9lra

Killer immunoglobulin receptor KIR2DL2 in complex with Pan2D Fab

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 114.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9lra
沉积日期 deposition_date	2025-01-30
最后修订 last_revision	2025-10-15
结构标题 title	Killer immunoglobulin receptor KIR2DL2 in complex with Pan2D Fab
关键词 keywords	KIR, NATURAL KILLER RECEPTOR, INHIBITORY RECEPTOR, 2DL2, IMMUNOGLOBULIN, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.02 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.95 Å
零角强度 I(0) i0	77019600.00
分子量 molecular_weight	68038.0 kDa
排除体积 excluded_volume	84432 Å³
包络体积 envelope_volume	111570 Å³
水化壳体积 shell_volume	31356 Å³
包络直径 envelope_diameter	120.5 Å
壳层 Rg shell_rg	36.34 Å
包络 Rg envelope_rg	31.93 Å
形状 Rg shape_rg	31.96 Å
总 Rg total_rg	32.30 Å
总原子数 total_atoms	4788
残基数 n_residues	630
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	114.4 Å
Rg (实空间) rg_real	32.28 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.70 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.7020e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4890e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.17 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	77010000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8496
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	35.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.488
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.284
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7129000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.761; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.780; Smooth: 0.980

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Killer cell immunoglobulin-like receptor 2DL2
分子量 formula_weight	23234.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K
原子数 atom_count	5014

HEGVHRKPSLLAHPGRLVKSEETVILQCWSDVRFEHFLLHREGKFKDTLHLIGEHHDGVSKANFSIGPMMQDLAGTYRCYGSVTHSPYQLSAPSDPLDIVITGLYEKPSLSAQPGPTVLAGESVTLSCSSRSSYDMYHLSREGEAHECRFSAGPKVNGTFQADFPLGPATHGGTYRCFGSFRDSPYEWSNSSDPLLVSVIGNPSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Pan2D FAB FRAGMENT LIGHT CHAIN
分子量 formula_weight	23320.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

QIVLTQSPASMSASLGERVTMTCTASSSVSSSYLYWYQQKPGSSPKLWIYSTSNLASGVPARFSGSGSGTSYSLTISSMEAEDAATYYCHQYHRSPPTFGGGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	Pan2D FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN
分子量 formula_weight	24384.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

EVQLQQSGTVLARPGASVKMSCKASGYTFTSYWMHWMKQRPGQGLEWIGTIYPGNSDTNYNQKFKGKAKLTAVTSTNTAYMELSSLTNEDSAVYYCSRPTTATRSSAMDYWGQGTSVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	208

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	79.253 Å
晶胞边长 b length_b	81.515 Å
晶胞边长 c length_c	123.400 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	49.200 Å
R 因子 r_factor	0.2215
R_work r_work	0.2200
R_free r_free	0.2516

fit	/app/data/saxs_computation/lr/9lra/9lra.fit
pddf	/app/data/pr_computation/lr/9lra/9lra.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/lr/9lra/9lra.dat

Killer immunoglobulin receptor KIR2DL2 in complex with Pan2D Fab

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)