SAXSdb — 9m3j

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Allophycocyanin beta subunit

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 104	Allophycocyanin alpha subunit × 44 Allophycocyanin-B × 2 Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core × 8 （Q7NL78） Phycobiliprotein ApcE × 2 （Q7NL81） PHYCOCYANOBILIN × 96	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q7NL79_GLOVI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B1； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 B2； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 B3； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 D1； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 D2； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 D3； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 F1； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 F2； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 F3； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 G1； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 H2； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 H3； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 I1； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 J1； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 J2； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 J3； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 L2； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 L3； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 N2； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 N3； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 P2； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 P3； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 R2； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 R3； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 T2； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 T3； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 V2； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 V3； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 X2； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 X3； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 Z2； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 Z3； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 b2； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 b3； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 d2； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 d3； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 f2； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 f3； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 g3； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 h2； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 h3； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 j2； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 l2； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 n2； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 p2； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 r2； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 t2； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 v2； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161

Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core

物种未注明

UniProt Q7NL78

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 104	Allophycocyanin alpha subunit × 44 Allophycocyanin beta subunit × 48 （Q7NL79） Allophycocyanin-B × 2 Phycobiliprotein ApcE × 2 （Q7NL81） PHYCOCYANOBILIN × 96	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q7NL78_GLOVI
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 M1； PDB构建体 1–69； UniProt 1–69 作者链 i3； PDB构建体 1–69； UniProt 1–69 作者链 w2； PDB构建体 1–69； UniProt 1–69 作者链 x2； PDB构建体 1–69； UniProt 1–69 作者链 y2； PDB构建体 1–69； UniProt 1–69 作者链 z1； PDB构建体 1–69； UniProt 1–69 作者链 z2； PDB构建体 1–69； UniProt 1–69 作者链 z3； PDB构建体 1–69； UniProt 1–69

Phycobiliprotein ApcE

物种未注明

UniProt Q7NL81

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 104	Allophycocyanin alpha subunit × 44 Allophycocyanin beta subunit × 48 （Q7NL79） Allophycocyanin-B × 2 Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core × 8 （Q7NL78） PHYCOCYANOBILIN × 96	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q7NL81_GLOVI
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 j3； PDB构建体 1–1155； UniProt 1–1155 作者链 k3； PDB构建体 1–1155； UniProt 1–1155

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9m3j
沉积日期 deposition_date	2025-03-02
结构标题 title	structure of bundle-shaped PBS with both long rod and (ApcA2B3ApcD) trimer
关键词 keywords	phycobilisome, light-harvesting complex, photosynthesis; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9m3j__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9m3j__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9m3j__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	87.42 Å
Rg（电子密度）	87.09 Å
总 Rg	87.16 Å
原子数	140502
残基数	17800
排除体积	2517100 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9m3j__assembly_1__model_1`	104-meric （104）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Allophycocyanin alpha subunit
分子量 formula_weight	17539.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	44

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A1,C1,E1,H1,A2,C2,E2,G2,I2,K2,M2,O2,Q2,S2,U2,W2,Y2,a2,c2,e2,g2,i2,k2,m2,o2,q2,s2,u2,A3,C3,E3,G3,I3,K3,M3,O3,Q3,S3,U3,W3,Y3,a3,c3,e3
原子数 atom_count	140502

MSVLTKAIVNADAEARYLSPGELDRIKSFVASGERRLRIAQTLTEARERIVKQAGDQLFQIRPDVVSPGGNAYGEKMTALCLRDLDYYLRLVTYGIVAGDVTPIEEIGIIGVKEMYNSLQTPIPAVAEGVRAMKNVATSLLSGDDAAEAGFYFDYLVGAMQ

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Allophycocyanin beta subunit
分子量 formula_weight	17241.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	48

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	;B1,D1,F1,G1,I1,J1,B2,D2,F2,H2,J2,L2,N2,P2,R2,T2,V2,X2,Z2,b2,d2,f2,h2,j2,l2,n2,p2,r2,t2,v2,B3,D3,F3,H3,J3,L3,N3,P3,R3,T3,V3,X3,Z3,b3,d3,f3,g3,h3 ;

MQDAITAVINNYDVQGKYLDGAALDKLKAYFTTGAVRVRAAAVISSNATTIIKEAAAKALIYSDLTRPGGNMYTTRRYAACIRDMDYFLRYATYAMLAGDPSILDERVLNGLKETYNSLGVPIAATVGGIQAMKEVVGGLVGPDAAKEASIYFDYLSSGLS

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Allophycocyanin-B
分子量 formula_weight	18050.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K1,L1

MSVVLTTIMNADQQLRYPSVGELEQIKNFMEDSALRLKVAKTLSDANDRVVKQASAGLFQRRPDLNNPGGNAYGEKRLGSCIRDLGWYYRLITYSIVAGNNEPVERIGLTGIFEMYRVLEVPIPAMIESMRLLKKEALELLSPAEAEIAAPYFDYVIGAMQ

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core
分子量 formula_weight	7765.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	z1,M1,z2,w2,x2,y2,z3,i3

MSRYFKVTACIPSLKRVRTGRELQNTFFTKLVPYENWFTEQQRIQKAGGKVLSVKLFTGVQGANTGVGA

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Phycobiliprotein ApcE
分子量 formula_weight	130002.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	j3,k3

MSIRGTSGSTVARPRLFRTVMTETINGINAEDRYPNSGEVSQLDQFFGDGQRRIAIVAKLTENAEMIVSRAANRIFVGGSPMAYSERQKAKAKSPLANDEFGNEPIVEDRGGFLESLKSIFSTRGGGGRASADFAVPPDFEPINIARYGPERMQKSIRDLDWFLRYTTYAILAGDPSILEANCLGLREILEKSCSISATIVALLEMRKNAARLFKDEADSKLVSSYISVVIRALDADRSDAPADIVRPSSEDRPGLTLPYIYKLSADSLTTFKMTAIYGADGRPKVNLSSDEKERVVRAAYRQVFERDLKAYGQSVSEAESKVKNGEISVREFVRRLGKSELYRREFYQPFINSRVLELAFKHFLGRAPESRAEVQKYFSIISSPIVRGQSSMPSGGLYALIDALIDSEEYTSIFGEDTVPYLRNLGVEAQPSWNWGAAYDLYNYAAPRRKVPQFITLFADYTQPLPNQHPYGAGNDPLEIQFGAIFKNSTINPAERAAPIGKDVKRILIRNGSPTSNERGNPTGMSEGATTLGPKIFKLTQNVGFRSKGMVQNAGVVTVEGSVQALITAAYQQIFGRQLYQGQRLKVAEIKLENGETTVKEFVRALGRSEIFRKLYWEPFYVCKAIEYIHRRLLGRPTYDRVENNRYFDIASKKGFYGVVDAMLNSNEYQEVFGEDVLPYERYLTPAGLSLRKGRFGSSDVLTTPGGITPRGDAARMMDKIQELGTPINERSIPEMYVNQGVPALKRQRKVFKQSQATDRESFDALVTAAYVQVFDKDIASYIRSEFSALESRLRNRETSVKEFVRLLGFSALYRKQFHDRYPNTKVVEFAFKHFLGRAVKNQAELIKYHGLLGRKGIKALIGALVDGEEYGRLYGEDTVPSWQFPTLPAANYPNSVELYNRFTRQDDSLVVPSFKPIRSKMDIASMPLVQAALKEQQATKTALDMSRPMFLELGRSFKGADGQSVEVGVGTLRRQLEHIYRIAPDATRSEKDVAINAIYRQVLDVFAGIPPSYLRLSEAESKLKNNEISVREFVRRLGRSENYRKRFFEPYSSPKVVELLTKHFLGRAPISQQEISTYVQILGTKGLAAAVDAIVESPEYLTIFNEDIVPYRRYPTLPAGNYRASVRVNDEELISQSWSSLSPTYTGYQYVTR

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	PHYCOCYANOBILIN
分子量 formula_weight	588.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	96

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.37 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	192814

structure of bundle-shaped PBS with both long rod and (ApcA2B3ApcD) trimer

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Allophycocyanin beta subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Phycobiliprotein ApcE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9m3j__assembly_1__model_1

9m3j__assembly_1__model_1 | I(q)

9m3j__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

structure of bundle-shaped PBS with both long rod and (ApcA2B3ApcD) trimer

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Allophycocyanin beta subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Phycobiliprotein ApcE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9m3j__assembly_1__model_1

9m3j__assembly_1__model_1 | I(q)

9m3j__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)