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9ngj

CryoEM structure of human ABCD3 bound to Phytanoyl-CoA

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 132.5 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP-binding cassette sub-family D member 3

Homo sapiens

UniProt P28288

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–659 链 B； UniProt 1–659 未记录 A1CAN S-{(3R,5S,9S)-1-[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-4-hydroxy-3-(phosphonooxy)oxolan-2-yl]-3,5,9-trihydroxy-8,8-dimethyl-3,5,10,14-tetraoxo-2,4,6-trioxa-11,15-diaza-3lambda~5~,5lambda~5~-diphosphaheptadecan-17-yl} (3S,7R,11R)-3,7,11,15-tetramethylhexadecanethioate (non-preferred name) × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.13 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9NGJ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
8Z0F Cryo-EM structure of ATP-bound human very long-chain fatty acid ABC transporter ABCD3 提交 2024-04-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–659（610 aa）
链 B 50–659（610 aa）
突变：E596Q 突变：E596Q ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.27 Å
8Z9X Cryo-EM structure of Phytanoyl-CoA-bound human very long-chain fatty acid ABC transporter ABCD3 提交 2024-04-23 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–659（610 aa）
链 B 50–659（610 aa）
未记录 A1L1A phytanoyl-CoA × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.96 Å
9NGM CryoEM structure of human ABCD3 提交 2025-02-22 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–659（659 aa）
链 B 1–659（659 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.33 Å
9W62 Cryo-EM structure of human ABCD3 in inward-facing conformation in the presence of phytanoyl-CoA 提交 2025-08-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–659（659 aa）
未记录 CLR CHOLESTEROL × 4 LBN 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.28 Å
9W63 Cryo-EM structure of C20:5-CoA bound state human ABCD3 in inward-facing conformation 提交 2025-08-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–659（659 aa）
未记录 3IX S-[2-[3-[[(2R)-4-[[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-butanoyl]amino]propanoylamino]ethyl] (5Z,8Z,11Z,14Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenethioate × 2 CLR CHOLESTEROL × 10 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.29 Å
9W64 Cryo-EM structure of CHS bound state human ABCD3 in inward-facing conformation 提交 2025-08-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–659（659 aa）
未记录 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.81 Å
9W65 Cryo-EM structure of ATP bound state human ABCD3 in inward-facing conformation 提交 2025-08-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–659（659 aa）
突变：E596Q ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 CLR CHOLESTEROL × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.94 Å
9W66 Cryo-EM structure of ATP bound state human ABCD3 in outward-facing conformation 提交 2025-08-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–659（659 aa）
突变：E596Q ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 CLR CHOLESTEROL × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ABCD3_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–659； UniProt 1–659 作者链 B； PDB构建体 1–659； UniProt 1–659

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9ngj

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9ngj
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9ngj
沉积日期 deposition_date2025-02-22
结构标题 titleCryoEM structure of human ABCD3 bound to Phytanoyl-CoA
关键词 keywordsABC transporter, Peroxisome, Fatty-acid transport, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier40.48 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron40.10 Å
零角强度 I(0) i0259500000.00
分子量 molecular_weight136720.0 kDa
排除体积 excluded_volume173590 ų
包络体积 envelope_volume246680 ų
水化壳体积 shell_volume52200 ų
包络直径 envelope_diameter131.4 Å
壳层 Rg shell_rg45.55 Å
包络 Rg envelope_rg38.35 Å
形状 Rg shape_rg40.09 Å
总 Rg total_rg40.46 Å
总原子数 total_atoms19392
残基数 n_residues1172
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax132.5 Å
Rg (实空间) rg_real40.43 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.01 Å
I(0) (实空间) i0_real2.5950e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.5050e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal40.48 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal259500000.0000
解质量估计 total_estimate0.8995
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary54.4 Å
偏度 Skewness skewness0.195
峰度 Kurtosis kurtosis-0.554
角度范围 angular_range— – 0.1950 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha26720000.0000
实空间数据点数 n_real_points40
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.924; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.933
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)