9msn

Crystal structure of MPXV A35R in complex with neutralizing antibody EV35-2

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 109.9 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9msn
沉积日期 deposition_date	2025-01-10
结构标题 title	Crystal structure of MPXV A35R in complex with neutralizing antibody EV35-2
关键词 keywords	antibody, mpox, monkeypox, A35, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.43 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.62 Å
零角强度 I(0) i0	280859000.00
分子量 molecular_weight	131850.0 kDa
排除体积 excluded_volume	163470 Å³
包络体积 envelope_volume	221610 Å³
水化壳体积 shell_volume	51886 Å³
包络直径 envelope_diameter	117.1 Å
壳层 Rg shell_rg	42.88 Å
包络 Rg envelope_rg	33.89 Å
形状 Rg shape_rg	34.60 Å
总 Rg total_rg	35.27 Å
总原子数 total_atoms	9280
残基数 n_residues	1180
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	109.9 Å
Rg (实空间) rg_real	35.25 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.62 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.8090e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.9650e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.36 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	280900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9074
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	44.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.101
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.595
角度范围 angular_range	— – 0.2250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	33690000.0000
实空间数据点数 n_real_points	46
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.951; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.950

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	EV35-2 heavy chain
分子量 formula_weight	24253.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,H
原子数 atom_count	9308

QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTGYYIHWVRQAPGQGLEWMGRINPNTGGTNYAQRFRGRVTMTRDTSISTAYMELSRLRSDDTAVFYCAKIYCRGDCYSYFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 2 polymer

描述 description	EV35-2 light chain
分子量 formula_weight	23521.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,L

EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQTVSSNFLAWYQRKPGQAPRLLIYGASSRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCLQYGNSPPPTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 3 polymer

描述 description	Protein OPG161
分子量 formula_weight	11414.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,K,E,F

STTQYDHKESCNGLYYQGSCYILHSDYKSFEDAKANCAAESSTLPNKSDVLTTWLIDYVEDTWGSDGNPITKTTSDYQDSDVSQEVRKYFCTGSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Monkeypox virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10244
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	28

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	114.270 Å
晶胞边长 b length_b	130.226 Å
晶胞边长 c length_c	100.073 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	116.80 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.920 Å
最低分辨率 resolution_low	46.700 Å
R 因子 r_factor	0.2814
R_work r_work	0.2800
R_free r_free	0.3069

fit	/app/data/saxs_computation/ms/9msn/9msn.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ms/9msn/9msn.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ms/9msn/9msn.dat

Crystal structure of MPXV A35R in complex with neutralizing antibody EV35-2

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)