9mk3

Engineered AsCas12a (M537R, F870L)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 194.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9mk3
沉积日期 deposition_date	2024-12-16
结构标题 title	Engineered AsCas12a (M537R, F870L)
关键词 keywords	DNA endonuclease, SPLICING, SPLICING-DNA-RNA complex; SPLICING/DNA/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	54.99 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	55.22 Å
零角强度 I(0) i0	2018790000.00
分子量 molecular_weight	345790.0 kDa
排除体积 excluded_volume	419970 Å³
包络体积 envelope_volume	627090 Å³
水化壳体积 shell_volume	98030 Å³
包络直径 envelope_diameter	194.2 Å
壳层 Rg shell_rg	55.41 Å
包络 Rg envelope_rg	53.51 Å
形状 Rg shape_rg	55.21 Å
总 Rg total_rg	55.26 Å
总原子数 total_atoms	24209
残基数 n_residues	2750
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	194.5 Å
Rg (实空间) rg_real	55.29 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.97 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0190e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.4630e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	54.73 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2017000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8355
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	53.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.513
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.283
角度范围 angular_range	— – 0.1450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	169200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	30
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.727; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.980; Smooth: 0.695

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	CRISPR-associated endonuclease Cas12a
分子量 formula_weight	151410.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.21.1,4.6.1.22
突变 mutation	M537R, F870L
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	24407

MTQFEGFTNLYQVSKTLRFELIPQGKTLKHIQEQGFIEEDKARNDHYKELKPIIDRIYKTYADQCLQLVQLDWENLSAAIDSYRKEKTEETRNALIEEQATYRNAIHDYFIGRTDNLTDAINKRHAEIYKGLFKAELFNGKVLKQLGTVTTTEHENALLRSFDKFTTYFSGFYENRKNVFSAEDISTAIPHRIVQDNFPKFKENCHIFTRLITAVPSLREHFENVKKAIGIFVSTSIEEVFSFPFYNQLLTQTQIDLYNQLLGGISREAGTEKIKGLNEVLNLAIQKNDETAHIIASLPHRFIPLFKQILSDRNTLSFILEEFKSDEEVIQSFCKYKTLLRNENVLETAEALFNELNSIDLTHIFISHKKLETISSALCDHWDTLRNALYERRISELTGKITKSAKEKVQRSLKHEDINLQEIISAAGKELSEAFKQKTSEILSHAHAALDQPLPTTLKKQEEKEILKSQLDSLLGLYHLLDWFAVDESNEVDPEFSARLTGIKLEMEPSLSFYNKARNYATKKPYSVEKFKLNFQRPTLASGWDVNKEKNNGAILFVKNGLYYLGIMPKQKGRYKALSFEPTEKTSEGFDKMYYDYFPDAAKMIPKCSTQLKAVTAHFQTHTTPILLSNNFIEPLEITKEIYDLNNPEKEPKKFQTAYAKKTGDQKGYREALCKWIDFTRDFLSKYTKTTSIDLSSLRPSSQYKDLGEYYAELNPLLYHISFQRIAEKEIMDAVETGKLYLFQIYNKDFAKGHHGKPNLHTLYWTGLFSPENLAKTSIKLNGQAELFYRPKSRMKRMAHRLGEKMLNKKLKDQKTPIPDTLYQELYDYVNHRLSHDLSDEARALLPNVITKEVSHEIIKDRRFTSDKFLFHVPITLNYQAANSPSKFNQRVNAYLKEHPETPIIGIDRGERNLIYITVIDSTGKILEQRSLNTIQQFDYQKKLDNREKERVAARQAWSVVGTIKDLKQGYLSQVIHEIVDLMIHYQAVVVLENLNFGFKSKRTGIAEKAVYQQFEKMLIDKLNCLVLKDYPAEKVGGVLNPYQLTDQFTSFAKMGTQSGFLFYVPAPYTSKIDPLTGFVDPFVWKTIKNHESRKHFLEGFDFLHYDVKTGDFILHFKMNRNLSFQRGLPGFMPAWDIVFEKNETQFDAKGTPFIAGKRIVPVIENHRFTGRYRDLYPANELIALLEEKGIVFRDGSNILPKLLENDDSHAIDTMVALIRSVLQMRNSNAATGEDYINSPVRDLNGVCFDSRFQNPEWPMDADANGAYHIALKGQLLLNHLKESKDLKLQNGISNQDWLAYIQELRN

来源 Source

来源生物 organism	Acidaminococcus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	904
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	gRNA (41-MER)
分子量 formula_weight	14062.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	B,F

UAAUUUCUACUCUUGUAGAUGGAAAUUAGGUGCGCUUGGCAACC

Entity 3 polymer

描述 description	TS DNA (31-MER)
分子量 formula_weight	10452.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,G

GGTTGCCAAGCGCACCTAATTTCCAAAAGGACTG

Entity 4 polymer

描述 description	;NTS DNA (5'-D(CPAPGPTPCPCPTPTPTPT)-3') ;
分子量 formula_weight	2986.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D,H

CAGTCCTTTT

Entity 5 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	137

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	81.916 Å
晶胞边长 b length_b	198.585 Å
晶胞边长 c length_c	140.363 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.27 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.698 Å
最低分辨率 resolution_low	49.276 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1963
R_free r_free	0.2401

fit	/app/data/saxs_computation/mk/9mk3/9mk3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mk/9mk3/9mk3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mk/9mk3/9mk3.dat

Engineered AsCas12a (M537R, F870L)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)