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9l4k

Structure of human NLRP2-TLE6-OOEP complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 188.2 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 2

Homo sapiens

UniProt Q9NX02

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–1062 未记录 Transducin-like enhancer protein 6 × 1 （Q9H808） Oocyte-expressed protein homolog × 1 （A6NGQ2） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.41 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9L4K Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
9C6V Crystal Structure of a single chain trimer composed of HLA-B*39:06 Y84C variant, beta-2microglobulin, and NRVMLPKAA peptide from NLRP2 (1 molecule/asymmetric unit) 提交 2024-06-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 323–331（9 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG 3350, 0.2 M Potassium sulfate
分辨率 1.70 Å R-free 0.219
9C6W Crystal Structure of a single chain trimer composed of HLA-B*39:06 Y84C variant, beta-2microglobulin, and NRVMLPKAA peptide from NLRP2 (2 molecules/asymmetric unit) 提交 2024-06-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 323–331（9 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 7 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；2M Ammonuim sulfate,0.2 M Lithium sulfate, 0.1 M HEPES
分辨率 1.70 Å R-free 0.215
9C6W Crystal Structure of a single chain trimer composed of HLA-B*39:06 Y84C variant, beta-2microglobulin, and NRVMLPKAA peptide from NLRP2 (2 molecules/asymmetric unit) 提交 2024-06-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 323–331（9 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 CL CHLORIDE ION × 2 P3G 3,6,9,12,15-PENTAOXAHEPTADECANE × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；2M Ammonuim sulfate,0.2 M Lithium sulfate, 0.1 M HEPES
分辨率 1.70 Å R-free 0.215
9C6X Crystal Structure of a single chain trimer composed of HLA-B*39:01 Y84C variant, beta-2microglobulin, and NRVMLPKAA peptide from NLRP2 提交 2024-06-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 323–331（9 aa）
未记录 P4G 1-ETHOXY-2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；25% PEG 3350 and 0.1 M Tris
分辨率 1.70 Å R-free 0.232
9L4L Structure of human SCMCcore complex contain NLRP2 提交 2024-12-20 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1062（1062 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；25mM Tris pH 8.0, 150mM NaCl,5 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Vitrification carried out in argon atmosphere
分辨率 3.40 Å

共 4 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NALP2_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–1062； UniProt 1–1062

Transducin-like enhancer protein 6

Homo sapiens

UniProt Q9H808

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–572 未记录 NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 2 × 1 （Q9NX02） Oocyte-expressed protein homolog × 1 （A6NGQ2） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.41 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9L4K Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
8X7V Structure of human SCMC ternary complex 提交 2023-11-26 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 146–572（427 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.01 Å
8X7W Structure of dimeric human SCMC complex 提交 2023-11-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 146–572（427 aa）
链 F 146–572（427 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.36 Å
9L4L Structure of human SCMCcore complex contain NLRP2 提交 2024-12-20 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–572（572 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；25mM Tris pH 8.0, 150mM NaCl,5 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Vitrification carried out in argon atmosphere
分辨率 3.40 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TLE6_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–572； UniProt 1–572

Oocyte-expressed protein homolog

Homo sapiens

UniProt A6NGQ2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 1–149 未记录 NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 2 × 1 （Q9NX02） Transducin-like enhancer protein 6 × 1 （Q9H808） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.41 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9L4K Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
8X7V Structure of human SCMC ternary complex 提交 2023-11-26 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–149（149 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.01 Å
8X7W Structure of dimeric human SCMC complex 提交 2023-11-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 1–149（149 aa）
链 E 1–149（149 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.36 Å
9L4L Structure of human SCMCcore complex contain NLRP2 提交 2024-12-20 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–149（149 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；25mM Tris pH 8.0, 150mM NaCl,5 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Vitrification carried out in argon atmosphere
分辨率 3.40 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 OOEP_HUMAN
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–149； UniProt 1–149

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9l4k

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9l4k
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9l4k
沉积日期 deposition_date2024-12-20
结构标题 titleStructure of human NLRP2-TLE6-OOEP complex
关键词 keywordscomplex, CYTOSOLIC PROTEIN; CYTOSOLIC PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier51.49 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron52.49 Å
零角强度 I(0) i0284845000.00
分子量 molecular_weight140140.0 kDa
排除体积 excluded_volume175810 ų
包络体积 envelope_volume272090 ų
水化壳体积 shell_volume47318 ų
包络直径 envelope_diameter198.5 Å
壳层 Rg shell_rg48.69 Å
包络 Rg envelope_rg52.32 Å
形状 Rg shape_rg52.57 Å
总 Rg total_rg52.04 Å
总原子数 total_atoms9832
残基数 n_residues1256
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax188.2 Å
Rg (实空间) rg_real52.12 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error3.01 Å
I(0) (实空间) i0_real2.8480e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.1110e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal50.95 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal284400000.0000
解质量估计 total_estimate0.7076
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary36.4 Å
偏度 Skewness skewness0.605
峰度 Kurtosis kurtosis-0.290
角度范围 angular_range— – 0.1550 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha18620000.0000
实空间数据点数 n_real_points32
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.490; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.257; Smooth: 0.468
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)