SAXSdb — 9kxx

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sodium-dependent neutral amino acid transporter B(0)AT1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合单体蛋白 × 1 其他聚合物 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 8–620	未记录	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.77 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9KXX	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6M17 The 2019-nCoV RBD/ACE2-B0AT1 complex 提交 2020-02-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 2–634（633 aa）链 C 2–634（633 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 LEU LEUCINE × 2 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
6M18 ACE2-B0AT1 complex 提交 2020-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–634（633 aa）链 C 2–634（633 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 3PH 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE × 4 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
6M1D ACE2-B0AT1 complex, open conformation 提交 2020-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–634（633 aa）链 C 2–634（633 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.50 Å
7DWX Conformation 1 of S-ACE2-B0AT1 ternary complex 提交 2021-01-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 2–634（633 aa）链 C 2–634（633 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 64 LEU LEUCINE × 2 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 8.30 Å
7V61 ACE2 -Targeting Monoclonal Antibody as Potent and Broad-Spectrum Coronavirus Blocker 提交 2021-08-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 2–634（633 aa）链 C 2–634（633 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
8I92 ACE2-B0AT1 complex bound with glutamine 提交 2023-02-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 5–609（605 aa）链 D 5–609（605 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 ZN ZINC ION × 2 GLN GLUTAMINE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
8I93 ACE2-B0AT1 complex bound with methionine 提交 2023-02-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 2–633（632 aa）链 D 2–633（632 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 ZN ZINC ION × 2 MET METHIONINE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8WBY Cryo-EM structure of ACE2-B0AT1 complex with JX98 提交 2023-09-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–634（633 aa）链 D 2–634（633 aa）	未记录	WM8 2-(4-chloranyl-3,5-dimethyl-phenoxy)-~{N}-propan-2-yl-ethanamide × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.18 Å
8WBZ Cryo-EM structure of ACE2-B0AT1 complex with JX225 提交 2023-09-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–634（633 aa）链 D 2–634（633 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 XF0 2-(4-bromanyl-3-methyl-phenoxy)-~{N}-propyl-ethanamide × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9KXT Structure of human B0AT1-ACE2 complex with compound1 提交 2024-12-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–634（633 aa）	未记录	A1L6U 3-(3-bromophenyl)-~{N}-ethyl-propanamide × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
9KXU Structure of human B0AT1-ACE2 complex with compound 2 提交 2024-12-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–634（633 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 A1L6V (~{E})-~{N}-[2-(dimethylamino)-2-oxidanylidene-ethyl]-3-[4-(trifluoromethyl)phenyl]prop-2-enamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.87 Å
9KXV Structure of human B0AT1-ACE2 complex with compound3 提交 2024-12-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–634（633 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 A1L6W (~{E})-~{N}-[2-oxidanylidene-2-(3-oxidanylidenepiperazin-1-yl)ethyl]-3-[4-(trifluoromethyl)phenyl]prop-2-enamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.71 Å
9KXW Structure of human B0AT1-ACE2 提交 2024-12-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–634（633 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.66 Å
9KXY Structure of human B0AT1-ACE2 complex with compound1 提交 2024-12-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–634（633 aa）链 C 2–634（633 aa）	未记录	A1L6U 3-(3-bromophenyl)-~{N}-ethyl-propanamide × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.82 Å
9KXZ Structure of human B0AT1-ACE2 complex with compound1 提交 2024-12-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–634（633 aa）链 C 2–634（633 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 A1L6V (~{E})-~{N}-[2-(dimethylamino)-2-oxidanylidene-ethyl]-3-[4-(trifluoromethyl)phenyl]prop-2-enamide × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
9KY0 Structure of human B0AT1-ACE2 complex with compound3 提交 2024-12-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–634（633 aa）链 C 2–634（633 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 A1L6W (~{E})-~{N}-[2-oxidanylidene-2-(3-oxidanylidenepiperazin-1-yl)ethyl]-3-[4-(trifluoromethyl)phenyl]prop-2-enamide × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.68 Å
9KY1 Structure of human B0AT1-ACE2 complex with compound1 提交 2024-12-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–634（633 aa）链 C 2–634（633 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
9LSZ Inward-open Structure of human B0AT1 提交 2025-02-05	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 8–620（613 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.11 Å
9VA1 Structure of the ACE2-B0AT1 bound with tryptophan 提交 2025-06-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 2–634（633 aa）链 D 2–634（633 aa）	未记录	TRP TRYPTOPHAN × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.24 Å
9VA2 Structure of the ACE2-B0AT1 bound with Phenylalanine 提交 2025-06-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 2–634（633 aa）链 D 2–634（633 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 PHE PHENYLALANINE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.87 Å

共 20 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	S6A19_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–614； UniProt 8–620

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9kxx
沉积日期 deposition_date	2024-12-07
结构标题 title	Inward-open Structure of human B0AT1
关键词 keywords	amino acid transporter, SLC6, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.92 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.66 Å
零角强度 I(0) i0	49632000.00
分子量 molecular_weight	60595.0 kDa
排除体积 excluded_volume	78140 Å³
包络体积 envelope_volume	88868 Å³
水化壳体积 shell_volume	30624 Å³
包络直径 envelope_diameter	87.1 Å
壳层 Rg shell_rg	31.58 Å
包络 Rg envelope_rg	24.04 Å
形状 Rg shape_rg	23.65 Å
总 Rg total_rg	24.63 Å
总原子数 total_atoms	4284
残基数 n_residues	536
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	85.6 Å
Rg (实空间) rg_real	24.89 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.86 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.9630e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.7750e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.90 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	49630000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7713
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	28.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.384
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.143
角度范围 angular_range	— – 0.3200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9342000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.689; Stabil: 0.991; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Sodium-dependent neutral amino acid transporter B(0)AT1
分子量 formula_weight	68874.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4284

MNPGLDARIPSLAELETIEQEEASSRPKWDNKAQYMLTCLGFCVGLGNVWRFPYLCQSHGGGAFMIPFLILLVLLGIPLLYLEFAIGQRLRRGSLGVWSSIHPALKGIGLASMLTSFMVGLYYNTIISWIMWYLFNSFQEPLPWSDCPLNENQTGYVDECARSSPVDYFWYRETLNISTSISDSGSIQWWMLLCLACAWSVLYMCTIRGIETTGKAVYITSTLPYVVLTIFLIRGLTLKGATNGIVFLFTPNVTELAQPDTWLDAGAQVFFSFSLAFGGLISFASYNSVHNNCEKDSVIVSIINGFTSVYVAIVVYSVIGFRATQRYDDCFSTNILTLINGFDLPEGNVTQENFVDMQQRCNASDPAAYAQLVFQTCDINAFLSEAVEGTGLAFIVFTEAITKMPLSPLWSVLFFIMLFCLGLSSMFGNMEGVVVPLQDLRVIPPKWPKEVLTGLICLGTFLIGLIFTLNSGQYWLSLLDSYAGSIPLLIIAFAEMFSVVWVYGVDRFNKDIEFMIGHKPNIFWQVTWRVVSPLLLLIIFLFFFVVEVSQELTYSIWDPGYEEFPKSQKISYPNWVYVVVVIVAGVPSLTIPGYAIYKLIRNHAQKPGDHQGLV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.770 Å
最低分辨率 resolution_low	2.770 Å
R 因子 r_factor	0.4202
R_work r_work	0.4202
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.77 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	125620

fit	/app/data/saxs_computation/kx/9kxx/9kxx.fit
pddf	/app/data/pr_computation/kx/9kxx/9kxx.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/kx/9kxx/9kxx.dat

Inward-open Structure of human B0AT1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sodium-dependent neutral amino acid transporter B(0)AT1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)