SAXSdb — 9kdc

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9kdc
沉积日期 deposition_date	2024-11-03
结构标题 title	Structure of hTRPC3 in complex with Nb3-37 at 3.01 angstrom
关键词 keywords	TRPC3, DAG, Nb3-37, nanobody, METAL TRANSPORT; METAL TRANSPORT
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	49.33 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	49.10 Å
零角强度 I(0) i0	3370930000.00
分子量 molecular_weight	330470.0 kDa
排除体积 excluded_volume	324700 Å³
包络体积 envelope_volume	610910 Å³
水化壳体积 shell_volume	102890 Å³
包络直径 envelope_diameter	181.5 Å
壳层 Rg shell_rg	54.02 Å
包络 Rg envelope_rg	48.28 Å
形状 Rg shape_rg	49.11 Å
总 Rg total_rg	49.21 Å
总原子数 total_atoms	25065
残基数 n_residues	3124
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	165.9 Å
Rg (实空间) rg_real	49.29 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.58 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.3710e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.6660e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	49.33 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3371000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8468
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	57.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.413
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.045
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	140700000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.766; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.715

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Short transient receptor potential channel 3
分子量 formula_weight	105662.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	25065

MSTKVRKCKEQARVTFPAPEEEEDEGEDEGAEPQRRRRGWRGVNGGLEPRSAPSQREPHGYCPPPFSHGPDLSMEGSPSLRRMTVMREKGRRQAVRGPAFMFNDRGTSLTAEEERFLDAAEYGNIPVVRKMLEESKTLNVNCVDYMGQNALQLAVGNEHLEVTELLLKKENLARIGDALLLAISKGYVRIVEAILNHPGFAASKRLTLSPCEQELQDDDFYAYDEDGTRFSPDITPIILAAHCQKYEVVHMLLMKGARIERPHDYFCKCGDCMEKQRHDSFSHSRSRINAYKGLASPAYLSLSSEDPVLTALELSNELAKLANIEKEFKNDYRKLSMQCKDFVVGVLDLCRDSEEVEAILNGDLESAEPLEVHRHKASLSRVKLAIKYEVKKFVAHPNCQQQLLTIWYENLSGLREQTIAIKCLVVLVVALGLPFLAIGYWIAPCSRLGKILRSPFMKFVAHAASFIIFLGLLVFNASDRFEGITTLPNITVTDYPKQIFRVKTTQFTWTEMLIMVWVLGMMWSECKELWLEGPREYILQLWNVLDFGMLSIFIAAFTARFLAFLQATKAQQYVDSYVQESDLSEVTLPPEIQYFTYARDKWLPSDPQIISEGLYAIAVVLSFSRIAYILPANESFGPLQISLGRTVKDIFKFMVLFIMVFFAFMIGMFILYSYYLGAKVNAAFTTVEESFKTLFWSIFGLSEVTSVVLKYDHKFIENIGYVLYGIYNVTMVVVLLNMLIAMINSSYQEIEDDSDVEWKFARSKLWLSYFDDGKTLPPPFSLVPSPKSFVYFIMRIVNFPKCRRRRLQKDIEMGMGNSKSRLNLFTQSNSRVFESHSFNSILNQPTRYQQIMKRLIKRYVLKAQVDKENDEVNEGELKEIKQDISSLRYELLEDKSQATEELAILIHKLSEKLNPSMLRCE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Nb3-37
分子量 formula_weight	18148.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

GPEFQVQLQESGGGSVQSGGSLRLSCAASGYTYSRSCLGWFRQAPGKERERVATIDSDGSTSYADSVKGRFTISQDNAKNTLYLQMNSLKSEDTAMYYCASKYGSRCQNSLGYMYRGQGTQVTVSSLEIEEQKLISEEDLGSGPSRLEEELRRRLTEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Camelus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9836
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 5 non-polymer

描述 description	[(2~{S})-2-[(~{E})-octadec-9-enoyl]oxy-3-oxidanyl-propyl] octadec-9-enoate
分子量 formula_weight	621.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

▶

7. 引用文献 (1)

▶

分辨率 resolution	3.01 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	116623

fit	/app/data/saxs_computation/kd/9kdc/9kdc.fit
pddf	/app/data/pr_computation/kd/9kdc/9kdc.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/kd/9kdc/9kdc.dat

Structure of hTRPC3 in complex with Nb3-37 at 3.01 angstrom

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)