9kz4

Dihydrofolate reductase binding to NADPH and trimethoprim-tetramethylrhodamine

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 71.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dihydrofolate reductase

Escherichia coli K-12

UniProt P0ABQ4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 2–159 未记录 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 A1EHX [9-[5-[2-[4-[[2,4-bis(azanyl)pyrimidin-5-yl]methyl]-2,6-dimethoxy-phenoxy]ethylcarbamoyl]-2-carboxy-phenyl]-6-(dimethylamino)xanthen-3-ylidene]-dimethyl-azanium × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:EVAPORATION;300 K;PEG 3350, Bis-Tris, magnesium dichloride 分辨率 1.71 Å R-free 0.196
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–159 未记录 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 A1EHX [9-[5-[2-[4-[[2,4-bis(azanyl)pyrimidin-5-yl]methyl]-2,6-dimethoxy-phenoxy]ethylcarbamoyl]-2-carboxy-phenyl]-6-(dimethylamino)xanthen-3-ylidene]-dimethyl-azanium × 1 MG MAGNESIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:EVAPORATION;300 K;PEG 3350, Bis-Tris, magnesium dichloride 分辨率 1.71 Å R-free 0.196

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 141 个其他 PDB 条目、155 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DYR_ECOLI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–159; UniProt 2–159 作者链 B; PDB构建体 2–159; UniProt 2–159

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9kz4

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9kz4
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9kz4
沉积日期 deposition_date2024-12-09
最后修订 last_revision2025-01-22
结构标题 titleDihydrofolate reductase binding to NADPH and trimethoprim-tetramethylrhodamine
关键词 keywordsenzyme, self-labeling tag, TMP-tag, fluorescence imaging, BIOSYNTHETIC PROTEIN; BIOSYNTHETIC PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier23.13
回转半径 Rg (电子) rg_electron22.71
零角强度 I(0) i047778700.00
分子量 molecular_weight35856.0 kDa
排除体积 excluded_volume34556 ų
包络体积 envelope_volume56659 ų
水化壳体积 shell_volume21008 ų
包络直径 envelope_diameter73.5
壳层 Rg shell_rg28.86
包络 Rg envelope_rg22.66
形状 Rg shape_rg22.74
总 Rg total_rg23.20
总原子数 total_atoms2703
残基数 n_residues318
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax71.0
Rg (实空间) rg_real23.11
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.48
I(0) (实空间) i0_real4.7780e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.6340e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal23.12
I(0) (倒空间) i0_reciprocal47780000.0000
解质量估计 total_estimate0.8326
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.1
偏度 Skewness skewness0.262
峰度 Kurtosis kurtosis-0.650
角度范围 angular_range— – 0.3450 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7844000.0000
实空间数据点数 n_real_points66
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.948; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)