SAXSdb — 9m3j

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9m3j
沉积日期 deposition_date	2025-03-02
结构标题 title	structure of bundle-shaped PBS with both long rod and (ApcA2B3ApcD) trimer
关键词 keywords	phycobilisome, light-harvesting complex, photosynthesis; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	87.42 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	87.09 Å
零角强度 I(0) i0	51821600000.00
分子量 molecular_weight	1994900.0 kDa
排除体积 excluded_volume	2517100 Å³
包络体积 envelope_volume	3593700 Å³
水化壳体积 shell_volume	328350 Å³
包络直径 envelope_diameter	284.4 Å
壳层 Rg shell_rg	94.51 Å
包络 Rg envelope_rg	84.66 Å
形状 Rg shape_rg	87.08 Å
总 Rg total_rg	87.16 Å
总原子数 total_atoms	140502
残基数 n_residues	17800
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	229.9 Å
Rg (实空间) rg_real	84.80 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.43 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.9490e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.9050e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	88.17 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	51940000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9076
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	102.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.176
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.525
角度范围 angular_range	— – 0.0900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	1.0850
最高正则化参数 α highest_alpha	5298000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	19
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.997; Stabil: 0.952; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.957; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Allophycocyanin alpha subunit
分子量 formula_weight	17539.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	44

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A1,C1,E1,H1,A2,C2,E2,G2,I2,K2,M2,O2,Q2,S2,U2,W2,Y2,a2,c2,e2,g2,i2,k2,m2,o2,q2,s2,u2,A3,C3,E3,G3,I3,K3,M3,O3,Q3,S3,U3,W3,Y3,a3,c3,e3
原子数 atom_count	140502

MSVLTKAIVNADAEARYLSPGELDRIKSFVASGERRLRIAQTLTEARERIVKQAGDQLFQIRPDVVSPGGNAYGEKMTALCLRDLDYYLRLVTYGIVAGDVTPIEEIGIIGVKEMYNSLQTPIPAVAEGVRAMKNVATSLLSGDDAAEAGFYFDYLVGAMQ

Entity 2 polymer

描述 description	Allophycocyanin beta subunit
分子量 formula_weight	17241.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	48

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	;B1,D1,F1,G1,I1,J1,B2,D2,F2,H2,J2,L2,N2,P2,R2,T2,V2,X2,Z2,b2,d2,f2,h2,j2,l2,n2,p2,r2,t2,v2,B3,D3,F3,H3,J3,L3,N3,P3,R3,T3,V3,X3,Z3,b3,d3,f3,g3,h3 ;

MQDAITAVINNYDVQGKYLDGAALDKLKAYFTTGAVRVRAAAVISSNATTIIKEAAAKALIYSDLTRPGGNMYTTRRYAACIRDMDYFLRYATYAMLAGDPSILDERVLNGLKETYNSLGVPIAATVGGIQAMKEVVGGLVGPDAAKEASIYFDYLSSGLS

Entity 3 polymer

描述 description	Allophycocyanin-B
分子量 formula_weight	18050.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K1,L1

MSVVLTTIMNADQQLRYPSVGELEQIKNFMEDSALRLKVAKTLSDANDRVVKQASAGLFQRRPDLNNPGGNAYGEKRLGSCIRDLGWYYRLITYSIVAGNNEPVERIGLTGIFEMYRVLEVPIPAMIESMRLLKKEALELLSPAEAEIAAPYFDYVIGAMQ

Entity 4 polymer

描述 description	Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core
分子量 formula_weight	7765.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	z1,M1,z2,w2,x2,y2,z3,i3

MSRYFKVTACIPSLKRVRTGRELQNTFFTKLVPYENWFTEQQRIQKAGGKVLSVKLFTGVQGANTGVGA

Entity 5 polymer

描述 description	Phycobiliprotein ApcE
分子量 formula_weight	130002.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	j3,k3

MSIRGTSGSTVARPRLFRTVMTETINGINAEDRYPNSGEVSQLDQFFGDGQRRIAIVAKLTENAEMIVSRAANRIFVGGSPMAYSERQKAKAKSPLANDEFGNEPIVEDRGGFLESLKSIFSTRGGGGRASADFAVPPDFEPINIARYGPERMQKSIRDLDWFLRYTTYAILAGDPSILEANCLGLREILEKSCSISATIVALLEMRKNAARLFKDEADSKLVSSYISVVIRALDADRSDAPADIVRPSSEDRPGLTLPYIYKLSADSLTTFKMTAIYGADGRPKVNLSSDEKERVVRAAYRQVFERDLKAYGQSVSEAESKVKNGEISVREFVRRLGKSELYRREFYQPFINSRVLELAFKHFLGRAPESRAEVQKYFSIISSPIVRGQSSMPSGGLYALIDALIDSEEYTSIFGEDTVPYLRNLGVEAQPSWNWGAAYDLYNYAAPRRKVPQFITLFADYTQPLPNQHPYGAGNDPLEIQFGAIFKNSTINPAERAAPIGKDVKRILIRNGSPTSNERGNPTGMSEGATTLGPKIFKLTQNVGFRSKGMVQNAGVVTVEGSVQALITAAYQQIFGRQLYQGQRLKVAEIKLENGETTVKEFVRALGRSEIFRKLYWEPFYVCKAIEYIHRRLLGRPTYDRVENNRYFDIASKKGFYGVVDAMLNSNEYQEVFGEDVLPYERYLTPAGLSLRKGRFGSSDVLTTPGGITPRGDAARMMDKIQELGTPINERSIPEMYVNQGVPALKRQRKVFKQSQATDRESFDALVTAAYVQVFDKDIASYIRSEFSALESRLRNRETSVKEFVRLLGFSALYRKQFHDRYPNTKVVEFAFKHFLGRAVKNQAELIKYHGLLGRKGIKALIGALVDGEEYGRLYGEDTVPSWQFPTLPAANYPNSVELYNRFTRQDDSLVVPSFKPIRSKMDIASMPLVQAALKEQQATKTALDMSRPMFLELGRSFKGADGQSVEVGVGTLRRQLEHIYRIAPDATRSEKDVAINAIYRQVLDVFAGIPPSYLRLSEAESKLKNNEISVREFVRRLGRSENYRKRFFEPYSSPKVVELLTKHFLGRAPISQQEISTYVQILGTKGLAAAVDAIVESPEYLTIFNEDIVPYRRYPTLPAGNYRASVRVNDEELISQSWSSLSPTYTGYQYVTR

Entity 6 non-polymer

描述 description	PHYCOCYANOBILIN
分子量 formula_weight	588.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	96

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.37 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	192814

fit	/app/data/saxs_computation/m3/9m3j/9m3j.fit
pddf	/app/data/pr_computation/m3/9m3j/9m3j.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/m3/9m3j/9m3j.dat

structure of bundle-shaped PBS with both long rod and (ApcA2B3ApcD) trimer

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)