SAXSdb — 9nds

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9nds
沉积日期 deposition_date	2025-02-18
最后修订 last_revision	2026-01-14
结构标题 title	Miniaturized HLA A*02-TAX bound to A6c134 TCR
关键词 keywords	synthetic protein, protein design, complex, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	49.47 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	49.30 Å
零角强度 I(0) i0	379715000.00
分子量 molecular_weight	155510.0 kDa
排除体积 excluded_volume	191640 Å³
包络体积 envelope_volume	287840 Å³
水化壳体积 shell_volume	48518 Å³
包络直径 envelope_diameter	160.9 Å
壳层 Rg shell_rg	53.92 Å
包络 Rg envelope_rg	47.51 Å
形状 Rg shape_rg	49.29 Å
总 Rg total_rg	49.48 Å
总原子数 total_atoms	10960
残基数 n_residues	1368
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	151.9 Å
Rg (实空间) rg_real	49.61 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.53 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.7970e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.0160e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	49.47 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	379600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8065
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	80.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.172
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.786
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	22840000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.839; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.893; Smooth: 0.072

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	CSM8 A*02:01/MHC class I antigen chimera
分子量 formula_weight	29192.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,H
原子数 atom_count	10960

DREDVERLLRAVEWAIKAGDPYSARVLVELAREDAEKIGDERLRREVEELLRELEELEEELARLPKLPPDGSHSMRYFFTSVSRPGRGEPRFIAVGYVDDTQFVRFDSDAASQRMEPRAPWIEQEGPEYWDGETRKVKAHSQTHRVDLGTLRGYYNQSEAGSHTVQRMYGCDVGSDWRFLRGYHQYAYDGKDYIALKEDLRSWTAADMAAQTTKHKWEAAHVAEQLRAYLEGTCVEWLRRYLENGKETLQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	X protein
分子量 formula_weight	1070.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,P

LLFGYPVYV

Entity 3 polymer

描述 description	A6c134 TCR alpha chain
分子量 formula_weight	23543.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,J

KEVEQNSGPLSVPEGAIASLNCTYSDRGSQSFFWYRQYSGKSPELIMSIYSNGDKEDGRFTAQLNKASQYVSLLIRDSQPSDSATYLCAVTTDSWGKLQFGAGTQVVVTPDIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKCVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSDTFFPSPESSSRGG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	A6c134 TCR beta chain
分子量 formula_weight	28450.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,K

NAGVTQTPKFQVLKTGQSMTLQCAQDMNHEYMSWYRQDPGMGLRLIHYSVGAGITDQGEVPNGYNVSRSTTEDFPLRLLSAAPSQTSVYFCASRPGLMSAQPEQYFGPGTRLTVTEDLKNVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVCTDPQPLKEQPALNDSRYALSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADADSRGGLEVL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 6 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	106.906 Å
晶胞边长 b length_b	106.906 Å
晶胞边长 c length_c	190.592 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31
空间群编号 int_tables_number	144
晶系 crystal_system	trigonal

分辨率 resolution	3.400 Å
最低分辨率 resolution_low	46.620 Å
R 因子 r_factor	0.2204
R_work r_work	0.2182
R_free r_free	0.2690

fit	/app/data/saxs_computation/nd/9nds/9nds.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nd/9nds/9nds.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nd/9nds/9nds.dat

Miniaturized HLA A*02-TAX bound to A6c134 TCR

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)