9kuk

Bovine Heart Cytochrome c Oxidase in the Xenon-bound Fully Oxidized State under Aerobic Condition

Method: X-RAY DIFFRACTION

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

暂无 SAXS 图

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9kuk
沉积日期 deposition_date	2024-12-04
结构标题 title	Bovine Heart Cytochrome c Oxidase in the Xenon-bound Fully Oxidized State under Aerobic Condition
关键词 keywords	xenon, fully oxidized, aerobic, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

该条目暂无 SAXS 数据。

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

该条目暂无 P(r) 分析数据。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (30)

Entity 1 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 1
分子量 formula_weight	57093.9 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.9
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,N
原子数 atom_count	33061

MFINRWLFSTNHKDIGTLYLLFGAWAGMVGTALSLLIRAELGQPGTLLGDDQIYNVVVTAHAFVMIFFMVMPIMIGGFGNWLVPLMIGAPDMAFPRMNNMSFWLLPPSFLLLLASSMVEAGAGTGWTVYPPLAGNLAHAGASVDLTIFSLHLAGVSSILGAINFITTIINMKPPAMSQYQTPLFVWSVMITAVLLLLSLPVLAAGITMLLTDRNLNTTFFDPAGGGDPILYQHLFWFFGHPEVYILILPGFGMISHIVTYYSGKKEPFGYMGMVWAMMSIGFLGFIVWAHHMFTVGMDVDTRAYFTSATMIIAIPTGVKVFSWLATLHGGNIKWSPAMMWALGFIFLFTVGGLTGIVLANSSLDIVLHDTYYVVAHFHYVLSMGAVFAIMGGFVHWFPLFSGYTLNDTWAKIHFAIMFVGVNMTFFPQHFLGLSGMPRRYSDYPDAYTMWNTISSMGSFISLTAVMLMVFIIWEAFASKREVLTVDLTTTNLEWLNGCPPPYHTFEEPTYVNLK

Entity 2 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 2
分子量 formula_weight	26068.4 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.9
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,O

MAYPMQLGFQDATSPIMEELLHFHDHTLMIVFLISSLVLYIISLMLTTKLTHTSTMDAQEVETIWTILPAIILILIALPSLRILYMMDEINNPSLTVKTMGHQWYWSYEYTDYEDLSFDSYMIPTSELKPGELRLLEVDNRVVLPMEMTIRMLVSSEDVLHSWAVPSLGLKTDAIPGRLNQTTLMSSRPGLYYGQCSEICGSNHSFMPIVLELVPLKYFEKWSASML

Entity 3 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 3
分子量 formula_weight	29957.6 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.9
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,P

MTHQTHAYHMVNPSPWPLTGALSALLMTSGLTMWFHFNSMTLLMIGLTTNMLTMYQWWRDVIRESTFQGHHTPAVQKGLRYGMILFIISEVLFFTGFFWAFYHSSLAPTPELGGCWPPTGIHPLNPLEVPLLNTSVLLASGVSITWAHHSLMEGDRKHMLQALFITITLGVYFTLLQASEYYEAPFTISDGVYGSTFFVATGFHGLHVIIGSTFLIVCFFRQLKFHFTSNHHFGFEAAAWYWHFVDVVWLFLYVSIYWWGS

Entity 4 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial
分子量 formula_weight	17179.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,Q

AHGSVVKSEDYALPSYVDRRDYPLPDVAHVKNLSASQKALKEKEKASWSSLSIDEKVELYRLKFKESFAEMNRSTNEWKTVVGAAMFFIGFTALLLIWEKHYVYGPIPHTFEEEWVAKQTKRMLDMKVAPIQGFSAKWDYDKNEWKK

Entity 5 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 5A
分子量 formula_weight	12453.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,R

SHGSHETDEEFDARWVTYFNKPDIDAWELRKGMNTLVGYDLVPEPKIIDAALRACRRLNDFASAVRILEVVKDKAGPHKEIYPYVIQELRPTLNELGISTPEELGLDKV

Entity 6 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial
分子量 formula_weight	10684.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,S

ASGGGVPTDEEQATGLEREVMLAARKGQDPYNILAPKATSGTKEDPNLVPSITNKRIVGCICEEDNSTVIWFWLHKGEAQRCPSCGTHYKLVPHQLAH

Entity 7 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial
分子量 formula_weight	9549.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,T

ASAAKGDHGGTGARTWRFLTFGLALPSVALCTLNSWLHSGHRERPAFIPYHHLRIRTKPFSWGDGNHTFFHNPRVNPLPTGYEKP

Entity 8 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 6B1
分子量 formula_weight	10039.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,U

AEDIQAKIKNYQTAPFDSRFPNQNQTRNCWQNYLDFHRCEKAMTAKGGDVSVCEWYRRVYKSLCPISWVSTWDDRRAEGTFPGKI

Entity 9 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 6C
分子量 formula_weight	8495.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,V

STALAKPQMRGLLARRLRFHIVGAFMVSLGFATFYKFAVAEKRKKAYADFYRNYDSMKDFEEMRKAGIFQSAK

Entity 10 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 7A1
分子量 formula_weight	6682.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,W

FENRVAEKQKLFQEDNGLPVHLKGGATDNILYRVTMTLCLGGTLYSLYCLGWASFPHKK

Entity 11 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial
分子量 formula_weight	6365.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,X

IHQKRAPDFHDKYGNAVLASGATFCVAVWVYMATQIGIEWNPSPVGRVTPKEWREQ

Entity 12 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial
分子量 formula_weight	5449.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,Y

SHYEEGPGKNIPFSVENKWRLLAMMTLFFGSGFAAPFFIVRHQLLKK

Entity 13 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial
分子量 formula_weight	4967.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,Z

ITAKPAKTPTSPKEQAIGLSVTFLSFLLPAGWVLYHLDNYKKSSAA

Entity 14 non-polymer

描述 description	HEME-A
分子量 formula_weight	852.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 15 non-polymer

描述 description	COPPER (II) ION
分子量 formula_weight	63.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 16 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 17 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 18 non-polymer

描述 description	PEROXIDE ION
分子量 formula_weight	32.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 19 non-polymer

描述 description	CARDIOLIPIN
分子量 formula_weight	1464.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 20 non-polymer

描述 description	EICOSANE
分子量 formula_weight	282.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	26

Entity 21 non-polymer

描述 description	DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE
分子量 formula_weight	482.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	42

Entity 22 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	29

Entity 23 non-polymer

描述 description	XENON
分子量 formula_weight	131.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

Entity 24 non-polymer

描述 description	(1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE
分子量 formula_weight	749.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 25 non-polymer

描述 description	DINUCLEAR COPPER ION
分子量 formula_weight	127.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 26 non-polymer

描述 description	CHOLIC ACID
分子量 formula_weight	408.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 27 non-polymer

描述 description	UNKNOWN ATOM OR ION
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 28 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 29 non-polymer

描述 description	(1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(STEAROYLOXY)METHYL]ETHYL (5E,8E,11E,14E)-ICOSA-5,8,11,14-TETRAENOATE
分子量 formula_weight	768.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 30 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2005

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	181.900 Å
晶胞边长 b length_b	204.000 Å
晶胞边长 c length_c	178.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	40.000 Å
R 因子 r_factor	0.1216
R_work r_work	0.1198
R_free r_free	0.1555

Bovine Heart Cytochrome c Oxidase in the Xenon-bound Fully Oxidized State under Aerobic Condition

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (30)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

Entity 11 polymer

聚合体 Polymer

Entity 12 polymer

聚合体 Polymer

Entity 13 polymer

聚合体 Polymer

Entity 14 non-polymer

Entity 15 non-polymer

Entity 16 non-polymer

Entity 17 non-polymer

Entity 18 non-polymer

Entity 19 non-polymer

Entity 20 non-polymer

Entity 21 non-polymer

Entity 22 non-polymer

Entity 23 non-polymer

Entity 24 non-polymer

Entity 25 non-polymer

Entity 26 non-polymer

Entity 27 non-polymer

Entity 28 non-polymer

Entity 29 non-polymer

Entity 30 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (0)