SAXSdb — 9lov

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9lov
沉积日期 deposition_date	2025-01-23
结构标题 title	LGP2:MDA5:dsRNA filament
关键词 keywords	Innate immune system, RNA receptor, Cryo-EM, Filament, IMMUNE SYSTEM, IMMUNE SYSTEM-RNA complex; IMMUNE SYSTEM/RNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	44.74 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	45.03 Å
零角强度 I(0) i0	1149940000.00
分子量 molecular_weight	258440.0 kDa
排除体积 excluded_volume	314660 Å³
包络体积 envelope_volume	438470 Å³
水化壳体积 shell_volume	80912 Å³
包络直径 envelope_diameter	155.7 Å
壳层 Rg shell_rg	49.64 Å
包络 Rg envelope_rg	44.35 Å
形状 Rg shape_rg	45.05 Å
总 Rg total_rg	45.16 Å
总原子数 total_atoms	17978
残基数 n_residues	2080
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	151.7 Å
Rg (实空间) rg_real	44.87 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.37 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1500e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1140e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	44.75 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1150000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8618
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	47.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.440
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.394
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	299400000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.782; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.970; Smooth: 0.882

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	RNA (45-MER)
分子量 formula_weight	14278.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	Y
原子数 atom_count	17978

UCUCAGUCAGUCAGUCUCAGUCAGUCAGUCUCAGUCAGUCAGUCU

Entity 2 polymer

描述 description	RNA (45-MER)
分子量 formula_weight	14553.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	X

AGACUGACUGACUGAGACUGACUGACUGAGACUGACUGACUGAGA

Entity 3 polymer

描述 description	ATP-dependent RNA helicase DHX58
分子量 formula_weight	76742.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.13
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MELRSYQWEVIMPALEGKNIIIWLPTGAGKTRAAAYVAKRHLETVDGAKVVVLVNRVHLVTQHGEEFRRMLDGRWTVTTLSGDMGPRAGFGHLARCHDLLICTAELLQMALTSPEEEEHVELTVFSLIVVDECHHTHKDTVYNVIMSQYLELKLQRAQPLPQVLGLTASPGTGGASKLDGAINHVLQLCANLDTWCIMSPQNCCPQLQEHSQQPCKQYNLCHRRSQDPFGDLLKKLMDQIHDHLEMPELSRKFGTQMYEQQVVKLSEAAALAGLQEQRVYALHLRRYNDALLIHDTVRAVDALAALQDFYHREHVTKTQILCAERRLLALFDDRKNELAHLATHGPENPKLEMLEKILQRQFSSSNSPRGIIFTRTRQSAHSLLLWLQQQQGLQTVDIRAQLLIGAGNSSQSTHMTQRDQQEVIRKFQDGTLNLLVATSVAEEGLDIPHCNVVVRYGLLTNEISMVQARGRARADQSVYAFVATEGSRELKRELINEALETLMEQAVAAVQKMDQAEYQAKIRDLQQAALTKRAAQAAQRENQRQQFPVEHVQLLCINCMVAVGHGSDLRKVEGTHHVNVNPNFSNYYNVSRDPVVINKVFKDWKPGGVISCRNCGEVWGLQMIYKSVKLPVLKVRSMLLETPQGRIQAKKWSRVPFSVPDFDFLQHCAENLSDLSLD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 4 polymer

描述 description	Interferon-induced helicase C domain-containing protein 1
分子量 formula_weight	84986.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.13
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C

MGSDSDEENVAARASPEPELQLRPYQMEVAQPALEGKNIIICLPTGSGKTRVAVYIAKDHLDKKKKASEPGKVIVLVNKVLLVEQLFRKEFQPFLKKWYRVIGLSGDTQLKISFPEVVKSCDIIISTAQILENSLLNLENGEDAGVQLSDFSLIIIDECHHTNKEAVYNNIMRHYLMQKLKNNRLKKENKPVIPLPQILGLTASPGVGRATKQAKAEEHILKLCANLDAFTIKTVKENLDQLKNQIQEPCKKFAIADATREDPFKEKLLEIMTRIQTYCQMSPMSDFGTQPYEQWAIQMEKKAAKEGNRKERVCAEHLRKYNEALQINDTIRMIDAYTHLETFYNEEKDKKFAVIEDDSDEGGDDEYCDGDEDEDDLKKPLKLDETDRFLMTLFFENNKMLKRLAENPEYENEKLTKLRNTIMEQYTRTEESARGIIFTKTRQSAYALSQWITENEKFAEVGVKAHHLIGAGHSSEFKPMTQNEQKEVISKFRTGKINLLIATTVAEEGLDIKECNIVIRYGLVTNEIAMVQARGRARADESTYVLVAHSGSGVIERETVNDFREKMMYKAIHCVQNMKPEEYAHKILELQMQSIMEKKMKTKRNIAKHYKNNPSLITFLCKNCSVLACSGEDIHVIEKMHHVNMTPEFKELYIVRENKTLQKKCADYQINGEIICKCGQAWGTMMVHKGLDLPCLKIRNFVVVFKNNSTKKQYKKWVELPITFPNLDYSECCLFSDED

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 6 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 7 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.070 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.07 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	117189

fit	/app/data/saxs_computation/lo/9lov/9lov.fit
pddf	/app/data/pr_computation/lo/9lov/9lov.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/lo/9lov/9lov.dat

LGP2:MDA5:dsRNA filament

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)