9kum

Bovine Heart Cytochrome c Oxidase in the Xenon-bound Fully Reduced State

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome c oxidase subunit 1

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 26	Cytochrome c oxidase subunit 2 × 2 （P68530） Cytochrome c oxidase subunit 3 × 2 （P00415） Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial × 2 （P00423） Cytochrome c oxidase subunit 5A × 2 （P00426） Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial × 2 （P00428） Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial × 2 （P07471） Cytochrome c oxidase subunit 6B1 × 2 （P00429） Cytochrome c oxidase subunit 6C × 2 （P04038） Cytochrome c oxidase subunit 7A1 × 2 （P07470） Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial × 2 （P13183） Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial × 2 （P00430） Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial × 2 （P10175） HEME-A × 4 COPPER (II) ION × 2 MAGNESIUM ION × 2 SODIUM ION × 2 CARDIOLIPIN × 6 EICOSANE × 26 DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE × 42 1,2-ETHANEDIOL × 29 XENON × 16 (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 4 DINUCLEAR COPPER ION × 2 CHOLIC ACID × 6 UNKNOWN ATOM OR ION × 2 ZINC ION × 2 (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(STEAROYLOXY)METHYL]ETHYL (5E,8E,11E,14E)-ICOSA-5,8,11,14-TETRAENOATE × 2 water × 26	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	COX1_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–514； UniProt 1–514 作者链 N； PDB构建体 1–514； UniProt 1–514

Cytochrome c oxidase subunit 2

物种未注明

UniProt P68530

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 26	Cytochrome c oxidase subunit 1 × 2 （P00396） Cytochrome c oxidase subunit 3 × 2 （P00415） Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial × 2 （P00423） Cytochrome c oxidase subunit 5A × 2 （P00426） Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial × 2 （P00428） Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial × 2 （P07471） Cytochrome c oxidase subunit 6B1 × 2 （P00429） Cytochrome c oxidase subunit 6C × 2 （P04038） Cytochrome c oxidase subunit 7A1 × 2 （P07470） Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial × 2 （P13183） Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial × 2 （P00430） Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial × 2 （P10175） HEME-A × 4 COPPER (II) ION × 2 MAGNESIUM ION × 2 SODIUM ION × 2 CARDIOLIPIN × 6 EICOSANE × 26 DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE × 42 1,2-ETHANEDIOL × 29 XENON × 16 (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 4 DINUCLEAR COPPER ION × 2 CHOLIC ACID × 6 UNKNOWN ATOM OR ION × 2 ZINC ION × 2 (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(STEAROYLOXY)METHYL]ETHYL (5E,8E,11E,14E)-ICOSA-5,8,11,14-TETRAENOATE × 2 water × 26	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	COX2_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–227； UniProt 1–227 作者链 O； PDB构建体 1–227； UniProt 1–227

Cytochrome c oxidase subunit 3

物种未注明

UniProt P00415

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 26	Cytochrome c oxidase subunit 1 × 2 （P00396） Cytochrome c oxidase subunit 2 × 2 （P68530） Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial × 2 （P00423） Cytochrome c oxidase subunit 5A × 2 （P00426） Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial × 2 （P00428） Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial × 2 （P07471） Cytochrome c oxidase subunit 6B1 × 2 （P00429） Cytochrome c oxidase subunit 6C × 2 （P04038） Cytochrome c oxidase subunit 7A1 × 2 （P07470） Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial × 2 （P13183） Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial × 2 （P00430） Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial × 2 （P10175） HEME-A × 4 COPPER (II) ION × 2 MAGNESIUM ION × 2 SODIUM ION × 2 CARDIOLIPIN × 6 EICOSANE × 26 DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE × 42 1,2-ETHANEDIOL × 29 XENON × 16 (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 4 DINUCLEAR COPPER ION × 2 CHOLIC ACID × 6 UNKNOWN ATOM OR ION × 2 ZINC ION × 2 (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(STEAROYLOXY)METHYL]ETHYL (5E,8E,11E,14E)-ICOSA-5,8,11,14-TETRAENOATE × 2 water × 26	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	COX3_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–261； UniProt 1–261 作者链 P； PDB构建体 1–261； UniProt 1–261

Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial

物种未注明

UniProt P00423

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 26	Cytochrome c oxidase subunit 1 × 2 （P00396） Cytochrome c oxidase subunit 2 × 2 （P68530） Cytochrome c oxidase subunit 3 × 2 （P00415） Cytochrome c oxidase subunit 5A × 2 （P00426） Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial × 2 （P00428） Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial × 2 （P07471） Cytochrome c oxidase subunit 6B1 × 2 （P00429） Cytochrome c oxidase subunit 6C × 2 （P04038） Cytochrome c oxidase subunit 7A1 × 2 （P07470） Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial × 2 （P13183） Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial × 2 （P00430） Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial × 2 （P10175） HEME-A × 4 COPPER (II) ION × 2 MAGNESIUM ION × 2 SODIUM ION × 2 CARDIOLIPIN × 6 EICOSANE × 26 DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE × 42 1,2-ETHANEDIOL × 29 XENON × 16 (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 4 DINUCLEAR COPPER ION × 2 CHOLIC ACID × 6 UNKNOWN ATOM OR ION × 2 ZINC ION × 2 (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(STEAROYLOXY)METHYL]ETHYL (5E,8E,11E,14E)-ICOSA-5,8,11,14-TETRAENOATE × 2 water × 26	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	COX41_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–147； UniProt 23–169 作者链 Q； PDB构建体 1–147； UniProt 23–169

Cytochrome c oxidase subunit 5A

物种未注明

UniProt P00426

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 26	Cytochrome c oxidase subunit 1 × 2 （P00396） Cytochrome c oxidase subunit 2 × 2 （P68530） Cytochrome c oxidase subunit 3 × 2 （P00415） Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial × 2 （P00423） Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial × 2 （P00428） Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial × 2 （P07471） Cytochrome c oxidase subunit 6B1 × 2 （P00429） Cytochrome c oxidase subunit 6C × 2 （P04038） Cytochrome c oxidase subunit 7A1 × 2 （P07470） Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial × 2 （P13183） Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial × 2 （P00430） Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial × 2 （P10175） HEME-A × 4 COPPER (II) ION × 2 MAGNESIUM ION × 2 SODIUM ION × 2 CARDIOLIPIN × 6 EICOSANE × 26 DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE × 42 1,2-ETHANEDIOL × 29 XENON × 16 (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 4 DINUCLEAR COPPER ION × 2 CHOLIC ACID × 6 UNKNOWN ATOM OR ION × 2 ZINC ION × 2 (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(STEAROYLOXY)METHYL]ETHYL (5E,8E,11E,14E)-ICOSA-5,8,11,14-TETRAENOATE × 2 water × 26	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	COX5A_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–109； UniProt 44–152 作者链 R； PDB构建体 1–109； UniProt 44–152

Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial

物种未注明

UniProt P00428

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 26	Cytochrome c oxidase subunit 1 × 2 （P00396） Cytochrome c oxidase subunit 2 × 2 （P68530） Cytochrome c oxidase subunit 3 × 2 （P00415） Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial × 2 （P00423） Cytochrome c oxidase subunit 5A × 2 （P00426） Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial × 2 （P07471） Cytochrome c oxidase subunit 6B1 × 2 （P00429） Cytochrome c oxidase subunit 6C × 2 （P04038） Cytochrome c oxidase subunit 7A1 × 2 （P07470） Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial × 2 （P13183） Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial × 2 （P00430） Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial × 2 （P10175） HEME-A × 4 COPPER (II) ION × 2 MAGNESIUM ION × 2 SODIUM ION × 2 CARDIOLIPIN × 6 EICOSANE × 26 DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE × 42 1,2-ETHANEDIOL × 29 XENON × 16 (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 4 DINUCLEAR COPPER ION × 2 CHOLIC ACID × 6 UNKNOWN ATOM OR ION × 2 ZINC ION × 2 (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(STEAROYLOXY)METHYL]ETHYL (5E,8E,11E,14E)-ICOSA-5,8,11,14-TETRAENOATE × 2 water × 26	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	COX5B_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–98； UniProt 32–129 作者链 S； PDB构建体 1–98； UniProt 32–129

Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial

物种未注明

UniProt P07471

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 26	Cytochrome c oxidase subunit 1 × 2 （P00396） Cytochrome c oxidase subunit 2 × 2 （P68530） Cytochrome c oxidase subunit 3 × 2 （P00415） Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial × 2 （P00423） Cytochrome c oxidase subunit 5A × 2 （P00426） Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial × 2 （P00428） Cytochrome c oxidase subunit 6B1 × 2 （P00429） Cytochrome c oxidase subunit 6C × 2 （P04038） Cytochrome c oxidase subunit 7A1 × 2 （P07470） Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial × 2 （P13183） Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial × 2 （P00430） Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial × 2 （P10175） HEME-A × 4 COPPER (II) ION × 2 MAGNESIUM ION × 2 SODIUM ION × 2 CARDIOLIPIN × 6 EICOSANE × 26 DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE × 42 1,2-ETHANEDIOL × 29 XENON × 16 (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 4 DINUCLEAR COPPER ION × 2 CHOLIC ACID × 6 UNKNOWN ATOM OR ION × 2 ZINC ION × 2 (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(STEAROYLOXY)METHYL]ETHYL (5E,8E,11E,14E)-ICOSA-5,8,11,14-TETRAENOATE × 2 water × 26	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CX6A2_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–85； UniProt 13–97 作者链 T； PDB构建体 1–85； UniProt 13–97

Cytochrome c oxidase subunit 6B1

物种未注明

UniProt P00429

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 26	Cytochrome c oxidase subunit 1 × 2 （P00396） Cytochrome c oxidase subunit 2 × 2 （P68530） Cytochrome c oxidase subunit 3 × 2 （P00415） Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial × 2 （P00423） Cytochrome c oxidase subunit 5A × 2 （P00426） Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial × 2 （P00428） Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial × 2 （P07471） Cytochrome c oxidase subunit 6C × 2 （P04038） Cytochrome c oxidase subunit 7A1 × 2 （P07470） Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial × 2 （P13183） Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial × 2 （P00430） Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial × 2 （P10175） HEME-A × 4 COPPER (II) ION × 2 MAGNESIUM ION × 2 SODIUM ION × 2 CARDIOLIPIN × 6 EICOSANE × 26 DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE × 42 1,2-ETHANEDIOL × 29 XENON × 16 (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 4 DINUCLEAR COPPER ION × 2 CHOLIC ACID × 6 UNKNOWN ATOM OR ION × 2 ZINC ION × 2 (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(STEAROYLOXY)METHYL]ETHYL (5E,8E,11E,14E)-ICOSA-5,8,11,14-TETRAENOATE × 2 water × 26	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CX6B1_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–85； UniProt 2–86 作者链 U； PDB构建体 1–85； UniProt 2–86

Cytochrome c oxidase subunit 6C

物种未注明

UniProt P04038

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 26	Cytochrome c oxidase subunit 1 × 2 （P00396） Cytochrome c oxidase subunit 2 × 2 （P68530） Cytochrome c oxidase subunit 3 × 2 （P00415） Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial × 2 （P00423） Cytochrome c oxidase subunit 5A × 2 （P00426） Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial × 2 （P00428） Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial × 2 （P07471） Cytochrome c oxidase subunit 6B1 × 2 （P00429） Cytochrome c oxidase subunit 7A1 × 2 （P07470） Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial × 2 （P13183） Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial × 2 （P00430） Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial × 2 （P10175） HEME-A × 4 COPPER (II) ION × 2 MAGNESIUM ION × 2 SODIUM ION × 2 CARDIOLIPIN × 6 EICOSANE × 26 DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE × 42 1,2-ETHANEDIOL × 29 XENON × 16 (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 4 DINUCLEAR COPPER ION × 2 CHOLIC ACID × 6 UNKNOWN ATOM OR ION × 2 ZINC ION × 2 (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(STEAROYLOXY)METHYL]ETHYL (5E,8E,11E,14E)-ICOSA-5,8,11,14-TETRAENOATE × 2 water × 26	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	COX6C_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–73； UniProt 2–74 作者链 V； PDB构建体 1–73； UniProt 2–74

Cytochrome c oxidase subunit 7A1

物种未注明

UniProt P07470

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 26	Cytochrome c oxidase subunit 1 × 2 （P00396） Cytochrome c oxidase subunit 2 × 2 （P68530） Cytochrome c oxidase subunit 3 × 2 （P00415） Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial × 2 （P00423） Cytochrome c oxidase subunit 5A × 2 （P00426） Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial × 2 （P00428） Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial × 2 （P07471） Cytochrome c oxidase subunit 6B1 × 2 （P00429） Cytochrome c oxidase subunit 6C × 2 （P04038） Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial × 2 （P13183） Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial × 2 （P00430） Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial × 2 （P10175） HEME-A × 4 COPPER (II) ION × 2 MAGNESIUM ION × 2 SODIUM ION × 2 CARDIOLIPIN × 6 EICOSANE × 26 DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE × 42 1,2-ETHANEDIOL × 29 XENON × 16 (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 4 DINUCLEAR COPPER ION × 2 CHOLIC ACID × 6 UNKNOWN ATOM OR ION × 2 ZINC ION × 2 (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(STEAROYLOXY)METHYL]ETHYL (5E,8E,11E,14E)-ICOSA-5,8,11,14-TETRAENOATE × 2 water × 26	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CX7A1_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	10
链与序列区间	作者链 J； PDB构建体 1–59； UniProt 22–80 作者链 W； PDB构建体 1–59； UniProt 22–80

Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial

物种未注明

UniProt P13183

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 26	Cytochrome c oxidase subunit 1 × 2 （P00396） Cytochrome c oxidase subunit 2 × 2 （P68530） Cytochrome c oxidase subunit 3 × 2 （P00415） Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial × 2 （P00423） Cytochrome c oxidase subunit 5A × 2 （P00426） Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial × 2 （P00428） Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial × 2 （P07471） Cytochrome c oxidase subunit 6B1 × 2 （P00429） Cytochrome c oxidase subunit 6C × 2 （P04038） Cytochrome c oxidase subunit 7A1 × 2 （P07470） Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial × 2 （P00430） Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial × 2 （P10175） HEME-A × 4 COPPER (II) ION × 2 MAGNESIUM ION × 2 SODIUM ION × 2 CARDIOLIPIN × 6 EICOSANE × 26 DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE × 42 1,2-ETHANEDIOL × 29 XENON × 16 (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 4 DINUCLEAR COPPER ION × 2 CHOLIC ACID × 6 UNKNOWN ATOM OR ION × 2 ZINC ION × 2 (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(STEAROYLOXY)METHYL]ETHYL (5E,8E,11E,14E)-ICOSA-5,8,11,14-TETRAENOATE × 2 water × 26	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	COX7B_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	11
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 1–56； UniProt 25–80 作者链 X； PDB构建体 1–56； UniProt 25–80

Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial

物种未注明

UniProt P00430

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 26	Cytochrome c oxidase subunit 1 × 2 （P00396） Cytochrome c oxidase subunit 2 × 2 （P68530） Cytochrome c oxidase subunit 3 × 2 （P00415） Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial × 2 （P00423） Cytochrome c oxidase subunit 5A × 2 （P00426） Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial × 2 （P00428） Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial × 2 （P07471） Cytochrome c oxidase subunit 6B1 × 2 （P00429） Cytochrome c oxidase subunit 6C × 2 （P04038） Cytochrome c oxidase subunit 7A1 × 2 （P07470） Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial × 2 （P13183） Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial × 2 （P10175） HEME-A × 4 COPPER (II) ION × 2 MAGNESIUM ION × 2 SODIUM ION × 2 CARDIOLIPIN × 6 EICOSANE × 26 DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE × 42 1,2-ETHANEDIOL × 29 XENON × 16 (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 4 DINUCLEAR COPPER ION × 2 CHOLIC ACID × 6 UNKNOWN ATOM OR ION × 2 ZINC ION × 2 (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(STEAROYLOXY)METHYL]ETHYL (5E,8E,11E,14E)-ICOSA-5,8,11,14-TETRAENOATE × 2 water × 26	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	COX7C_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	12
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–47； UniProt 17–63 作者链 Y； PDB构建体 1–47； UniProt 17–63

Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial

物种未注明

UniProt P10175

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 26	Cytochrome c oxidase subunit 1 × 2 （P00396） Cytochrome c oxidase subunit 2 × 2 （P68530） Cytochrome c oxidase subunit 3 × 2 （P00415） Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial × 2 （P00423） Cytochrome c oxidase subunit 5A × 2 （P00426） Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial × 2 （P00428） Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial × 2 （P07471） Cytochrome c oxidase subunit 6B1 × 2 （P00429） Cytochrome c oxidase subunit 6C × 2 （P04038） Cytochrome c oxidase subunit 7A1 × 2 （P07470） Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial × 2 （P13183） Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial × 2 （P00430） HEME-A × 4 COPPER (II) ION × 2 MAGNESIUM ION × 2 SODIUM ION × 2 CARDIOLIPIN × 6 EICOSANE × 26 DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE × 42 1,2-ETHANEDIOL × 29 XENON × 16 (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 4 DINUCLEAR COPPER ION × 2 CHOLIC ACID × 6 UNKNOWN ATOM OR ION × 2 ZINC ION × 2 (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(STEAROYLOXY)METHYL]ETHYL (5E,8E,11E,14E)-ICOSA-5,8,11,14-TETRAENOATE × 2 water × 26	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	COX8B_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	13
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–46； UniProt 25–70 作者链 Z； PDB构建体 1–46； UniProt 25–70

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9kum
沉积日期 deposition_date	2024-12-04
结构标题 title	Bovine Heart Cytochrome c Oxidase in the Xenon-bound Fully Reduced State
关键词 keywords	xenon, fully reduced, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9kum__assembly_1__model_1`	26-meric （26）	排除	—	—
	排除原因：来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (29)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 1
分子量 formula_weight	57093.9 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.9
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,N
原子数 atom_count	33035

MFINRWLFSTNHKDIGTLYLLFGAWAGMVGTALSLLIRAELGQPGTLLGDDQIYNVVVTAHAFVMIFFMVMPIMIGGFGNWLVPLMIGAPDMAFPRMNNMSFWLLPPSFLLLLASSMVEAGAGTGWTVYPPLAGNLAHAGASVDLTIFSLHLAGVSSILGAINFITTIINMKPPAMSQYQTPLFVWSVMITAVLLLLSLPVLAAGITMLLTDRNLNTTFFDPAGGGDPILYQHLFWFFGHPEVYILILPGFGMISHIVTYYSGKKEPFGYMGMVWAMMSIGFLGFIVWAHHMFTVGMDVDTRAYFTSATMIIAIPTGVKVFSWLATLHGGNIKWSPAMMWALGFIFLFTVGGLTGIVLANSSLDIVLHDTYYVVAHFHYVLSMGAVFAIMGGFVHWFPLFSGYTLNDTWAKIHFAIMFVGVNMTFFPQHFLGLSGMPRRYSDYPDAYTMWNTISSMGSFISLTAVMLMVFIIWEAFASKREVLTVDLTTTNLEWLNGCPPPYHTFEEPTYVNLK

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 2
分子量 formula_weight	26068.4 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.9
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,O

MAYPMQLGFQDATSPIMEELLHFHDHTLMIVFLISSLVLYIISLMLTTKLTHTSTMDAQEVETIWTILPAIILILIALPSLRILYMMDEINNPSLTVKTMGHQWYWSYEYTDYEDLSFDSYMIPTSELKPGELRLLEVDNRVVLPMEMTIRMLVSSEDVLHSWAVPSLGLKTDAIPGRLNQTTLMSSRPGLYYGQCSEICGSNHSFMPIVLELVPLKYFEKWSASML

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 3
分子量 formula_weight	29957.6 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.9
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,P

MTHQTHAYHMVNPSPWPLTGALSALLMTSGLTMWFHFNSMTLLMIGLTTNMLTMYQWWRDVIRESTFQGHHTPAVQKGLRYGMILFIISEVLFFTGFFWAFYHSSLAPTPELGGCWPPTGIHPLNPLEVPLLNTSVLLASGVSITWAHHSLMEGDRKHMLQALFITITLGVYFTLLQASEYYEAPFTISDGVYGSTFFVATGFHGLHVIIGSTFLIVCFFRQLKFHFTSNHHFGFEAAAWYWHFVDVVWLFLYVSIYWWGS

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial
分子量 formula_weight	17179.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,Q

AHGSVVKSEDYALPSYVDRRDYPLPDVAHVKNLSASQKALKEKEKASWSSLSIDEKVELYRLKFKESFAEMNRSTNEWKTVVGAAMFFIGFTALLLIWEKHYVYGPIPHTFEEEWVAKQTKRMLDMKVAPIQGFSAKWDYDKNEWKK

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 5A
分子量 formula_weight	12453.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,R

SHGSHETDEEFDARWVTYFNKPDIDAWELRKGMNTLVGYDLVPEPKIIDAALRACRRLNDFASAVRILEVVKDKAGPHKEIYPYVIQELRPTLNELGISTPEELGLDKV

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial
分子量 formula_weight	10684.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,S

ASGGGVPTDEEQATGLEREVMLAARKGQDPYNILAPKATSGTKEDPNLVPSITNKRIVGCICEEDNSTVIWFWLHKGEAQRCPSCGTHYKLVPHQLAH

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial
分子量 formula_weight	9549.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,T

ASAAKGDHGGTGARTWRFLTFGLALPSVALCTLNSWLHSGHRERPAFIPYHHLRIRTKPFSWGDGNHTFFHNPRVNPLPTGYEKP

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 6B1
分子量 formula_weight	10039.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,U

AEDIQAKIKNYQTAPFDSRFPNQNQTRNCWQNYLDFHRCEKAMTAKGGDVSVCEWYRRVYKSLCPISWVSTWDDRRAEGTFPGKI

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 6C
分子量 formula_weight	8495.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,V

STALAKPQMRGLLARRLRFHIVGAFMVSLGFATFYKFAVAEKRKKAYADFYRNYDSMKDFEEMRKAGIFQSAK

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 7A1
分子量 formula_weight	6682.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,W

FENRVAEKQKLFQEDNGLPVHLKGGATDNILYRVTMTLCLGGTLYSLYCLGWASFPHKK

实体 11 Entity 11 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial
分子量 formula_weight	6365.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,X

IHQKRAPDFHDKYGNAVLASGATFCVAVWVYMATQIGIEWNPSPVGRVTPKEWREQ

实体 12 Entity 12 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial
分子量 formula_weight	5449.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,Y

SHYEEGPGKNIPFSVENKWRLLAMMTLFFGSGFAAPFFIVRHQLLKK

实体 13 Entity 13 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial
分子量 formula_weight	4967.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,Z

ITAKPAKTPTSPKEQAIGLSVTFLSFLLPAGWVLYHLDNYKKSSAA

实体 14 Entity 14 non-polymer

描述 description	HEME-A
分子量 formula_weight	852.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 15 Entity 15 non-polymer

描述 description	COPPER (II) ION
分子量 formula_weight	63.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 16 Entity 16 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 17 Entity 17 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 18 Entity 18 non-polymer

描述 description	CARDIOLIPIN
分子量 formula_weight	1464.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 19 Entity 19 non-polymer

描述 description	EICOSANE
分子量 formula_weight	282.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	26

实体 20 Entity 20 non-polymer

描述 description	DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE
分子量 formula_weight	482.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	42

实体 21 Entity 21 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	29

实体 22 Entity 22 non-polymer

描述 description	XENON
分子量 formula_weight	131.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

实体 23 Entity 23 non-polymer

描述 description	(1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE
分子量 formula_weight	749.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 24 Entity 24 non-polymer

描述 description	DINUCLEAR COPPER ION
分子量 formula_weight	127.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 25 Entity 25 non-polymer

描述 description	CHOLIC ACID
分子量 formula_weight	408.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 26 Entity 26 non-polymer

描述 description	UNKNOWN ATOM OR ION
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 27 Entity 27 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 28 Entity 28 non-polymer

描述 description	(1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(STEAROYLOXY)METHYL]ETHYL (5E,8E,11E,14E)-ICOSA-5,8,11,14-TETRAENOATE
分子量 formula_weight	768.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 29 Entity 29 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1999

▶

晶胞边长 a length_a	182.500 Å
晶胞边长 b length_b	204.700 Å
晶胞边长 c length_c	177.800 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	40.000 Å
R 因子 r_factor	0.1336
R_work r_work	0.1317
R_free r_free	0.1687

Bovine Heart Cytochrome c Oxidase in the Xenon-bound Fully Reduced State

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome c oxidase subunit 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome c oxidase subunit 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome c oxidase subunit 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome c oxidase subunit 5A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome c oxidase subunit 6B1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome c oxidase subunit 6C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome c oxidase subunit 7A1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体