2,2-dimethyl-but-3-enyl] furan-2-carboxylate × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.83 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 30 个其他 PDB 条目、30 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GNAI2_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–39; UniProt 1–39

Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-2,Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short

Homo sapiens

UniProt P63092

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 47–64 链 A; UniProt 204–253 链 A; UniProt 264–394 未记录 Bombesin receptor subtype-3,Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase catalytic subunit × 1 (P32247,Q9GV45) scFv16 × 1 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P54311) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P63212) Nanobody-35 × 1 A1EL6 [(1~{S})-1-[1,4-dimethoxy-8-nitroso-5-(oxidanylamino)naphthalen-2-yl]-2,2-dimethyl-but-3-enyl] furan-2-carboxylate × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.83 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 348 个其他 PDB 条目、356 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GNAS2_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 40–57; UniProt 47–64 作者链 A; PDB构建体 66–115; UniProt 204–253 作者链 A; PDB构建体 116–246; UniProt 264–394

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

Rattus norvegicus

UniProt P54311

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 2–340 未记录 Bombesin receptor subtype-3,Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase catalytic subunit × 1 (P32247,Q9GV45) Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-2,Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short × 1 (P04899,P63092) scFv16 × 1 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P63212) Nanobody-35 × 1 A1EL6 [(1~{S})-1-[1,4-dimethoxy-8-nitroso-5-(oxidanylamino)naphthalen-2-yl]-2,2-dimethyl-but-3-enyl] furan-2-carboxylate × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.83 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 161 个其他 PDB 条目、162 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBB1_RAT
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 7–345; UniProt 2–340

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

Bos taurus

UniProt P63212

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 2–71 未记录 Bombesin receptor subtype-3,Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase catalytic subunit × 1 (P32247,Q9GV45) Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-2,Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short × 1 (P04899,P63092) scFv16 × 1 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P54311) Nanobody-35 × 1 A1EL6 [(1~{S})-1-[1,4-dimethoxy-8-nitroso-5-(oxidanylamino)naphthalen-2-yl]-2,2-dimethyl-but-3-enyl] furan-2-carboxylate × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.83 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 215 个其他 PDB 条目、216 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBG2_BOVIN
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–70; UniProt 2–71

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9k07

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9k07
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9k07
沉积日期 deposition_date2024-10-15
结构标题 titleCryo-EM structure of the DSO-5a-bound human BRS3-Gq complex
关键词 keywordsDSO-5a, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier37.75
回转半径 Rg (电子) rg_electron37.64
零角强度 I(0) i0549684000.00
分子量 molecular_weight127100.0 kDa
排除体积 excluded_volume122850 ų
包络体积 envelope_volume221860 ų
水化壳体积 shell_volume50122 ų
包络直径 envelope_diameter125.2
壳层 Rg shell_rg42.48
包络 Rg envelope_rg37.60
形状 Rg shape_rg37.66
总 Rg total_rg37.82
总原子数 total_atoms9618
残基数 n_residues1236
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax123.6
Rg (实空间) rg_real37.70
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.32
I(0) (实空间) i0_real5.4970e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.7920e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal37.74
I(0) (倒空间) i0_reciprocal549700000.0000
解质量估计 total_estimate0.9032
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary44.1
偏度 Skewness skewness0.223
峰度 Kurtosis kurtosis-0.614
角度范围 angular_range— – 0.2100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha45850000.0000
实空间数据点数 n_real_points43
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.928; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.958

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)