8xaa

Structure of NAP1 in complex with H2A-H2B

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 169.6 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8xaa
沉积日期 deposition_date	2023-12-03
结构标题 title	Structure of NAP1 in complex with H2A-H2B
关键词 keywords	NAP1, H2A-H2B, H3-H4, histone chaperone, nucleosome, CHAPERONE; CHAPERONE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	48.65 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	48.42 Å
零角强度 I(0) i0	1043040000.00
分子量 molecular_weight	273500.0 kDa
排除体积 excluded_volume	344580 Å³
包络体积 envelope_volume	509900 Å³
水化壳体积 shell_volume	88752 Å³
包络直径 envelope_diameter	178.4 Å
壳层 Rg shell_rg	52.06 Å
包络 Rg envelope_rg	46.95 Å
形状 Rg shape_rg	48.42 Å
总 Rg total_rg	48.59 Å
总原子数 total_atoms	19338
残基数 n_residues	2448
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	169.6 Å
Rg (实空间) rg_real	48.60 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.55 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0430e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0720e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	48.65 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1043000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6211
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	58.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.385
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.008
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	99670000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.739; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.001; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.852

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Nucleosome Assembly Protein
分子量 formula_weight	34989.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,E,F,C,D,G,H
原子数 atom_count	19338

MGSSHHHHHHSSGENLYFQHMGLLSTNFDMIQALPLNVKQRVCALKNLQMKTIQIESDFYKRVHELEIEFEGKFKSTFDQRKAIVAGEVEPTKEQIDTPILEGLEGDQLAELYKAAEADPSAKGIKDFWLTALRTHDLVAEAIEEHDVPILSYLTDVTTAASKDPAGFKIEFHFATNPYFKNQVLTKTYLLGFDPDAEAPLQFDGPHVIRAVGDTIEWEDGKNVTKKAVKKKQKKGANAGKFLTKTVKADSFFNFFEPPKSKDERNEDEDDEQAEEFLELDYEMGQAIRDTIIPRAVLFYTGELQSDD

来源 Source

来源生物 organism	Caenorhabditis elegans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6239
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Histone H2A
分子量 formula_weight	10133.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,K

AKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQG

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Histone H2B 1.1
分子量 formula_weight	11165.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,L

KKRRKSRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	79.489 Å
晶胞边长 b length_b	92.926 Å
晶胞边长 c length_c	119.354 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	104.10 °
晶胞夹角 β angle_beta	106.24 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	94.18 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.350 Å
最低分辨率 resolution_low	45.930 Å
R 因子 r_factor	0.2066
R_work r_work	0.2037
R_free r_free	0.2613

fit	/app/data/saxs_computation/xa/8xaa/8xaa.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xa/8xaa/8xaa.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xa/8xaa/8xaa.dat

Structure of NAP1 in complex with H2A-H2B

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)