9kjz

Cryo-EM structure of the Retron-Eco7 complex (state 3)

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 173.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9kjz
沉积日期 deposition_date	2024-11-12
结构标题 title	Cryo-EM structure of the Retron-Eco7 complex (state 3)
关键词 keywords	Retron, Reverse transcriptase, RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	51.37 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	51.39 Å
零角强度 I(0) i0	2159960000.00
分子量 molecular_weight	360100.0 kDa
排除体积 excluded_volume	439290 Å³
包络体积 envelope_volume	638940 Å³
水化壳体积 shell_volume	103410 Å³
包络直径 envelope_diameter	186.9 Å
壳层 Rg shell_rg	55.00 Å
包络 Rg envelope_rg	50.70 Å
形状 Rg shape_rg	51.39 Å
总 Rg total_rg	51.50 Å
总原子数 total_atoms	25193
残基数 n_residues	2947
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	173.8 Å
Rg (实空间) rg_real	51.35 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.27 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1600e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.0890e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	51.39 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2160000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8735
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	61.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.343
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.283
角度范围 angular_range	— – 0.1550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	248700000.0000
实空间数据点数 n_real_points	32
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.844; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.821

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	RNA-directed DNA polymerase
分子量 formula_weight	36682.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.49
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	25232

MGHHHHHHGGGSSVIRGLAAVLRQSDSDISAFLVTAPRKYKVYKIPKRTTGFRVIAQPAKGLKDIQRAFVQLYSLPVHDASMAYMKGKGIRDNAAAHAGNQYLLKADLEDFFNSITPAIFWRCIEMSSAQTPQFEPQDKLFIEKILFWQPIKRRKTKLILSVGAPSSPVISNFCMYEFDNRIHAACKKVEITYTRYADDLTFSSNIPDVLKAVPSTLEVLLKDLFGSALRLNHSKTVFSSKAHNRHVTGITINNEETLSLGRDRKRFIKHLINQYKYGLLDNEDKAYLIGLLAFASHIEPSFITRMNEKYSLELMERLRGQR

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	AAA family ATPase
分子量 formula_weight	62467.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C,D,E

MTKQYERKAKGGNLLSAFELYQRNSDKAPGLGEMLVGEWFEMCRDYIQDGHVDESGIFRPDNAFYLRRLTLKDFRRFSLLEIKLEEDLTVIIGNNGKGKTSILYAIAKTLSWFVANILKEGGSGQRLSEMTDIKNDAEDRYSDVSSTFFFGKGLKSVPIRLSRSALGTAERRDSEVKPAKDLADIWRVINEVNTINLPTFALYNVERSQPFNRNIKDNTGRREERFDAYSQTLGGAGRFDHFVEWYIYLHKRTVSDISSSIKELEQQVNDLQRTVDGGMVSVKSLLEQMKFKLSEAIERNDAAVSSRVLTESVQKSIVEKAICSVVPSISNIWVEMITGSDLVKVTNDGHDVTIDQLSDGQRVFLSLVADLARRMVMLNPLLENPLEGRGIVLIDEIELHLHPKWQQEVILNLRSAFPNIQFIITTHSPIVLSTIEKRCIREFEPNDDGDQSFLDSPDMQTKGSENAQILEQVMNVHSTPPGIAESHWLGNFELLLLDNSGELDNHSQVLYDQIKAHFGIDSIELKKADSLIRINKMKNKLNKIRAEKGK

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	TIGR02646 family protein
分子量 formula_weight	29739.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,G

MRELARLERPEILDQYIAGQNDWMEIDQSAVWPKLTEMQGGFCAYCECRLNRCHIEHFRPRGKFPALTFIWNNLFGSCGDSRKSGGWSRCGIYKDNGAGAYNADDLIKPDEENPDDYLLFLTTGEVVPAIGLTGRALKKAQETIRVFNLNGDIKLFGSRRTAVQAIMPNVEYLYTLLEEFDEDDWNEMLRDELEKIESDEYKTALKHAWTFNQEFAGGGSGGGSSSGLVPRGSHMASWSHPQFEKGGGSGGGSGGSAWSHPQFEKN

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	msrRNA
分子量 formula_weight	46843.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	H

GGACUCUUUAGCGUUGGACGGUUACGUCUAGUCGGGUGAUUAGCCAGACUCUAACUUAUUGAACGUAUUAAGGGUUGCGAAAGUGUCGCAACCCGAGAUCGUUCCUCUCUCGGGUUGCGACACUUUCGCUUCCUCAAGUAAAGAGU

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 polymer

描述 description	msdDNA
分子量 formula_weight	23807.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I

TTGAGGAAGCGAAAGTGTCGCAACCCGAGAGAGGAACGATCTCGGGTTGCGACACTTTCGCAACCCTTAATACGTTC

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 6 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 7 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 8 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.70 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	95729

fit	/app/data/saxs_computation/kj/9kjz/9kjz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/kj/9kjz/9kjz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/kj/9kjz/9kjz.dat

Cryo-EM structure of the Retron-Eco7 complex (state 3)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)