9l7p

Cryo-EM structure of retron Ec78 system complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 197.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9l7p
沉积日期 deposition_date	2024-12-26
结构标题 title	Cryo-EM structure of retron Ec78 system complex
关键词 keywords	a protein complex, ANTIVIRAL PROTEIN/DNA/RNA, ANTIVIRAL PROTEIN-DNA-RNA complex; ANTIVIRAL PROTEIN/DNA/RNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	56.23 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	55.76 Å
零角强度 I(0) i0	2242870000.00
分子量 molecular_weight	357680.0 kDa
排除体积 excluded_volume	432060 Å³
包络体积 envelope_volume	718420 Å³
水化壳体积 shell_volume	109220 Å³
包络直径 envelope_diameter	191.4 Å
壳层 Rg shell_rg	56.84 Å
包络 Rg envelope_rg	54.27 Å
形状 Rg shape_rg	55.71 Å
总 Rg total_rg	55.94 Å
总原子数 total_atoms	24962
残基数 n_residues	2836
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	197.6 Å
Rg (实空间) rg_real	56.32 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.12 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2430e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.6040e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	56.13 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2242000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7982
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	63.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.396
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.357
角度范围 angular_range	— – 0.1400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	393700000.0000
实空间数据点数 n_real_points	29
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.793; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	AAA family ATPase
分子量 formula_weight	62467.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	24962

MTKQYERKAKGGNLLSAFELYQRNSDKAPGLGEMLVGEWFEMCRDYIQDGHVDESGIFRPDNAFYLRRLTLKDFRRFSLLEIKLEEDLTVIIGNNGKGKTSILYAIAKTLSWFVANILKEGGSGQRLSEMTDIKNDAEDRYSDVSSTFFFGKGLKSVPIRLSRSALGTAERRDSEVKPAKDLADIWRVINEVNTINLPTFALYNVERSQPFNRNIKDNTGRREERFDAYSQTLGGAGRFDHFVEWYIYLHKRTVSDISSSIKELEQQVNDLQRTVDGGMVSVKSLLEQMKFKLSEAIERNDAAVSSRVLTESVQKSIVEKAICSVVPSISNIWVEMITGSDLVKVTNDGHDVTIDQLSDGQRVFLSLVADLARRMVMLNPLLENPLEGRGIVLIDEIELHLHPKWQQEVILNLRSAFPNIQFIITTHSPIVLSTIEKRCIREFEPNDDGDQSFLDSPDMQTKGSENAQILEQVMNVHSTPPGIAESHWLGNFELLLLDNSGELDNHSQVLYDQIKAHFGIDSIELKKADSLIRINKMKNKLNKIRAEKGK

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Retron St85 family RNA-directed DNA polymerase
分子量 formula_weight	35538.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

MSVIRGLAAVLRQSDSDISAFLVTAPRKYKVYKIPKRTTGFRVIAQPAKGLKDIQRAFVQLYSLPVHDASMAYMKGKGIRDNAAAHAGNQYLLKADLEDFFNSITPAIFWRCIEMSSAQTPQFEPQDKLFIEKILFWQPIKRRKTKLILSVGAPSSPVISNFCMYEFDNRIHAACKKVEITYTRYADDLTFSSNIPDVLKAVPSTLEVLLKDLFGSALRLNHSKTVFSSKAHNRHVTGITINNEETLSLGRDRKRFIKHLINQYKYGLLDNEDKAYLIGLLAFASHIEPSFITRMNEKYSLELMERLRGQR

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	TIGR02646 family protein
分子量 formula_weight	24966.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MRELARLERPEILDQYIAGQNDWMEIDQSAVWPKLTEMQGGFCAYCECRLNRCHIEHFRPRGKFPALTFIWNNLFGSCGDSRKSGGWSRCGIYKDNGAGAYNADDLIKPDEENPDDYLLFLTTGEVVPAIGLTGRALKKAQETIRVFNLNGDIKLFGSRRTAVQAIMPNVEYLYTLLEEFDEDDWNEMLRDELEKIESDEYKTALKHAWTFNQEFA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	RNA (40-MER)
分子量 formula_weight	46153.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	I,K

ACUCUUUAGCGUUGGACGGUUACGUCUAGUCGGGUGAUUAGCCAGACUCUAACUUAUUGAACGUAUUAAGGGUUGCGAAAGUGUCGCAACCCGAGAUCGUUCCUCUCUCGGGUUGCGACACUUUCGCUUCCUCAAGUAAAGAGU

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 polymer

描述 description	DNA (73-MER)
分子量 formula_weight	24120.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J,L

TTGAGGAAGCGAAAGTGTCGCAACCCGAGAGAGGAACGATCTCGGGTTGCGACACTTTCGCAACCCTTAATACGTTCA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 6 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 7 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.03 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	41832

fit	/app/data/saxs_computation/l7/9l7p/9l7p.fit
pddf	/app/data/pr_computation/l7/9l7p/9l7p.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/l7/9l7p/9l7p.dat

Cryo-EM structure of retron Ec78 system complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)