9ln8

Structure of NAP1 in complex with H2A.Z-H2B

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 91.3 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ln8
沉积日期 deposition_date	2025-01-21
结构标题 title	Structure of NAP1 in complex with H2A.Z-H2B
关键词 keywords	NAP1, H2A-H2B, H3-H4, histone chaperone, nucleosome, H2A.Z, CHAPERONE; CHAPERONE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.90 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.94 Å
零角强度 I(0) i0	100890000.00
分子量 molecular_weight	80556.0 kDa
排除体积 excluded_volume	101480 Å³
包络体积 envelope_volume	132930 Å³
水化壳体积 shell_volume	37907 Å³
包络直径 envelope_diameter	96.4 Å
壳层 Rg shell_rg	36.73 Å
包络 Rg envelope_rg	28.41 Å
形状 Rg shape_rg	28.90 Å
总 Rg total_rg	29.84 Å
总原子数 total_atoms	5691
残基数 n_residues	716
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	91.3 Å
Rg (实空间) rg_real	29.74 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.49 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0090e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3410e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.81 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	100900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9064
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	89.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.109
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.516
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	20340000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.949; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.942

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	Nucleosome assembly protein 1-like 1
分子量 formula_weight	34989.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5691

MGSSHHHHHHSSGENLYFQHMGLLSTNFDMIQALPLNVKQRVCALKNLQMKTIQIESDFYKRVHELEIEFEGKFKSTFDQRKAIVAGEVEPTKEQIDTPILEGLEGDQLAELYKAAEADPSAKGIKDFWLTALRTHDLVAEAIEEHDVPILSYLTDVTTAASKDPAGFKIEFHFATNPYFKNQVLTKTYLLGFDPDAEAPLQFDGPHVIRAVGDTIEWEDGKNVTKKAVKKKQKKGANAGKFLTKTVKADSFFNFFEPPKSKDERNEDEDDEQAEEFLELDYEMGQAIRDTIIPRAVLFYTGELQSDD

来源 Source

来源生物 organism	Caenorhabditis elegans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6239
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	H2A.Z-H2B
分子量 formula_weight	22481.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

HMRKESYSVYIYRVLKQVHPDTGVSSKAMSIMNSFVNDVFERIAAEASRLAHYNKRSTISSREIQTAVRLILPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSSKSKVVSRSARAGLQFPVGRIHRFLKQRTTSSGRVGATAAVYSAAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLHLAIRGDEELDTLIKATIAGGGVIPHIHRYLMNKK

来源 Source

来源生物 organism	Caenorhabditis elegans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6239
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	66.852 Å
晶胞边长 b length_b	79.257 Å
晶胞边长 c length_c	175.112 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	49.060 Å
R 因子 r_factor	0.2130
R_work r_work	0.2106
R_free r_free	0.2581

fit	/app/data/saxs_computation/ln/9ln8/9ln8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ln/9ln8/9ln8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ln/9ln8/9ln8.dat

Structure of NAP1 in complex with H2A.Z-H2B

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)