9lzj

The PSI3-IsiA43 complex with a closed double ring of IsiA proteins bound to a trimeric PSI core

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 342.0 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9lzj
沉积日期 deposition_date	2025-02-21
结构标题 title	The PSI3-IsiA43 complex with a closed double ring of IsiA proteins bound to a trimeric PSI core
关键词 keywords	Photosystem-antenna Complex, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	— Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	129.80 Å
零角强度 I(0) i0	85366700000.00
分子量 molecular_weight	3282500.0 kDa
排除体积 excluded_volume	4384800 Å³
包络体积 envelope_volume	6141700 Å³
水化壳体积 shell_volume	381930 Å³
包络直径 envelope_diameter	384.1 Å
壳层 Rg shell_rg	109.20 Å
包络 Rg envelope_rg	129.80 Å
形状 Rg shape_rg	129.90 Å
总 Rg total_rg	129.10 Å
总原子数 total_atoms	235011
残基数 n_residues	21457
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	342.0 Å
Rg (实空间) rg_real	125.90 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.15 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.2030e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8210e+09
Rg (倒空间) rg_reciprocal	122.80 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	82650000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9141
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	142.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.180
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.756
角度范围 angular_range	— – 0.0600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.9208
最高正则化参数 α highest_alpha	2785000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	13
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.993; Stabil: 0.968; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (22)

Entity 1 polymer

描述 description	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
分子量 formula_weight	83267.8 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	aA,bA,cA
原子数 atom_count	235011

MTISPPEREPKVRVVVDNDPVPTSFEKWAKPGHFDRTLARGPQTTTWIWNLHALAHDFDTHTSDLEDISRKIFSAHFGHLAVVFIWLSGMYFHGAKFSNYEAWLADPTGIKPSAQVVWPIVGQGILNGDVGGGFHGIQITSGLFQLWRASGITNEFQLYCTAIGGLVMAGLMLFAGWFHYHKRAPKLEWFQNVESMLNHHLAGLLGLGSLAWAGHQIHVSLPINKLLDAGVAAKDIPLPHEFILNPSLMAELYPKVDWGFFSGVIPFFTFNWAAYSDFLTFNGGLNPVTGGLWLSDTAHHHLAIAVLFIIAGHMYRTNWGIGHSLKEILEAHKGPFTGAGHKGLYEVLTTSWHAQLAINLAMMGSLSIIVAQHMYAMPPYPYLATDYPTQLSLFTHHMWIGGFLVVGGAAHGAIFMVRDYDPAMNQNNVLDRVLRHRDAIISHLNWVCIFLGFHSFGLYVHNDTMRAFGRPQDMFSDTGIQLQPVFAQWVQNLHTLAPGGTAPNAAATASVAFGGDVVAVGGKVAMMPIVLGTADFMVHHIHAFTIHVTVLILLKGVLFARSSRLIPDKANLGFRFPCDGPGRGGTCQVSGWDHVFLGLFWMYNCISVVIFHFSWKMQSDVWGTVAPDGTVSHITGGNFAQSAITINGWLRDFLWAQASQVIGSYGSALSAYGLLFLGAHFIWAFSLMFLFSGRGYWQELIESIVWAHNKLKVAPAIQPRALSIIQGRAVGVAHYLLGGIATTWAFFLARIISVG

Entity 2 polymer

描述 description	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
分子量 formula_weight	83123.6 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	aB,bB,cB

MATKFPKFSQDLAQDPTTRRIWYAIAMAHDFESHDGMTEENLYQKIFASHFGHLAIIFLWVSGSLFHVAWQGNFEQWVQDPVNTRPIAHAIWDPQFGKAAVDAFTQAGASNPVDIAYSGVYHWWYTIGMRTNGDLYQGAIFLLILASLALFAGWLHLQPKFRPSLSWFKNAESRLNHHLAGLFGVSSLAWAGHLIHVAIPESRGQHVGWDNFLSTMPHPAGLAPFFTGNWGVYAQNPDTASHVFGTAQGAGTAILTFLGGFHPQTESLWLTDMAHHHLAIAVLFIVAGHMYRTQFGIGHSIKEMMDAKDFFGTKVEGPFNMPHQGIYETYNNSLHFQLGWHLACLGVITSLVAQHMYSLPPYAFIAQDHTTMAALYTHHQYIAGFLMVGAFAHGAIFLVRDYDPAQNKGNVLDRVLQHKEAIISHLSWVSLFLGFHTLGLYVHNDVVVAFGTPEKQILIEPVFAQFIQAAHGKLLYGFDTLLSNPDSIASTAWPNYGNVWLPGWLDAINSGTNSLFLTIGPGDFLVHHAIALGLHTTTLILVKGALDARGSKLMPDKKDFGYAFPCDGPGRGGTCDISAWDAFYLAMFWMLNTIGWVTFYWHWKHLGVWEGNVAQFNESSTYLMGWLRDYLWLNSSQLINGYNPFGTNNLSVWAWMFLFGHLVWATGFMFLISWRGYWQELIETLVWAHERTPLANLVRWKDKPVALSIVQARLVGLAHFSVGYILTYAAFLIASTAAKFG

Entity 3 polymer

描述 description	Photosystem I iron-sulfur center
分子量 formula_weight	8809.2 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	aC,bC,cC

MAHTVKIYDTCIGCTQCVRACPTDVLEMVPWDGCKAGQIASSPRTEDCVGCKRCETACPTDFLSIRVYLGAETTRSMGLAY

Entity 4 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit II
分子量 formula_weight	15389.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	aD,bD,cD

MTTLTGQPPLYGGSTGGLLSAADTEEKYAITWTSPKEQVFEMPTAGAAVMREGENLVYFARKEQCLALAAQQLRPRKINDYKIYRIFPDGETVLIHPKDGVFPEKVNKGREAVNSVPRSIGQNPNPSQLKFTGKKPYDP

Entity 5 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit IV
分子量 formula_weight	8399.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	aE,bE,cE

MVQRGSKVKILRPESYWYNEVGTVASVDQTPGVKYPVIVRFDKVNYTGYSGSASGVNTNNFALHEVQEVAPPKKGK

Entity 6 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit III
分子量 formula_weight	17716.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	aF,bF,cF

MRRFLALLLVLTLWLGFTPLASADVAGLVPCKDSPAFQKRAAAAVNTTADPASGQKRFERYSQALCGEDGLPHLVVDGRLSRAGDFLIPSVLFLYIAGWIGWVGRAYLIAVRNSGEANEKEIIIDVPLAIKCMLTGFAWPLAALKELASGELTAKDNEITVSPR

Entity 7 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit VIII
分子量 formula_weight	4297.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	aI,bI,cI

MMGSYAASFLPWIFIPVVCWLMPTVVMGLLFLYIEGEA

Entity 8 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit IX
分子量 formula_weight	4770.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	aJ,bJ,cJ

MKHFLTYLSTAPVLAAIWMTITAGILIEFNRFYPDLLFHPL

Entity 9 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit PsaK
分子量 formula_weight	8484.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	aK,bK,cK

MVLATLPDTTWTPSVGLVVILCNLFAIALGRYAIQSRGKGPGLPIALPALFEGFGLPELLATTSFGHLLAAGVVSGLQYAGAL

Entity 10 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit XI
分子量 formula_weight	16261.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	aL,bL,cL

MAEELVKPYNGDPFVGHLSTPISDSGLVKTFIGNLPAYRQGLSPILRGLEVGMAHGYFLIGPWVKLGPLRDSDVANLGGLISGIALILVATACLAAYGLVSFQKGGSSSDPLKTSEGWSQFTAGFFVGAMGSAFVAFFLLENFSVVDGIMTGLFN

Entity 11 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit XII
分子量 formula_weight	3426.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	aM,bM,cM

MALTDTQVYVALVIALLPAVLAFRLSTELYK

Entity 12 polymer

描述 description	Photosystem I 4.8K protein
分子量 formula_weight	4424.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	aX,bX,cX

MSTMATKSAKPTYAFRTFWAVLLLAINFLVAAYYFGILK

Entity 13 polymer

描述 description	Iron stress-induced chlorophyll-binding protein
分子量 formula_weight	39284.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	43

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a1,a2,a3,a4,a5,a6,b1,b2,b3,b4,b5,b6,c1,c2,c3,c4,c5,c6,S,T,U,V,W,X,Y,Z,a,b,c,d,e,f,g,h,i,j,k,l,m,n,o,p,q

MAIASESPTTVTSAGLQTYGQTNVKYDWWAGNARFVNLSGLFIAAHVAQAALSVFWAGAFTLYEISQYKPDLPMGEQGLILLPHLATLGFGIGEGGKVVDLYPYFVIGAVHLISSAVLGAGALFHTFRAPHDLSTATGRARRFHFRWDDPKQLGIILGHHLLFLGFGALLLVLKATIWGGLYDANLQTVRLITQPTLDPFVIYGYQTHFASINSLEDLVGGHIYIAILLIAGGIWHILVPPLTWARKLLMFNAEAILSYSLGGIALAGFVAAYFCAVNTLAYPVEFYGPPLEVKLGIAPYFADTIELPLGQHTSRAWLANAHFFLAFFFLQGHLWHALRAMGFNFKQLETFLNPAIEN

Entity 14 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1016

Entity 15 non-polymer

描述 description	PHYLLOQUINONE
分子量 formula_weight	450.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 16 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

Entity 17 non-polymer

描述 description	BETA-CAROTENE
分子量 formula_weight	536.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	238

Entity 18 non-polymer

描述 description	1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
分子量 formula_weight	723.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	18

Entity 19 non-polymer

描述 description	DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE
分子量 formula_weight	510.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 20 non-polymer

描述 description	1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
分子量 formula_weight	795.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	40

Entity 21 non-polymer

描述 description	1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
分子量 formula_weight	787.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 22 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.40 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	95950

fit	/app/data/saxs_computation/lz/9lzj/9lzj.fit
pddf	/app/data/pr_computation/lz/9lzj/9lzj.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/lz/9lzj/9lzj.dat

The PSI3-IsiA43 complex with a closed double ring of IsiA proteins bound to a trimeric PSI core

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (22)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

Entity 11 polymer

聚合体 Polymer

Entity 12 polymer

聚合体 Polymer

Entity 13 polymer

聚合体 Polymer

Entity 14 non-polymer

Entity 15 non-polymer

Entity 16 non-polymer

Entity 17 non-polymer

Entity 18 non-polymer

Entity 19 non-polymer

Entity 20 non-polymer

Entity 21 non-polymer

Entity 22 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)