9k1s

Crystal structure of human granzyme A in complex with GSDMB-C domain

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 91.8 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9k1s
沉积日期 deposition_date	2024-10-16
结构标题 title	Crystal structure of human granzyme A in complex with GSDMB-C domain
关键词 keywords	Complex, Pyroptosis, Protease, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.57 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.43 Å
零角强度 I(0) i0	125112000.00
分子量 molecular_weight	88239.0 kDa
排除体积 excluded_volume	110600 Å³
包络体积 envelope_volume	141660 Å³
水化壳体积 shell_volume	39519 Å³
包络直径 envelope_diameter	98.3 Å
壳层 Rg shell_rg	37.16 Å
包络 Rg envelope_rg	29.45 Å
形状 Rg shape_rg	29.44 Å
总 Rg total_rg	30.11 Å
总原子数 total_atoms	6175
残基数 n_residues	786
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	91.8 Å
Rg (实空间) rg_real	30.42 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.51 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2510e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8430e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.49 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	125100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9065
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	40.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.113
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.604
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	35720000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.975; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.859

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Granzyme A
分子量 formula_weight	26926.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.78
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6175

IIGGNEVTPHSRPYMVLLSLDRKTICAGALIAKDWVLTAAHCNLNKRSQVILGAHSITREEPTKQIMLVKKEFPYPCYDPATREGDLKLLQLTEKAKINKYVTILHLPKKGDDVKPGTMCQVAGWGRTHNSASWSDTLREVNITIIDRKVCNDRNHYNFNPVIGMNMVCAGSLRGGRDSCNGDSGSPLLCEGVFRGVTSFGLENKCGDPRGPGVYILLSKKHLNWIIMTIKGAVLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Isoform 4 of Gasdermin-B
分子量 formula_weight	19522.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

SGRPSLGSEDSRNMKEKLEDMESVLKDLTEEKRKDVLNSLAKCLGKEDIRQDLEQRVSEVLISGELHMEDPDKPLLSSLFNAAGVLVEARAKAILDFLDALLELSEEQQFVAEALEKGTLPLLKDQVKSVMEQNWDELASSPPDMDYDPEARILCALYVVVSILLELAEGPTSVSS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	93.739 Å
晶胞边长 b length_b	117.421 Å
晶胞边长 c length_c	123.843 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.690 Å
最低分辨率 resolution_low	47.290 Å
R 因子 r_factor	0.2367
R_work r_work	0.2356
R_free r_free	0.2566

fit	/app/data/saxs_computation/k1/9k1s/9k1s.fit
pddf	/app/data/pr_computation/k1/9k1s/9k1s.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/k1/9k1s/9k1s.dat

Crystal structure of human granzyme A in complex with GSDMB-C domain

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 branched

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)