SAXSdb — 9kld

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9kld
沉积日期 deposition_date	2024-11-14
结构标题 title	Strigolactone-induced ASK1-MAX2-HTL7-SMAX1 complex (Class 2) with covalently bound D-ring
关键词 keywords	Strigolactone, SCF, Ubiquitination, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.60 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.25 Å
零角强度 I(0) i0	287324000.00
分子量 molecular_weight	136740.0 kDa
排除体积 excluded_volume	171400 Å³
包络体积 envelope_volume	219930 Å³
水化壳体积 shell_volume	53241 Å³
包络直径 envelope_diameter	123.6 Å
壳层 Rg shell_rg	41.16 Å
包络 Rg envelope_rg	34.10 Å
形状 Rg shape_rg	34.23 Å
总 Rg total_rg	34.80 Å
总原子数 total_atoms	9594
残基数 n_residues	1227
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	115.5 Å
Rg (实空间) rg_real	34.54 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.85 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.8730e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.8720e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.58 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	287300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8694
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	45.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.359
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.060
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	82720000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.804; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.889

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	SKP1-like protein 1A
分子量 formula_weight	17876.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	9594

MSAKKIVLKSSDGESFEVEEAVALESQTIAHMVEDDCVDNGVPLPNVTSKILAKVIEYCKRHVEAAASKAEAVEGAATSDDDLKAWDADFMKIDQATLFELILAANYLNIKNLLDLTCQTVADMIKGKTPEEIRTTFNIKNDFTPEEEEEVRRENQWAFE

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	thale cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 polymer

描述 description	Hyposensitive to light 7
分子量 formula_weight	33472.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MKHHHHHHHGAAGTSLYKKAGENLYFQGSMSSIGLAHNVTILGSGETTVVLGHGYGTDQSVWKLLVPYLVDDYKVLLYDHMGAGTTNPDYFDFDRYSSLEGYSYDLIAILEEFQVSKCIYVGHSMSSMAAAVASIFRPDLFHKLVMISPTPRLINTEEYYGGFEQKVMDETLRSLDENFKSLSLGTAPLLLACDLESAAMQEYCRTLFNMRPDIACCITRMICGLDLRPYLGHVTVPCHIIQSSNDIMVPVAVGEYLRKNLGGPSVVEVMPTEGHLPHLSMPEVTIPVVLRHIRQDITDH

来源 Source

来源生物 organism	Striga hermonthica
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	68872
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	F-box protein
分子量 formula_weight	85626.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MHHHHHHHHHSSGWSHPQFEKGGGSGGGSLEVLFQGPLTPKTNYIPFPSPIHQTPFQTDLAPMAAAAAAATTALNDLPDVILSNIMAGVSDVRSRNSASLVCHKWYLLERATRSALTLRGNIRDLFMLPTCFQSTSHLDLSLISPWGHPLTSAADPDSALIGHLLRHAFPSVTSLAIYARDPSTIHIVVPQWPDLERLKLVRWHQRPQTDAAGDELKLLISECGTLKSLDLSSFYCWTDDVPAALGSCPTFAANLKSLNLLNSSFSEGFKSDEIKAITKACPNLREFRASCMFDPRYIGHAGDEALVSISVNCPKLEILHLADTNALSSARSDFDPDEREGLGQEEAKINAATLIEVFSGLPLLEELALDLCNNVRDSGPALEVLNSKCPKLKSVKLGQFHGISLPVESKLDGIALCQGLESLSIRNVDDLTDMGLIAIGRGCYRLAKFEVYGCKKITVRGMRTMASLLRKTLVDVKIAACKKLGAVQSLKALEPIQDRVERLHIDCDWDCPDEEEPSDYFDSAAEYNECDDEMYSVRKRARYTYDLNSSSSGLDVNVEGYDEDKTWARLRYVSLWIFVGQLLTPLVAAGLNDCPELEEISIKVEGDCRVLSRPTVREFGLTTLLNYPKLSRMHLDCGDINGYAHTAPSGQMDLSLWERFYLIGVGHLGLTELNYWPPQDRDVNQRSLSLPAAGLLQECNRLRKLFIHGTAHEHFMMFFLRIEGLRDVQLRADYYPAPENDMSTEMRADSCSRFEVALNRRQISDSSGSSG

来源 Source

来源生物 organism	Striga hermonthica
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	68872
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 4 polymer

描述 description	Protein SUPPRESSOR OF MAX2 1
分子量 formula_weight	113453.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MKHHHHHHHGAAGTSLYKKAGENLYFQGSMRAGLSTIQQTLTPEAATVLNQSIAEAARRNHGQTTPLHVAATLLASPAGFLRRACIRSHPNSSHPLQCRALELCFSVALERLPTATTTPGNDPPISNALMAALKRAQAHQRRGCPEQQQQPLLAVKVELEQLIISILDDPSVSRVMREASFSSPAVKATIEQSLNNSVTPTPIPSVSSVGLNFRPGGGGPMTRNSYLNPRLQQNASSVQSGVSKNDDVERVMDILGRAKKKNPVLVGDSEPGRVIREILKKIEVGEVGNLAVKNSKVVSLEEISSDKALRIKELDGLLQTRLKNSDPIGGGGVILDLGDLKWLVEQPSSTQPPATVAVEIGRTAVVELRRLLEKFEGRLWFIGTATCETYLRCQVYHPSVETDWDLQAVSVAAKAPASGVFPRLANNLESFTPLKSFVPANRTLKCCPQCLQSYERELAEIDSVSSPEVKSEVAQPKQLPQWLLKAKPVDRLPQAKIEEVQKKWNDACVRLHPSFHNKNERIVPIPVPITLTTSPYSPNMLLRQPLQPKLQPNRELRERVHLKPMSPLVAEQAKKKSPPGSPVQTDLVLGRAEDSEKAGDVQVRDFLGCISSESVQNNNNISVLQKENLGNSLDIDLFKKLLKGMTEKVWWQNDAAAAVAATVSQCKLGNGKRRGVLSKGDVWLLFSGPDRVGKRKMVSALSSLVYGTNPIMIQLGSRQDAGDGNSSFRGKTALDKIAETVKRSPFSVILLEDIDEADMLVRGSIKQAMDRGRIRDSHGREISLGNVIFVMTASWHFAGTKTSFLDNEAKLRDLASESWRLRLCMREKFGKRRASWLCSDEERLTKPKKEHGSGLSFDLNQAADTDDGSHNTSDLTTDNDQDEQGFSGKLSLQCVPFAFHDMVSRVDDAVAFRAVDFAAVRRRITETLSERFETIIGESLSVEVEEEALQRILSGVWLGQTELEEWIEKAIVPVLSQLKARVSSSGTYGDCTVARLELDEDSGERNAGDLLPTTITLAVGSGSWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	thale cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 5 non-polymer

描述 description	(3E,3aR,8bS)-3-({[(2R)-4-methyl-5-oxo-2,5-dihydrofuran-2-yl]oxy}methylidene)-3,3a,4,8b-tetrahydro-2H-indeno[1,2-b]furan-2-one
分子量 formula_weight	298.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	80483

fit	/app/data/saxs_computation/kl/9kld/9kld.fit
pddf	/app/data/pr_computation/kl/9kld/9kld.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/kl/9kld/9kld.dat

Strigolactone-induced ASK1-MAX2-HTL7-SMAX1 complex (Class 2) with covalently bound D-ring

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)