9mu7

Structure of a native Drosophila melanogaster Pol II Elongation Complex with a well-defined Rpb4/Rpb7 stalk

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 171.0 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 12 DNA 2 RNA 1 PDB 声明：pentadecameric（15）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 7–1476	未记录	DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 × 1 （P08266） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （O97183） DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4 × 1 （Q9VEA5） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 （Q24320） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 （Q9VFB5） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （Q9VNZ3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （P36958） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 （Q9VC49） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （Q9VJE4） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB12 × 1 （Q6IGE3） RNA × 1 Template DNA × 1 Non-template DNA × 1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB5 × 1 （Q7JZF5） ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.44 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9MU7	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9MU8 Structure of a native Drosophila melanogaster Pol II Elongation Complex without Rpb4/Rpb7 stalk 提交 2025-01-13	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric	链 A 7–1476（1470 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.37 Å
9MU9 Structure of a native Drosophila melanogaster Nucleosome Elongation Complex (Pol II EC-nucleosome). Composite map 提交 2025-01-13	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：21-meric	链 A 7–1476（1470 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.80 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPB1_DROME
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–1470； UniProt 7–1476

DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2

物种未注明

UniProt P08266

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 12 DNA 2 RNA 1 PDB 声明：pentadecameric（15）与全部聚合物数一致	链 B； UniProt 13–1176	未记录	DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 × 1 （P04052） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （O97183） DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4 × 1 （Q9VEA5） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 （Q24320） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 （Q9VFB5） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （Q9VNZ3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （P36958） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 （Q9VC49） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （Q9VJE4） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB12 × 1 （Q6IGE3） RNA × 1 Template DNA × 1 Non-template DNA × 1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB5 × 1 （Q7JZF5） ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.44 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9MU7	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9MU8 Structure of a native Drosophila melanogaster Pol II Elongation Complex without Rpb4/Rpb7 stalk 提交 2025-01-13	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric	链 B 13–1176（1164 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.37 Å
9MU9 Structure of a native Drosophila melanogaster Nucleosome Elongation Complex (Pol II EC-nucleosome). Composite map 提交 2025-01-13	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：21-meric	链 B 13–1176（1164 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.80 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPB2_DROME
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–1164； UniProt 13–1176

DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3

物种未注明

UniProt O97183

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 12 DNA 2 RNA 1 PDB 声明：pentadecameric（15）与全部聚合物数一致	链 C； UniProt 2–270	未记录	DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 × 1 （P04052） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 × 1 （P08266） DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4 × 1 （Q9VEA5） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 （Q24320） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 （Q9VFB5） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （Q9VNZ3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （P36958） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 （Q9VC49） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （Q9VJE4） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB12 × 1 （Q6IGE3） RNA × 1 Template DNA × 1 Non-template DNA × 1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB5 × 1 （Q7JZF5） ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.44 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9MU7	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9MU8 Structure of a native Drosophila melanogaster Pol II Elongation Complex without Rpb4/Rpb7 stalk 提交 2025-01-13	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric	链 C 2–270（269 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.37 Å
9MU9 Structure of a native Drosophila melanogaster Nucleosome Elongation Complex (Pol II EC-nucleosome). Composite map 提交 2025-01-13	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：21-meric	链 C 2–270（269 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.80 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称	O97183_DROME
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–269； UniProt 2–270

DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4

物种未注明

UniProt Q9VEA5

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 12 DNA 2 RNA 1 PDB 声明：pentadecameric（15）与全部聚合物数一致	链 D； UniProt 10–139	未记录	DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 × 1 （P04052） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 × 1 （P08266） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （O97183） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 （Q24320） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 （Q9VFB5） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （Q9VNZ3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （P36958） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 （Q9VC49） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （Q9VJE4） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB12 × 1 （Q6IGE3） RNA × 1 Template DNA × 1 Non-template DNA × 1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB5 × 1 （Q7JZF5） ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.44 Å

数据库中的同蛋白其他状态

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

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UniProt名称	RPB4_DROME
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–130； UniProt 10–139

DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2

物种未注明

UniProt Q24320

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 12 DNA 2 RNA 1 PDB 声明：pentadecameric（15）与全部聚合物数一致	链 F； UniProt 47–130	未记录	DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 × 1 （P04052） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 × 1 （P08266） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （O97183） DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4 × 1 （Q9VEA5） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 （Q9VFB5） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （Q9VNZ3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （P36958） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 （Q9VC49） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （Q9VJE4） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB12 × 1 （Q6IGE3） RNA × 1 Template DNA × 1 Non-template DNA × 1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB5 × 1 （Q7JZF5） ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.44 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9MU7	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9MU8 Structure of a native Drosophila melanogaster Pol II Elongation Complex without Rpb4/Rpb7 stalk 提交 2025-01-13	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric	链 F 47–130（84 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.37 Å
9MU9 Structure of a native Drosophila melanogaster Nucleosome Elongation Complex (Pol II EC-nucleosome). Composite map 提交 2025-01-13	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：21-meric	链 F 47–130（84 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.80 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称	RPAB2_DROME
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–84； UniProt 47–130

DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7

物种未注明

UniProt Q9VFB5

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 12 DNA 2 RNA 1 PDB 声明：pentadecameric（15）与全部聚合物数一致	链 G； UniProt 1–173	未记录	DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 × 1 （P04052） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 × 1 （P08266） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （O97183） DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4 × 1 （Q9VEA5） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 （Q24320） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （Q9VNZ3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （P36958） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 （Q9VC49） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （Q9VJE4） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB12 × 1 （Q6IGE3） RNA × 1 Template DNA × 1 Non-template DNA × 1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB5 × 1 （Q7JZF5） ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.44 Å

数据库中的同蛋白其他状态

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9VFB5_DROME
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–173； UniProt 1–173

DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

物种未注明

UniProt Q9VNZ3

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 12 DNA 2 RNA 1 PDB 声明：pentadecameric（15）与全部聚合物数一致	链 H； UniProt 2–148	未记录	DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 × 1 （P04052） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 × 1 （P08266） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （O97183） DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4 × 1 （Q9VEA5） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 （Q24320） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 （Q9VFB5） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （P36958） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 （Q9VC49） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （Q9VJE4） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB12 × 1 （Q6IGE3） RNA × 1 Template DNA × 1 Non-template DNA × 1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB5 × 1 （Q7JZF5） ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.44 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9MU7	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9MU8 Structure of a native Drosophila melanogaster Pol II Elongation Complex without Rpb4/Rpb7 stalk 提交 2025-01-13	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric	链 H 2–148（147 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.37 Å
9MU9 Structure of a native Drosophila melanogaster Nucleosome Elongation Complex (Pol II EC-nucleosome). Composite map 提交 2025-01-13	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：21-meric	链 H 2–148（147 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.80 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9VNZ3_DROME
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–147； UniProt 2–148

DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9

物种未注明

UniProt P36958

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 12 DNA 2 RNA 1 PDB 声明：pentadecameric（15）与全部聚合物数一致	链 I； UniProt 14–129	未记录	DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 × 1 （P04052） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 × 1 （P08266） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （O97183） DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4 × 1 （Q9VEA5） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 （Q24320） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 （Q9VFB5） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （Q9VNZ3） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 （Q9VC49） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （Q9VJE4） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB12 × 1 （Q6IGE3） RNA × 1 Template DNA × 1 Non-template DNA × 1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB5 × 1 （Q7JZF5） ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.44 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9MU7	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9MU8 Structure of a native Drosophila melanogaster Pol II Elongation Complex without Rpb4/Rpb7 stalk 提交 2025-01-13	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric	链 I 14–129（116 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.37 Å
9MU9 Structure of a native Drosophila melanogaster Nucleosome Elongation Complex (Pol II EC-nucleosome). Composite map 提交 2025-01-13	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：21-meric	链 I 14–129（116 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.80 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPB9_DROME
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–116； UniProt 14–129

DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

物种未注明

UniProt Q9VC49

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 12 DNA 2 RNA 1 PDB 声明：pentadecameric（15）与全部聚合物数一致	链 J； UniProt 1–67	未记录	DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 × 1 （P04052） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 × 1 （P08266） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （O97183） DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4 × 1 （Q9VEA5） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 （Q24320） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 （Q9VFB5） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （Q9VNZ3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （P36958） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （Q9VJE4） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB12 × 1 （Q6IGE3） RNA × 1 Template DNA × 1 Non-template DNA × 1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB5 × 1 （Q7JZF5） ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.44 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9MU7	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9MU8 Structure of a native Drosophila melanogaster Pol II Elongation Complex without Rpb4/Rpb7 stalk 提交 2025-01-13	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric	链 J 1–67（67 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.37 Å
9MU9 Structure of a native Drosophila melanogaster Nucleosome Elongation Complex (Pol II EC-nucleosome). Composite map 提交 2025-01-13	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：21-meric	链 J 1–67（67 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.80 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPAB5_DROME
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 J； PDB构建体 1–67； UniProt 1–67

DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11

物种未注明

UniProt Q9VJE4

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 12 DNA 2 RNA 1 PDB 声明：pentadecameric（15）与全部聚合物数一致	链 K； UniProt 1–116	未记录	DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 × 1 （P04052） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 × 1 （P08266） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （O97183） DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4 × 1 （Q9VEA5） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 （Q24320） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 （Q9VFB5） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （Q9VNZ3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （P36958） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 （Q9VC49） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB12 × 1 （Q6IGE3） RNA × 1 Template DNA × 1 Non-template DNA × 1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB5 × 1 （Q7JZF5） ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.44 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9MU7	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9MU8 Structure of a native Drosophila melanogaster Pol II Elongation Complex without Rpb4/Rpb7 stalk 提交 2025-01-13	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric	链 K 1–116（116 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.37 Å
9MU9 Structure of a native Drosophila melanogaster Nucleosome Elongation Complex (Pol II EC-nucleosome). Composite map 提交 2025-01-13	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：21-meric	链 K 1–116（116 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.80 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称	RPB11_DROME
Isoform	—
PDB实体	10
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 1–116； UniProt 1–116

DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB12

物种未注明

UniProt Q6IGE3

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 12 DNA 2 RNA 1 PDB 声明：pentadecameric（15）与全部聚合物数一致	链 L； UniProt 12–57	未记录	DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 × 1 （P04052） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 × 1 （P08266） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （O97183） DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4 × 1 （Q9VEA5） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 （Q24320） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 （Q9VFB5） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （Q9VNZ3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （P36958） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 （Q9VC49） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （Q9VJE4） RNA × 1 Template DNA × 1 Non-template DNA × 1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB5 × 1 （Q7JZF5） ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.44 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9MU7	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9MU8 Structure of a native Drosophila melanogaster Pol II Elongation Complex without Rpb4/Rpb7 stalk 提交 2025-01-13	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric	链 L 12–57（46 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.37 Å
9MU9 Structure of a native Drosophila melanogaster Nucleosome Elongation Complex (Pol II EC-nucleosome). Composite map 提交 2025-01-13	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：21-meric	链 L 12–57（46 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.80 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称	Q6IGE3_DROME
Isoform	—
PDB实体	11
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–46； UniProt 12–57

DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB5

物种未注明

UniProt Q7JZF5

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 12 DNA 2 RNA 1 PDB 声明：pentadecameric（15）与全部聚合物数一致	链 E； UniProt 1–210	未记录	DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 × 1 （P04052） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 × 1 （P08266） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （O97183） DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4 × 1 （Q9VEA5） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 （Q24320） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 （Q9VFB5） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （Q9VNZ3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （P36958） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 （Q9VC49） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （Q9VJE4） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB12 × 1 （Q6IGE3） RNA × 1 Template DNA × 1 Non-template DNA × 1 ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.44 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9MU7	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9MU8 Structure of a native Drosophila melanogaster Pol II Elongation Complex without Rpb4/Rpb7 stalk 提交 2025-01-13	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric	链 E 1–210（210 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.37 Å
9MU9 Structure of a native Drosophila melanogaster Nucleosome Elongation Complex (Pol II EC-nucleosome). Composite map 提交 2025-01-13	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：21-meric	链 E 1–210（210 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.80 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q7JZF5_DROME
Isoform	—
PDB实体	15
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–210； UniProt 1–210

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9mu7
沉积日期 deposition_date	2025-01-13
结构标题 title	Structure of a native Drosophila melanogaster Pol II Elongation Complex with a well-defined Rpb4/Rpb7 stalk
关键词 keywords	polymerase, Pol II, transcription, mRNA; TRANSCRIPTION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	52.23 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	51.57 Å
零角强度 I(0) i0	3669610000.00
分子量 molecular_weight	485340.0 kDa
排除体积 excluded_volume	597990 Å³
包络体积 envelope_volume	861350 Å³
水化壳体积 shell_volume	130890 Å³
包络直径 envelope_diameter	173.6 Å
壳层 Rg shell_rg	60.56 Å
包络 Rg envelope_rg	51.57 Å
形状 Rg shape_rg	51.58 Å
总 Rg total_rg	51.76 Å
总原子数 total_atoms	33887
残基数 n_residues	4091
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	171.0 Å
Rg (实空间) rg_real	52.03 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.02 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.6700e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.7980e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	52.39 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3671000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8743
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	68.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.197
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.408
角度范围 angular_range	— – 0.1500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha	701400000.0000
实空间数据点数 n_real_points	31
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.845; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.952; Smooth: 0.873

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (16)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1
分子量 formula_weight	166420.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	33887

SKAPLRQVKRVQFGILSPDEIRRMSVTEGGVQFAETMEGGRPKLGGLMDPRQGVIDRTSRCQTCAGNMTECPGHFGHIDLAKPVFHIGFITKTIKILRCVCFYCSKMLVSPHNPKIKEIVMKSRGQPRKRLAYVYDLCKGKTICEGGEDMDLTKENQQPDPNKKPGHGGCGHYQPSIRRTGLDLTAEWKHQNEDSQEKKIVVSAERVWEILKHITDEECFILGMDPKYARPDWMIVTVLPVPPLAVRPAVVMFGAAKNQDDLTHKLSDIIKANNELRKNEASGAAAHVIQENIKMLQFHVATLVDNDMPGMPRAMQKSGKPLKAIKARLKGKEGRIRGNLMGKRVDFSARTVITPDPNLRIDQVGVPRSIAQNLTFPELVTPFNIDRMQELVRRGNSQYPGAKYIVRDNGERIDLRFHPKSSDLHLQCGYKVERHLRDDDLVIFNRQPTLHKMSMMGHRVKVLPWSTFRMNLSCTSPYNADFDGDEMNLHVPQSMETRAEVENIHITPRQIITPQANKPVMGIVQDTLTAVRKMTKRDVFITREQVMNLLMFLPTWDAKMPQPCILKPRPLWTGKQIFSLIIPGNVNMIRTHSTHPDEEDEGPYKWISPGDTKVMVEHGELIMGILCKKSLGTSAGSLLHICFLELGHDIAGRFYGNIQTVINNWLLFEGHSIGIGDTIADPQTYNEIQQAIKKAKDDVINVIQKAHNMELEPTPGNTLRQTFENKVNRILNDARDKTGGSAKKSLTEYNNLKAMVVSGSKGSNINISQVIACVGQQNVEGKRIPYGFRKRTLPHFIKDDYGPESRGFVENSYLAGLTPSEFYFHAMGGREGLIDTAVKTAETGYIQRRLIKAMESVMVNYDGTVRNSVGQLIQLRYGEDGLCGELVEFQNMPTVKLSNKSFEKRFKFDWSNERLMKKVFTDDVIKEMTDSSEAIQELEAEWDRLVSDRDSLRQIFPNGESKVVLPCNLQRMIWNVQKIFHINKRLPTDLSPIRVIKGVKTLLERCVIVTGNDRISKQANENATLLFQCLIRSTLCTKYVSEEFRLSTEAFEWLVGEIETRFQQAQANPGEMVGALAAQSLGEPATQMTLNTFHFAGVSSKNVTLGVPRLKEIINISKKPKAPSLTVFLTGGAARDAEKAKNVLCRLEHTTLRKVTANTAIYYDPDPQRTVISEDQEFVNVYYEMPDFDPTRISPWLLRIELDRKRMTDKKLTMEQIAEKINVGFGEDLNCIFNDDNADKLVLRIRIMNNEENKFQDEDEAVDKMEDDMFLRCIEANMLSDMTLQGIEAIGKVYMHLPQTDSKKRIVITETGEFKAIGEWLLETDGTSMMKVLSERDVDPIRTSSNDICEIFQVLGIEAVRKSVEKEMNAVLQFYGLYVNYRHLALLCDVMTAKGHLMAITRHGINRQDTGALMRCSFEETVDVLMDAAAHAETDPMRGVSENIIMGQLPKMGTGCFDLLLDAEKCRFGI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2
分子量 formula_weight	132640.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

ENAEEISHELWQEACWIVINAYFDEKGLVRQQLDSFDEFIQMSVQRIVEDSPAIELQAEAQHTSGEVETPPRFSLKFEQIYLSKPTHWEKDGSPSPMMPNEARLRNLTYSAPLYVDITKTKNVEGLDPVETQHQKTFIGKIPIMLRSTYCLLSQLTDRDLTELNECPLDPGGYFIINGSEKVLIAQEKMATNTVYVFSMKDGKYAFKTEIRSCLEHSSRPTSTLWVNMMARGSQNIKKSAIGQRIIAILPYIKQEIPIMIVFRALGFVADRDILEHIIYDFDDPEMMEMVKPSLDEAFVVQEQNVALNFIGARGARPGVTKDKRIKYAKEILQKEMLPHVGVSDFCETKKAYFLGYMVHRLLLASLGRRELDDRDHYGNKRLDLAGPLLAFLFRGLFKNLMKEVRMYTQKFIDRGKDFNLELAIKTNIITDGLRYSLATGNWGDQKKAHQARAGVSQVLNRLTFASTLSHLRRVNSPIGRDGKLAKPRQLHNTLWGMLCPAETPEGAAVGLVKNLALMAYISVGSQPSPILEFLEEWSMENLEEIAPSAIADATKIFVNGCWVGIHRDPEQLMATLRKLRRQMDIIVSEVSMIRDIRDREIRIYTDAGRICRPLLIVENGSLLLKKTHVEMLKERDYNNYSWQVLVASGVVEYIDTLEEETVMIAMSPYDLKQDKDYAYCTTYTHCEIHPAMILGVCASIIPFPDHNQSPRNTYQSAMGKQAMGVYITNFHVRMDTLAHVLYYPMKPLVTTRSMEYLRFRELPAGINSIVAILCYTGYNQEDSVILNASAVERGFFRSVFYRSYKDSENKRVGDQEENFEKPHRGTCQGMRNAHYDKLDDDGIIAPGIRVSGDDVVIGKTITLPENDDELDSNTKRFSKRDASTFLRNSETGIVDQVMLTLNSEGYKFCKIRVRSVRIPQIGDKFASRHGQKGTCGIQYRQEDMAFTCEGLAPDIIINPHAIPSRMTIGHLIECLQGKLGSNKGEIGDATPFNDAVNVQKISTFLQEYGYHLRGNEVMYNGHTGRKINAQVFLGPTYYQRLKHMVDDKIHSRARGPVQILVRQPMEGRARDGGLRFGEMERDCQISHGAAQFLRERLFEVSDPYRVHICNFCGLIAIANLRNNTFECKGCKNKTQISQVRLPYAAKLLFQELMSMNIAPRLMVT

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3
分子量 formula_weight	30676.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

PYANQPSVQITELTDDNVKFVLEDTELSVANSLRRVFIAETPTLAIDWVQLEANSTVLSDEFLAHRIGLIPLISDDVVERLQYTRDCICLDFCPECSVEFTLDVKCSEEQTRHVTTADLKSSNAKVLPVTSRNQGEEDNEYGESNDEILIIKLRKGQELKLRAYAKKGFGKEHAKWNPTAGVCFEYDPDNSMRHTLYPKPDEWPKSEHTELEDDQYEAPYNWEAKPNKFFFNVESAGALKPENIVVMGVQVLKNKLSNLQTQLSHESQN

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4
分子量 formula_weight	15180.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

VDEDAADLQFPKEFENAETLLISEVHMLLDHRKRQNESADEEQEFSEVFMKTYAYTDSFRKFKNKETIMSARSLLMQKKLHKFELAALGNLCPEAPEEAKALIPSLEGRFEDEELRQILDDIGTKRSLQY

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
分子量 formula_weight	9736.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

GGVPKSKRITTKYMTKYERARVLGTRALQIAMCAPIMVELDGETDPLQIAMKELKQKKIPIIIRRYLPDHSYEDWSIDELIMVD

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7
分子量 formula_weight	19127.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MFYHISLEQEILLHPRYFGPQLLETVKQKLYSEVEGTCTGKYGFVIAVTTIDQIGSGVIQPGQGFVVYPVKYKAIVFRPFKGEVLDAVVKQINKVGMFAEIGPLSCFISHHSIPADMQFCPNGNPPCYKSKDEDVVISGEDKIRLKIVGTRVDATGIFAIGTLMDDYLGLVSN

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
分子量 formula_weight	16946.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

AGVLFEDIFNVKDMDPEGKKFDRVSRLHCESESFKMDLILDINSWLYPMELGDKFRLVLATTLREDGCPDSGEYNPMEHEGTRADSFEYVMYGKIYRIEGDEAHNEASRLSAYVSFGGLLMRLQGDANNLHGFEVDQHMYLLMKRLA

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9
分子量 formula_weight	13786.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

GFVGIRFCQECNNMLYPKEDKENKILLYACRNCDYKQEADSNCIYVNKIMHEIDELTHIVPDVISDPTLPRTEDHACPKCSHREAVFFQAQTRRAEEEMRLYYVCTNQNCTHRWTE

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
分子量 formula_weight	7671.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

MIIPIRCFTCGKVIGNKWESYLGLLQAEYTEGDALDALGLKRYCCRRMLLGHVDLIEKLLNYAPLEK

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11
分子量 formula_weight	13288.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MNAPPTFESFLLYEGEKKIIKELDTKVTNAAIFTINKEDHTLGNMIRNQLLKDPNVLFAGYKVPHPLEHKFVIRIQTTADYSPQEAFMNAITDLLAELSLFEERFKDAIKEKKEGG

实体 11 Entity 11 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB12
分子量 formula_weight	5647.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

TAMTYICGECHHENEMRPRDPIRCRECGYRIMYKKRTKRLVVFDAR

实体 12 Entity 12 polymer

描述 description	RNA
分子量 formula_weight	3247.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	R

AAAAAAAAAA

实体 13 Entity 13 polymer

描述 description	Template DNA
分子量 formula_weight	15134.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	T

TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCCTTTTTTTTTTTTTTTT

实体 14 Entity 14 polymer

描述 description	Non-template DNA
分子量 formula_weight	12170.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	N

AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

实体 15 Entity 15 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB5
分子量 formula_weight	24518.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MDDEAETYKLWRIRKTIMQLSHDRGYLVTQDELDQTLEQFKEMFGDKPSEKRPARSDLIVLVAHNDDPTDQMFVFFPEEPKIGIKTIKTYCTRMQEENIHRAIVVVQGGMTPSAKQSLVDMAPKYILEQFLESELLINITEHELVPEHVVMTVEEKQELLSRYKLKENMLMRIQAGDPVARYFGLKRGQVVKIIRSSETAGRYISYRLVC

实体 16 Entity 16 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.440 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.44 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	70116

fit	/app/data/saxs_computation/mu/9mu7/9mu7.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mu/9mu7/9mu7.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mu/9mu7/9mu7.dat

Structure of a native Drosophila melanogaster Pol II Elongation Complex with a well-defined Rpb4/Rpb7 stalk

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB12

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (16)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer

实体 9 Entity 9 polymer

聚合物 Polymer

实体 10 Entity 10 polymer

聚合物 Polymer

实体 11 Entity 11 polymer

聚合物 Polymer

实体 12 Entity 12 polymer

聚合物 Polymer

实体 13 Entity 13 polymer

聚合物 Polymer

实体 14 Entity 14 polymer

聚合物 Polymer

实体 15 Entity 15 polymer

聚合物 Polymer

实体 16 Entity 16 non-polymer