9k3q

Cryo-EM structure of the Rhodospirillum rubrum RC-LH1 complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Light-harvesting protein B-870 beta chain

Rhodospirillum rubrum

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 35	Light-harvesting protein B-870 alpha chain × 16 （P02947） Photoreaction center protein H × 1 （Q7M149） Reaction center protein L chain × 1 （P10717） Reaction center protein M chain × 1 （Q2RQ26） Trans-Geranyl BACTERIOCHLOROPHYLL A × 37 SPIRILLOXANTHIN × 17 FE (III) ION × 1 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 UBIQUINONE-10 × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LHB_RHORU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 1； PDB构建体 1–44； UniProt 10–53 作者链 3； PDB构建体 1–44； UniProt 10–53 作者链 5； PDB构建体 1–44； UniProt 10–53 作者链 7； PDB构建体 1–44； UniProt 10–53 作者链 9； PDB构建体 1–44； UniProt 10–53 作者链 I； PDB构建体 1–44； UniProt 10–53 作者链 K； PDB构建体 1–44； UniProt 10–53 作者链 O； PDB构建体 1–44； UniProt 10–53 作者链 Q； PDB构建体 1–44； UniProt 10–53 作者链 S； PDB构建体 1–44； UniProt 10–53 作者链 U； PDB构建体 1–44； UniProt 10–53 作者链 W； PDB构建体 1–44； UniProt 10–53 作者链 Y； PDB构建体 1–44； UniProt 10–53 作者链 d； PDB构建体 1–44； UniProt 10–53 作者链 m； PDB构建体 1–44； UniProt 10–53 作者链 n； PDB构建体 1–44； UniProt 10–53

Light-harvesting protein B-870 alpha chain

Rhodospirillum rubrum

UniProt P02947

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 35	Light-harvesting protein B-870 beta chain × 16 （P0C190） Photoreaction center protein H × 1 （Q7M149） Reaction center protein L chain × 1 （P10717） Reaction center protein M chain × 1 （Q2RQ26） Trans-Geranyl BACTERIOCHLOROPHYLL A × 37 SPIRILLOXANTHIN × 17 FE (III) ION × 1 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 UBIQUINONE-10 × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LHA_RHORU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 2； PDB构建体 1–45； UniProt 2–46 作者链 4； PDB构建体 1–45； UniProt 2–46 作者链 6； PDB构建体 1–45； UniProt 2–46 作者链 8； PDB构建体 1–45； UniProt 2–46 作者链 A； PDB构建体 1–45； UniProt 2–46 作者链 D； PDB构建体 1–45； UniProt 2–46 作者链 E； PDB构建体 1–45； UniProt 2–46 作者链 F； PDB构建体 1–45； UniProt 2–46 作者链 G； PDB构建体 1–45； UniProt 2–46 作者链 J； PDB构建体 1–45； UniProt 2–46 作者链 N； PDB构建体 1–45； UniProt 2–46 作者链 R； PDB构建体 1–45； UniProt 2–46 作者链 T； PDB构建体 1–45； UniProt 2–46 作者链 V； PDB构建体 1–45； UniProt 2–46 作者链 X； PDB构建体 1–45； UniProt 2–46 作者链 Z； PDB构建体 1–45； UniProt 2–46

Photoreaction center protein H

Rhodospirillum rubrum

UniProt Q7M149

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 35	Light-harvesting protein B-870 beta chain × 16 （P0C190） Light-harvesting protein B-870 alpha chain × 16 （P02947） Reaction center protein L chain × 1 （P10717） Reaction center protein M chain × 1 （Q2RQ26） Trans-Geranyl BACTERIOCHLOROPHYLL A × 37 SPIRILLOXANTHIN × 17 FE (III) ION × 1 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 UBIQUINONE-10 × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q7M149_RHORU
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–255； UniProt 2–256

Reaction center protein L chain

Rhodospirillum rubrum

UniProt P10717

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 35	Light-harvesting protein B-870 beta chain × 16 （P0C190） Light-harvesting protein B-870 alpha chain × 16 （P02947） Photoreaction center protein H × 1 （Q7M149） Reaction center protein M chain × 1 （Q2RQ26） Trans-Geranyl BACTERIOCHLOROPHYLL A × 37 SPIRILLOXANTHIN × 17 FE (III) ION × 1 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 UBIQUINONE-10 × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RCEL_RHORU
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–274； UniProt 2–275

Reaction center protein M chain

Rhodospirillum rubrum

UniProt Q2RQ26

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 35	Light-harvesting protein B-870 beta chain × 16 （P0C190） Light-harvesting protein B-870 alpha chain × 16 （P02947） Photoreaction center protein H × 1 （Q7M149） Reaction center protein L chain × 1 （P10717） Trans-Geranyl BACTERIOCHLOROPHYLL A × 37 SPIRILLOXANTHIN × 17 FE (III) ION × 1 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 UBIQUINONE-10 × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q2RQ26_RHORT
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–259； UniProt 48–306

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9k3q
沉积日期 deposition_date	2024-10-19
结构标题 title	Cryo-EM structure of the Rhodospirillum rubrum RC-LH1 complex
关键词 keywords	reaction centre light-harvesting 1, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9k3q__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9k3q__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9k3q__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	44.37 Å
Rg（电子密度）	43.49 Å
总 Rg	43.85 Å
原子数	21510
残基数	2212
排除体积	388250 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9k3q__assembly_1__model_1`	35-meric （35）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Light-harvesting protein B-870 beta chain
分子量 formula_weight	5037.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	16

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1,3,5,7,9,I,K,O,Q,S,U,W,Y,d,m,n
原子数 atom_count	21510

ITEGEAKEFHKIFTSSILVFFGVAAFAHLLVWIWRPWVPGPNGY

来源 Source

来源生物 organism	Rhodospirillum rubrum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1085
宿主生物 host_organism	Rhodospirillum rubrum

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Light-harvesting protein B-870 alpha chain
分子量 formula_weight	5308.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	16

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	2,4,6,8,A,D,E,F,G,J,N,R,T,V,X,Z

WRIWQLFDPRQALVGLATFLFVLALLIHFILLSTERFNWLEGAST

来源 Source

来源生物 organism	Rhodospirillum rubrum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1085
宿主生物 host_organism	Rhodospirillum rubrum

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Photoreaction center protein H
分子量 formula_weight	27745.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

NKGDITGYMDVAQVVLYAFWIFFAGLIIYLRREDRREGYPLEDAISGKINSLQGLGSVFSIARPKIFKLKTGATYAAPNFKRDAVAIKATRTAPTAGAPFEPTGNPMTDAVGPAAYALRDELPDLTLGGQPAIVPLRVAPTFSVAAEDTDPRGLPVVDRKGAVAGKVTDLWIDRASIAIRYLEVELAATPGRKVLLPFAATRINAKTKSKTVTVQSILARHFANVPTIAKTDSITRREEDKVMAYYSSGYLYSDR

来源 Source

来源生物 organism	Rhodospirillum rubrum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1085
宿主生物 host_organism	Rhodospirillum rubrum

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Reaction center protein L chain
分子量 formula_weight	30472.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

ALLSFERKYRVRGGTLIGGDLFDFWVGPFYVGFFGVTTLLFTVLGTALIVWGAALGPSWTFWQISINPPDVSYGLAMAPMAKGGLWQIITFSAIGAFVSWALREVEICRKLGIGYHIPFAFGFAILAYVSLVVIRPVMMGAWGYGFPYGFMTHLDWVSNTGYQYANFHYNPAHMLGITLFFTTCLALALHGSLILSAANPGKGEVVKGPEHENTYFQDTIGYSVGTLGIHRVGLILALSAVVWSIICMILSGPIYTGSWPDWWLWWQKLPFWNH

来源 Source

来源生物 organism	Rhodospirillum rubrum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1085
宿主生物 host_organism	Rhodospirillum rubrum

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Reaction center protein M chain
分子量 formula_weight	29131.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

GPIYLGTTGVLSLVFGFFAIEIIGFNLLASVNWSPMEFGRQFFWLGLEPPAAEYGLGFAPLAEGGWWQIAGFFLTTSILLWWVRMYRRARALKMGTHTAWAFASAIFLFLSLGFIRPLLMGNFSESVPFGIFPHLEWTNSFSLNYGNFFYNPFHMLSIAFLYGSALLFAMHGATILAVSRLGGDREVEQITDRGTAAERAALFWRWTMGFNATMESIHRWAWWFAVLCTFTGAIGILLTGTVVDNWFEWGVKHGLAPAP

来源 Source

来源生物 organism	Rhodospirillum rubrum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1085
宿主生物 host_organism	Rhodospirillum rubrum

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	Trans-Geranyl BACTERIOCHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	901.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	37

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	SPIRILLOXANTHIN
分子量 formula_weight	596.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	17

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	BACTERIOPHEOPHYTIN A
分子量 formula_weight	889.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	UBIQUINONE-10
分子量 formula_weight	863.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.02 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	97584

Cryo-EM structure of the Rhodospirillum rubrum RC-LH1 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Light-harvesting protein B-870 beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Light-harvesting protein B-870 alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photoreaction center protein H

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Reaction center protein L chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Reaction center protein M chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9k3q__assembly_1__model_1

9k3q__assembly_1__model_1 | I(q)

9k3q__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

7. 引用文献 (1)