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9mnb

Beta1-tryptase monomer bound to inhibitory Fabs E82.AS and E104.v2

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 205.5 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tryptase alpha/beta-1

Homo sapiens

UniProt Q15661

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 31–275 未记录 Light chain of E104.v2 Fab × 1 Heavy chain of E104v2 Fab × 1 Light chain of E82.AS Fab × 1 Heavy chain of E82.AS Fab × 1 Anti-human kappa light chain VHH × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；20mM HEPES, 100mM NaCl cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9MNB Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4A6L beta-tryptase inhibitor 提交 2011-11-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 31–275（245 aa）
链 B 31–275（245 aa）
链 C 31–275（245 aa）
链 D 31–275（245 aa）
未记录 P43 1-{3-[1-({5-[(2-fluorophenyl)ethynyl]furan-2-yl}carbonyl)piperidin-4-yl]phenyl}methanamine × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5；PEG 3000 10%, NAACETATE 100 MM PH 5, GLYCEROL 5%, NACL 1.7 M
分辨率 2.05 Å R-free 0.211
4MPU Human beta-tryptase co-crystal structure with (6S,8R)-N,N'-bis[3-({4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidin-1-yl}carbonyl)phenyl]-8-hydroxy-6-(1-hydroxycyclobutyl)-5,7-dioxaspiro[3.4]octane-6,8-dicarboxamide 提交 2013-09-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 31–275（245 aa） 片段：UNP residues 31-275
链 B 31–275（245 aa） 片段：UNP residues 31-275
未记录 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 4 SO4 SULFATE ION × 8 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 4 X2A (6S,8R)-N,N'-bis[3-({4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidin-1-yl}carbonyl)phenyl]-8-hydroxy-6-(1-hydroxycyclobutyl)-5,7-dioxaspiro[3.4]octane-6,8-dicarboxamide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；30% PEG1500, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 0.2 M ammonium sulfate, individual monocrystals equilibrated with 30% PEG1500, 0.1 M MES, pH 5.5, 0.2 M ammonium sulfate and soaked 20 hours in same solution supplemented with compound 2A, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 1.65 Å R-free 0.216
4MPU Human beta-tryptase co-crystal structure with (6S,8R)-N,N'-bis[3-({4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidin-1-yl}carbonyl)phenyl]-8-hydroxy-6-(1-hydroxycyclobutyl)-5,7-dioxaspiro[3.4]octane-6,8-dicarboxamide 提交 2013-09-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 31–275（245 aa） 片段：UNP residues 31-275
链 B 31–275（245 aa） 片段：UNP residues 31-275
未记录 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 SO4 SULFATE ION × 4 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 X2A (6S,8R)-N,N'-bis[3-({4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidin-1-yl}carbonyl)phenyl]-8-hydroxy-6-(1-hydroxycyclobutyl)-5,7-dioxaspiro[3.4]octane-6,8-dicarboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；30% PEG1500, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 0.2 M ammonium sulfate, individual monocrystals equilibrated with 30% PEG1500, 0.1 M MES, pH 5.5, 0.2 M ammonium sulfate and soaked 20 hours in same solution supplemented with compound 2A, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 1.65 Å R-free 0.216
4MPV Human beta-tryptase co-crystal structure with (2R,4S)-N,N'-bis[3-({4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidin-1-yl}carbonyl)phenyl]-4-hydroxy-2-(2-hydroxypropan-2-yl)-5,5-dimethyl-1,3-dioxolane-2,4-dicarboxamide 提交 2013-09-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 31–275（245 aa） 片段：UNP residues 31-275
链 B 31–275（245 aa） 片段：UNP residues 31-275
未记录 2A4 (2R,4S)-N,N'-bis[3-({4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidin-1-yl}carbonyl)phenyl]-4-hydroxy-2-(2-hydroxypropan-2-yl)-5,5-dimethyl-1,3-dioxolane-2,4-dicarboxamide × 2 SO4 SULFATE ION × 8 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 4 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；30% PEG1500, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 0.2 M ammonium sulfate, individual monocrystals equilibrated with 30% PEG1500, 0.1 M MES, pH 5.5, 0.2 M ammonium sulfate and soaked 20 hours in same solution supplemented with compound 3A, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.31 Å R-free 0.230
4MPV Human beta-tryptase co-crystal structure with (2R,4S)-N,N'-bis[3-({4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidin-1-yl}carbonyl)phenyl]-4-hydroxy-2-(2-hydroxypropan-2-yl)-5,5-dimethyl-1,3-dioxolane-2,4-dicarboxamide 提交 2013-09-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 31–275（245 aa） 片段：UNP residues 31-275
链 B 31–275（245 aa） 片段：UNP residues 31-275
未记录 2A4 (2R,4S)-N,N'-bis[3-({4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidin-1-yl}carbonyl)phenyl]-4-hydroxy-2-(2-hydroxypropan-2-yl)-5,5-dimethyl-1,3-dioxolane-2,4-dicarboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 4 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；30% PEG1500, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 0.2 M ammonium sulfate, individual monocrystals equilibrated with 30% PEG1500, 0.1 M MES, pH 5.5, 0.2 M ammonium sulfate and soaked 20 hours in same solution supplemented with compound 3A, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.31 Å R-free 0.230
4MPW Human beta-tryptase co-crystal structure with [(1,1,3,3-tetramethyldisiloxane-1,3-diyl)di-1-benzofuran-3,5-diyl]bis({4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidin-1-yl}methanone) 提交 2013-09-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 31–275（245 aa） 片段：UNP residues 31-275
链 B 31–275（245 aa） 片段：UNP residues 31-275
未记录 CL CHLORIDE ION × 4 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 4 ACT ACETATE ION × 4 2AJ [(1,1,3,3-tetramethyldisiloxane-1,3-diyl)di-1-benzofuran-3,5-diyl]bis({4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidin-1-yl}methanone) × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；1.9 mg/mL protein incubated with compound 4A 30 minutes on ice prior to setup with 30% PEG1500, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 0.2 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 1.95 Å R-free 0.206
4MPW Human beta-tryptase co-crystal structure with [(1,1,3,3-tetramethyldisiloxane-1,3-diyl)di-1-benzofuran-3,5-diyl]bis({4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidin-1-yl}methanone) 提交 2013-09-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 31–275（245 aa） 片段：UNP residues 31-275
链 B 31–275（245 aa） 片段：UNP residues 31-275
未记录 CL CHLORIDE ION × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 ACT ACETATE ION × 2 2AJ [(1,1,3,3-tetramethyldisiloxane-1,3-diyl)di-1-benzofuran-3,5-diyl]bis({4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidin-1-yl}methanone) × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；1.9 mg/mL protein incubated with compound 4A 30 minutes on ice prior to setup with 30% PEG1500, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 0.2 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 1.95 Å R-free 0.206
4MPX Human beta-tryptase co-crystal structure with [(1,1,3,3-tetramethyldisiloxane-1,3-diyl)di-1-benzothiene-4,2-diyl]bis({4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidin-1-yl}methanone) 提交 2013-09-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 31–275（245 aa） 片段：UNP residues 31-275
链 B 31–275（245 aa） 片段：UNP residues 31-275
未记录 SO4 SULFATE ION × 10 CL CHLORIDE ION × 4 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 4 2AV [(1,1,3,3-tetramethyldisiloxane-1,3-diyl)di-1-benzothiene-4,2-diyl]bis({4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidin-1-yl}methanone) × 2 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；1.9 mg/mL protein incubated with compound 6A 30 minutes on ice prior to setup with 30% PEG1500, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 0.2 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.00 Å R-free 0.233
4MPX Human beta-tryptase co-crystal structure with [(1,1,3,3-tetramethyldisiloxane-1,3-diyl)di-1-benzothiene-4,2-diyl]bis({4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidin-1-yl}methanone) 提交 2013-09-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 31–275（245 aa） 片段：UNP residues 31-275
链 B 31–275（245 aa） 片段：UNP residues 31-275
未记录 SO4 SULFATE ION × 5 CL CHLORIDE ION × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 2AV [(1,1,3,3-tetramethyldisiloxane-1,3-diyl)di-1-benzothiene-4,2-diyl]bis({4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidin-1-yl}methanone) × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；1.9 mg/mL protein incubated with compound 6A 30 minutes on ice prior to setup with 30% PEG1500, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 0.2 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.00 Å R-free 0.233
4MQA Human beta-tryptase co-crystal structure with {(1,1,3,3-tetramethyldisiloxane-1,3-diyl)bis[5-(methylsulfanyl)benzene-3,1-diyl]}bis({4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidin-1-yl}methanone) 提交 2013-09-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 31–275（245 aa） 片段：UNP residues 31-275
链 B 31–275（245 aa） 片段：UNP residues 31-275
未记录 SO4 SULFATE ION × 10 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 X00 {(1,1,3,3-tetramethyldisiloxane-1,3-diyl)bis[5-(methylsulfanyl)benzene-3,1-diyl]}bis({4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidin-1-yl}methanone) × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；1.9 mg/mL protein incubated with compound 13A 30 minutes on ice prior to setup with 30% PEG3350, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 0.2 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.25 Å R-free 0.251
4MQA Human beta-tryptase co-crystal structure with {(1,1,3,3-tetramethyldisiloxane-1,3-diyl)bis[5-(methylsulfanyl)benzene-3,1-diyl]}bis({4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidin-1-yl}methanone) 提交 2013-09-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 31–275（245 aa） 片段：UNP residues 31-275
链 B 31–275（245 aa） 片段：UNP residues 31-275
未记录 SO4 SULFATE ION × 5 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 X00 {(1,1,3,3-tetramethyldisiloxane-1,3-diyl)bis[5-(methylsulfanyl)benzene-3,1-diyl]}bis({4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidin-1-yl}methanone) × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；1.9 mg/mL protein incubated with compound 13A 30 minutes on ice prior to setup with 30% PEG3350, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 0.2 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.25 Å R-free 0.251
5WI6 Human beta-1 tryptase mutant Ile99Cys 提交 2017-07-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 31–275（245 aa）
链 B 31–275（245 aa）
链 C 31–275（245 aa）
链 D 31–275（245 aa）
突变：I118C 突变：I118C 突变：I118C 突变：I118C SO4 SULFATE ION × 7 0GJ L-alpha-glutamyl-N-{(1S)-4-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-[(1S)-2-chloro-1-hydroxyethyl]butyl}glycinamide × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；292 K；ammonium sulfate, polyethylene glycol 1500
分辨率 2.72 Å R-free 0.227
6O1F Complex between soybean trypsin inhibitor beta1-tryptase and a humanized fab 提交 2019-02-19 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 31–275（245 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；5% PEG 4000 0.1M lithium sulfate 0.1M Tris pH 7.5
分辨率 2.15 Å R-free 0.233
6P0P Human beta-tryptase co-crystal structure with 5-{4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidine-1-carbonyl}-2-(3'-{4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidine-1-carbonyl}-[1,1'-biphenyl]-3-yl)-2-hydroxy-2H-1,3,2-benzodioxaborol-2-uide 提交 2019-05-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–275（275 aa）
未记录 Y35 (3'-{4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidine-1-carbonyl}[1,1'-biphenyl]-3-yl){4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidin-1-yl}[3,4-di(hydroxy-kappaO)phenyl]methanonato(2-)hydroxyborate(1-) × 1 SO4 SULFATE ION × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；1.9 mg/mL protein incubated with compound for 30 minutes on ice prior to setup with 30% PEG1500, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 0.2 M ammonium sulfate
分辨率 2.55 Å R-free 0.249
6P0P Human beta-tryptase co-crystal structure with 5-{4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidine-1-carbonyl}-2-(3'-{4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidine-1-carbonyl}-[1,1'-biphenyl]-3-yl)-2-hydroxy-2H-1,3,2-benzodioxaborol-2-uide 提交 2019-05-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–275（275 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；1.9 mg/mL protein incubated with compound for 30 minutes on ice prior to setup with 30% PEG1500, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 0.2 M ammonium sulfate
分辨率 2.55 Å R-free 0.249
6VVU Anti-Tryptase fab E104.v1 bound to tryptase 提交 2020-02-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–275（275 aa）
链 B 1–275（275 aa）
链 C 1–275（275 aa）
链 D 1–275（275 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 3 0GJ L-alpha-glutamyl-N-{(1S)-4-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-[(1S)-2-chloro-1-hydroxyethyl]butyl}glycinamide × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；292 K；0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M CaCl2, 20% PEG 4000 and 4% pentaerythritol ethoxylate
分辨率 3.00 Å R-free 0.232
8VGH CryoEM structure of tryptase in complex with wild type anti-tryptase Fab E104.v1 提交 2023-12-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 31–275（245 aa）
链 B 31–275（245 aa）
链 C 31–275（245 aa）
链 D 31–275（245 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 5.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
8VGI CryoEM structure of tryptase in complex with engineered conformationally rigid anti-tryptase Fab E104.v1.2DS 提交 2023-12-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 31–275（245 aa）
链 B 31–275（245 aa）
链 C 31–275（245 aa）
链 D 31–275（245 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 5.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
8VGJ CryoEM structure of tryptase in complex with engineered conformationally rigid anti-tryptase Fab E104.v1.4DS 提交 2023-12-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 31–275（245 aa）
链 B 31–275（245 aa）
链 C 31–275（245 aa）
链 D 31–275（245 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 5.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.50 Å
8VGK CryoEM structure of tryptase in complex with engineered conformationally rigid anti-tryptase Fab E104.v1.6DS 提交 2023-12-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 31–275（245 aa）
链 B 31–275（245 aa）
链 C 31–275（245 aa）
链 D 31–275（245 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 5.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.40 Å

共 14 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TRYB1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–245； UniProt 31–275

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9mnb

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9mnb
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9mnb
沉积日期 deposition_date2024-12-20
结构标题 titleBeta1-tryptase monomer bound to inhibitory Fabs E82.AS and E104.v2
关键词 keywordsSerine Protease, Inhibitory Antibodies, IMMUNE SYSTEM, IMMUNE SYSTEM-Hydrolase complex; IMMUNE SYSTEM/Hydrolase
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier54.61 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron55.55 Å
零角强度 I(0) i0234201000.00
分子量 molecular_weight124960.0 kDa
排除体积 excluded_volume155570 ų
包络体积 envelope_volume239540 ų
水化壳体积 shell_volume39979 ų
包络直径 envelope_diameter190.4 Å
壳层 Rg shell_rg48.29 Å
包络 Rg envelope_rg55.80 Å
形状 Rg shape_rg55.55 Å
总 Rg total_rg55.27 Å
总原子数 total_atoms8810
残基数 n_residues1150
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax205.5 Å
Rg (实空间) rg_real55.49 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error3.19 Å
I(0) (实空间) i0_real2.3420e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.2490e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal53.83 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal233600000.0000
解质量估计 total_estimate0.6595
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary35.4 Å
偏度 Skewness skewness0.549
峰度 Kurtosis kurtosis-0.650
角度范围 angular_range— – 0.1450 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha9499000.0000
实空间数据点数 n_real_points30
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.204; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.134; Smooth: 0.824
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)