SAXSdb — 9k3m

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid protein F

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 180 PDB 声明：180-meric（180）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–427 链 AB； UniProt 1–427 链 AE； UniProt 1–427 链 BC； UniProt 1–427 链 BF； UniProt 1–427 链 CA； UniProt 1–427 链 CD； UniProt 1–427 链 D； UniProt 1–427 链 DB； UniProt 1–427 链 DE； UniProt 1–427 链 EC； UniProt 1–427 链 EF； UniProt 1–427 链 F； UniProt 1–427 链 FA； UniProt 1–427 链 FD； UniProt 1–427 链 GB； UniProt 1–427 链 GE； UniProt 1–427 链 HC； UniProt 1–427 链 HF； UniProt 1–427 链 I； UniProt 1–427 链 IA； UniProt 1–427 链 ID； UniProt 1–427 链 JB； UniProt 1–427 链 JE； UniProt 1–427 链 KC； UniProt 1–427 链 KF； UniProt 1–427 链 LA； UniProt 1–427 链 LD； UniProt 1–427 链 M； UniProt 1–427 链 MB； UniProt 1–427 链 ME； UniProt 1–427 链 NC； UniProt 1–427 链 NF； UniProt 1–427 链 OA； UniProt 1–427 链 OD； UniProt 1–427 链 P； UniProt 1–427 链 PB； UniProt 1–427 链 PE； UniProt 1–427 链 QC； UniProt 1–427 链 QF； UniProt 1–427 链 RA； UniProt 1–427 链 RD； UniProt 1–427 链 S； UniProt 1–427 链 SB； UniProt 1–427 链 SE； UniProt 1–427 链 TC； UniProt 1–427 链 TF； UniProt 1–427 链 UA； UniProt 1–427 链 UD； UniProt 1–427 链 VB； UniProt 1–427 链 VE； UniProt 1–427 链 W； UniProt 1–427 链 WC； UniProt 1–427 链 WF； UniProt 1–427 链 XA； UniProt 1–427 链 XD； UniProt 1–427 链 YB； UniProt 1–427 链 YE； UniProt 1–427 链 Z； UniProt 1–427 链 ZC； UniProt 1–427	未记录	Major spike protein G × 60 （A0A5J6T840） DNA-binding protein J × 60 （P69592）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；pH 7.2~7.6 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.68 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q2LLZ1_BPPHX
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 AB； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 AE； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 BC； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 BF； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 CA； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 CD； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 D； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 DB； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 DE； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 EC； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 EF； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 F； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 FA； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 FD； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 GB； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 GE； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 HC； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 HF； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 I； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 IA； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 ID； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 JB； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 JE； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 KC； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 KF； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 LA； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 LD； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 M； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 MB； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 ME； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 NC； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 NF； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 OA； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 OD； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 P； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 PB； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 PE； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 QC； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 QF； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 RA； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 RD； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 S； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 SB； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 SE； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 TC； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 TF； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 UA； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 UD； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 VB； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 VE； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 W； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 WC； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 WF； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 XA； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 XD； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 YB； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 YE； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 Z； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 ZC； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427

Major spike protein G

物种未注明

UniProt A0A5J6T840

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 180 PDB 声明：180-meric（180）与蛋白拷贝数一致	链 AA； UniProt 1–175 链 AD； UniProt 1–175 链 B； UniProt 1–175 链 BB； UniProt 1–175 链 BE； UniProt 1–175 链 CC； UniProt 1–175 链 CF； UniProt 1–175 链 DA； UniProt 1–175 链 DD； UniProt 1–175 链 E； UniProt 1–175 链 EB； UniProt 1–175 链 EE； UniProt 1–175 链 FC； UniProt 1–175 链 FF； UniProt 1–175 链 G； UniProt 1–175 链 GA； UniProt 1–175 链 GD； UniProt 1–175 链 HB； UniProt 1–175 链 HE； UniProt 1–175 链 IC； UniProt 1–175 链 IF； UniProt 1–175 链 JA； UniProt 1–175 链 JD； UniProt 1–175 链 K； UniProt 1–175 链 KB； UniProt 1–175 链 KE； UniProt 1–175 链 LC； UniProt 1–175 链 LF； UniProt 1–175 链 MA； UniProt 1–175 链 MD； UniProt 1–175 链 N； UniProt 1–175 链 NB； UniProt 1–175 链 NE； UniProt 1–175 链 OC； UniProt 1–175 链 OF； UniProt 1–175 链 PA； UniProt 1–175 链 PD； UniProt 1–175 链 Q； UniProt 1–175 链 QB； UniProt 1–175 链 QE； UniProt 1–175 链 RC； UniProt 1–175 链 RF； UniProt 1–175 链 SA； UniProt 1–175 链 SD； UniProt 1–175 链 T； UniProt 1–175 链 TB； UniProt 1–175 链 TE； UniProt 1–175 链 UC； UniProt 1–175 链 UF； UniProt 1–175 链 VA； UniProt 1–175 链 VD； UniProt 1–175 链 WB； UniProt 1–175 链 WE； UniProt 1–175 链 X； UniProt 1–175 链 XC； UniProt 1–175 链 XF； UniProt 1–175 链 YA； UniProt 1–175 链 YD； UniProt 1–175 链 ZB； UniProt 1–175 链 ZE； UniProt 1–175	未记录	Capsid protein F × 60 （Q2LLZ1） DNA-binding protein J × 60 （P69592）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；pH 7.2~7.6 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.68 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A5J6T840_9VIRU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 AA； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175 作者链 AD； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175 作者链 B； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175 作者链 BB； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175 作者链 BE； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175 作者链 CC； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175 作者链 CF； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175 作者链 DA； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175 作者链 DD； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175 作者链 E； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175 作者链 EB； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175 作者链 EE； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175 作者链 FC； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175 作者链 FF； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175 作者链 G； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175 作者链 GA； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175 作者链 GD； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175 作者链 HB； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175 作者链 HE； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175 作者链 IC； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175 作者链 IF； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175 作者链 JA； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175 作者链 JD； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175 作者链 K； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175 作者链 KB； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175 作者链 KE； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175 作者链 LC； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175 作者链 LF； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175 作者链 MA； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175 作者链 MD； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175 作者链 N； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175 作者链 NB； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175 作者链 NE； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175 作者链 OC； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175 作者链 OF； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175 作者链 PA； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175 作者链 PD； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175 作者链 Q； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175 作者链 QB； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175 作者链 QE； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175 作者链 RC； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175 作者链 RF； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175 作者链 SA； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175 作者链 SD； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175 作者链 T； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175 作者链 TB； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175 作者链 TE； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175 作者链 UC； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175 作者链 UF； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175 作者链 VA； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175 作者链 VD； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175 作者链 WB； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175 作者链 WE； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175 作者链 X； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175 作者链 XC； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175 作者链 XF； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175 作者链 YA； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175 作者链 YD； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175 作者链 ZB； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175 作者链 ZE； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175

DNA-binding protein J

物种未注明

UniProt P69592

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 180 PDB 声明：180-meric（180）与蛋白拷贝数一致	链 AC； UniProt 1–38 链 AF； UniProt 1–38 链 BA； UniProt 1–38 链 BD； UniProt 1–38 链 C； UniProt 1–38 链 CB； UniProt 1–38 链 CE； UniProt 1–38 链 DC； UniProt 1–38 链 DF； UniProt 1–38 链 EA； UniProt 1–38 链 ED； UniProt 1–38 链 FB； UniProt 1–38 链 FE； UniProt 1–38 链 GC； UniProt 1–38 链 GF； UniProt 1–38 链 H； UniProt 1–38 链 HA； UniProt 1–38 链 HD； UniProt 1–38 链 IB； UniProt 1–38 链 IE； UniProt 1–38 链 J； UniProt 1–38 链 JC； UniProt 1–38 链 JF； UniProt 1–38 链 KA； UniProt 1–38 链 KD； UniProt 1–38 链 L； UniProt 1–38 链 LB； UniProt 1–38 链 LE； UniProt 1–38 链 MC； UniProt 1–38 链 MF； UniProt 1–38 链 NA； UniProt 1–38 链 ND； UniProt 1–38 链 O； UniProt 1–38 链 OB； UniProt 1–38 链 OE； UniProt 1–38 链 PC； UniProt 1–38 链 PF； UniProt 1–38 链 QA； UniProt 1–38 链 QD； UniProt 1–38 链 R； UniProt 1–38 链 RB； UniProt 1–38 链 RE； UniProt 1–38 链 SC； UniProt 1–38 链 SF； UniProt 1–38 链 TA； UniProt 1–38 链 TD； UniProt 1–38 链 UB； UniProt 1–38 链 UE； UniProt 1–38 链 V； UniProt 1–38 链 VC； UniProt 1–38 链 VF； UniProt 1–38 链 WA； UniProt 1–38 链 WD； UniProt 1–38 链 XB； UniProt 1–38 链 XE； UniProt 1–38 链 Y； UniProt 1–38 链 YC； UniProt 1–38 链 YF； UniProt 1–38 链 ZA； UniProt 1–38 链 ZD； UniProt 1–38	未记录	Capsid protein F × 60 （Q2LLZ1） Major spike protein G × 60 （A0A5J6T840）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；pH 7.2~7.6 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.68 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9K3M	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1RB8 The phiX174 DNA binding protein J in two different capsid environments. 提交 2003-11-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 180 PDB 声明：240-MERIC	链 J 1–37（37 aa）	未记录	DC 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 360	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；298 K；4-7% PEG 8000, 100 mM sodium citrate pH 5.0, 40% glycerol, 0.02% sodium azide, 0.1% beta-mercapto-ethanol, 0.9M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.236
1RB8 The phiX174 DNA binding protein J in two different capsid environments. 提交 2003-11-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 J 1–37（37 aa）	未记录	DC 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；298 K；4-7% PEG 8000, 100 mM sodium citrate pH 5.0, 40% glycerol, 0.02% sodium azide, 0.1% beta-mercapto-ethanol, 0.9M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.236
1RB8 The phiX174 DNA binding protein J in two different capsid environments. 提交 2003-11-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：eicosameric	链 J 1–37（37 aa）	未记录	DC 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 30	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；298 K；4-7% PEG 8000, 100 mM sodium citrate pH 5.0, 40% glycerol, 0.02% sodium azide, 0.1% beta-mercapto-ethanol, 0.9M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.236
1RB8 The phiX174 DNA binding protein J in two different capsid environments. 提交 2003-11-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：24-meric	链 J 1–37（37 aa）	未记录	DC 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 36	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；298 K；4-7% PEG 8000, 100 mM sodium citrate pH 5.0, 40% glycerol, 0.02% sodium azide, 0.1% beta-mercapto-ethanol, 0.9M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.236
1RB8 The phiX174 DNA binding protein J in two different capsid environments. 提交 2003-11-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 J 1–37（37 aa）	未记录	DC 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；298 K；4-7% PEG 8000, 100 mM sodium citrate pH 5.0, 40% glycerol, 0.02% sodium azide, 0.1% beta-mercapto-ethanol, 0.9M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.236
1RB8 The phiX174 DNA binding protein J in two different capsid environments. 提交 2003-11-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：80-meric	链 J 1–37（37 aa）	未记录	DC 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 120	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；298 K；4-7% PEG 8000, 100 mM sodium citrate pH 5.0, 40% glycerol, 0.02% sodium azide, 0.1% beta-mercapto-ethanol, 0.9M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.236
2BPA ATOMIC STRUCTURE OF SINGLE-STRANDED DNA BACTERIOPHAGE PHIX174 AND ITS FUNCTIONAL IMPLICATIONS 提交 1991-12-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 180 PDB 声明：240-MERIC	链 3 2–38（37 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å
2BPA ATOMIC STRUCTURE OF SINGLE-STRANDED DNA BACTERIOPHAGE PHIX174 AND ITS FUNCTIONAL IMPLICATIONS 提交 1991-12-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 3 2–38（37 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å
2BPA ATOMIC STRUCTURE OF SINGLE-STRANDED DNA BACTERIOPHAGE PHIX174 AND ITS FUNCTIONAL IMPLICATIONS 提交 1991-12-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：eicosameric	链 3 2–38（37 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å
2BPA ATOMIC STRUCTURE OF SINGLE-STRANDED DNA BACTERIOPHAGE PHIX174 AND ITS FUNCTIONAL IMPLICATIONS 提交 1991-12-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：24-meric	链 3 2–38（37 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å
2BPA ATOMIC STRUCTURE OF SINGLE-STRANDED DNA BACTERIOPHAGE PHIX174 AND ITS FUNCTIONAL IMPLICATIONS 提交 1991-12-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 3 2–38（37 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å

共 2 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	J_BPPHS
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 AC； PDB构建体 1–38； UniProt 1–38 作者链 AF； PDB构建体 1–38； UniProt 1–38 作者链 BA； PDB构建体 1–38； UniProt 1–38 作者链 BD； PDB构建体 1–38； UniProt 1–38 作者链 C； PDB构建体 1–38； UniProt 1–38 作者链 CB； PDB构建体 1–38； UniProt 1–38 作者链 CE； PDB构建体 1–38； UniProt 1–38 作者链 DC； PDB构建体 1–38； UniProt 1–38 作者链 DF； PDB构建体 1–38； UniProt 1–38 作者链 EA； PDB构建体 1–38； UniProt 1–38 作者链 ED； PDB构建体 1–38； UniProt 1–38 作者链 FB； PDB构建体 1–38； UniProt 1–38 作者链 FE； PDB构建体 1–38； UniProt 1–38 作者链 GC； PDB构建体 1–38； UniProt 1–38 作者链 GF； PDB构建体 1–38； UniProt 1–38 作者链 H； PDB构建体 1–38； UniProt 1–38 作者链 HA； PDB构建体 1–38； UniProt 1–38 作者链 HD； PDB构建体 1–38； UniProt 1–38 作者链 IB； PDB构建体 1–38； UniProt 1–38 作者链 IE； PDB构建体 1–38； UniProt 1–38 作者链 J； PDB构建体 1–38； UniProt 1–38 作者链 JC； PDB构建体 1–38； UniProt 1–38 作者链 JF； PDB构建体 1–38； UniProt 1–38 作者链 KA； PDB构建体 1–38； UniProt 1–38 作者链 KD； PDB构建体 1–38； UniProt 1–38 作者链 L； PDB构建体 1–38； UniProt 1–38 作者链 LB； PDB构建体 1–38； UniProt 1–38 作者链 LE； PDB构建体 1–38； UniProt 1–38 作者链 MC； PDB构建体 1–38； UniProt 1–38 作者链 MF； PDB构建体 1–38； UniProt 1–38 作者链 NA； PDB构建体 1–38； UniProt 1–38 作者链 ND； PDB构建体 1–38； UniProt 1–38 作者链 O； PDB构建体 1–38； UniProt 1–38 作者链 OB； PDB构建体 1–38； UniProt 1–38 作者链 OE； PDB构建体 1–38； UniProt 1–38 作者链 PC； PDB构建体 1–38； UniProt 1–38 作者链 PF； PDB构建体 1–38； UniProt 1–38 作者链 QA； PDB构建体 1–38； UniProt 1–38 作者链 QD； PDB构建体 1–38； UniProt 1–38 作者链 R； PDB构建体 1–38； UniProt 1–38 作者链 RB； PDB构建体 1–38； UniProt 1–38 作者链 RE； PDB构建体 1–38； UniProt 1–38 作者链 SC； PDB构建体 1–38； UniProt 1–38 作者链 SF； PDB构建体 1–38； UniProt 1–38 作者链 TA； PDB构建体 1–38； UniProt 1–38 作者链 TD； PDB构建体 1–38； UniProt 1–38 作者链 UB； PDB构建体 1–38； UniProt 1–38 作者链 UE； PDB构建体 1–38； UniProt 1–38 作者链 V； PDB构建体 1–38； UniProt 1–38 作者链 VC； PDB构建体 1–38； UniProt 1–38 作者链 VF； PDB构建体 1–38； UniProt 1–38 作者链 WA； PDB构建体 1–38； UniProt 1–38 作者链 WD； PDB构建体 1–38； UniProt 1–38 作者链 XB； PDB构建体 1–38； UniProt 1–38 作者链 XE； PDB构建体 1–38； UniProt 1–38 作者链 Y； PDB构建体 1–38； UniProt 1–38 作者链 YC； PDB构建体 1–38； UniProt 1–38 作者链 YF； PDB构建体 1–38； UniProt 1–38 作者链 ZA； PDB构建体 1–38； UniProt 1–38 作者链 ZD； PDB构建体 1–38； UniProt 1–38

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9k3m
沉积日期 deposition_date	2024-10-19
结构标题 title	The structure of Microviridae PJNS001
关键词 keywords	structual proteins, VIRUS; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	— Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	129.80 Å
零角强度 I(0) i0	248974000000.00
分子量 molecular_weight	4280900.0 kDa
排除体积 excluded_volume	5351200 Å³
包络体积 envelope_volume	11745000 Å³
水化壳体积 shell_volume	756830 Å³
包络直径 envelope_diameter	353.3 Å
壳层 Rg shell_rg	142.70 Å
包络 Rg envelope_rg	112.70 Å
形状 Rg shape_rg	129.80 Å
总 Rg total_rg	129.90 Å
总原子数 total_atoms	302160
残基数 n_residues	38280
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	322.4 Å
Rg (实空间) rg_real	129.60 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.45 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4180e+11
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.2510e+09
Rg (倒空间) rg_reciprocal	151.00 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	272600000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8938
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	214.9 Å
偏度 Skewness skewness	-0.369
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.576
角度范围 angular_range	— – 0.0600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	2.4090
最高正则化参数 α highest_alpha	45880000000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	13
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.953; Stabil: 0.956; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.898; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Capsid protein F
分子量 formula_weight	48500.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	60

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	;F,A,D,I,M,P,S,W,Z,CA,FA,IA,LA,OA,RA,UA,XA,AB,DB,GB,JB,MB,PB,SB,VB,YB,BC,EC,HC,KC,NC,QC,TC,WC,ZC,CD,FD,ID,LD,OD,RD,UD,XD,AE,DE,GE,JE,ME,PE,SE,VE,YE,BF,EF,HF,KF,NF,QF,TF,WF ;
原子数 atom_count	302160

MSNVQTGAERMPHDLSHLGFLAGQIGRLITISTTPVIAGDSFEMDAVGALRLSPLRRGLAIDSTVDIFTFYVPHRHVYGEQWIKFMKDGVNAAPLPTVNTTGYIDHAAFLGTINPDTNKIPKHLFQGYLNIYNNYFKAPWMPDRTEANPNQLNEDDARYGFRCCHLKNIWTAPLPPETELSRQMTTSTTSIDIMGLQAAYANLHTDQERDYFMQRYRDVISSFGGKTSYDADNRPLLVMRSNFWASGYDVDGTDQTSLGQFSGRVQQTYKHSVPRFFVPEHGTMFTLALVRFPPTATKEIQYLNAKGALTYTDIAGDPALYGNLPPREISMKDVFRSGDASKKFKIAEGQWYRYAPSYVSPAYHLLEGFPFIQEPPSGDLQERVLIRHHDYDQCFQSVQLLQWNSQVKFNVTVYRNLPTTRDSIMTS

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Major spike protein G
分子量 formula_weight	19112.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	60

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	;G,B,E,K,N,Q,T,X,AA,DA,GA,JA,MA,PA,SA,VA,YA,BB,EB,HB,KB,NB,QB,TB,WB,ZB,CC,FC,IC,LC,OC,RC,UC,XC,AD,DD,GD,JD,MD,PD,SD,VD,YD,BE,EE,HE,KE,NE,QE,TE,WE,ZE,CF,FF,IF,LF,OF,RF,UF,XF ;

MFQTFISRHNSNFFSDKLVATSVTPASLAPVLQTPKAASSTLYFNQLTVNAGNGGFLHCIQMDTSVNAANQVVSVGADIAFDADPKFFACLVRFESASVPTTLPTDYDVYPLDGRHDGGYYTVKDCVTIDVLPREPGNNVYVGFMVWSNFTATKCRGLVSLNQVIKEIICLQPLK

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DNA-binding protein J
分子量 formula_weight	4239.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	60

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	;J,C,H,L,O,R,V,Y,BA,EA,HA,KA,NA,QA,TA,WA,ZA,CB,FB,IB,LB,OB,RB,UB,XB,AC,DC,GC,JC,MC,PC,SC,VC,YC,BD,ED,HD,KD,ND,QD,TD,WD,ZD,CE,FE,IE,LE,OE,RE,UE,XE,AF,DF,GF,JF,MF,PF,SF,VF,YF ;

MSKGKKRSGARPGRPQPLRGTKGKRKGARLWYVGGQQF

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.68 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	16905

fit	/app/data/saxs_computation/k3/9k3m/9k3m.fit
pddf	/app/data/pr_computation/k3/9k3m/9k3m.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/k3/9k3m/9k3m.dat

The structure of Microviridae PJNS001

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid protein F

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Major spike protein G

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA-binding protein J

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)